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中性子散乱を用いたタンパク質の高次構造における動態解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24310068
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 量子ビーム科学
研究機関京都大学

研究代表者

杉山 正明  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (10253395)

研究分担者 加藤 晃一  名古屋市立大学, 薬学研究科, 教授 (20211849)
藤井 紀子  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (90199290)
井上 倫太郎  京都大学, 原子炉実験所, 准教授 (80563840)
佐藤 信浩  京都大学, 原子炉実験所, 助教 (10303918)
大場 洋次郎  京都大学, 原子炉実験所, 助教 (60566793)
連携研究者 鈴木 淳市  一般財団法人総合科学研究機構, 東海事業センター, 研究員 (40354899)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
16,900千円 (直接経費: 13,000千円、間接経費: 3,900千円)
2014年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2013年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2012年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワード中性子小角散乱 / コントラスト変調 / 重水素化 / SANS / 部分重水素化 / 逆転コントラスト変調法 / コントラストマッチング / 複合タンパク質
研究成果の概要

溶媒コントラスト法及び重水素化ラベリング法に対応したSANSの測定・解析法を開発しタンパク質の動態構造解析を行った。まず、PDBデータから散乱関数のSimulation及びモンテカルロ法を用いた動態解析コードの開発を行った。更に開発コードを用いてβB2-クリスタリン・Proteasomeの制御因子であるPA28の水溶液中での動態解析が可能であることを確認した。また、低バックグラウンドの重水中でのマッチングアウトが可能な75%重水素化タンパク質の開発も行った。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Conformational characterization of a protein complex involving intrinsically disordered protein by small-angle neutron scattering using the inverse contrast matching method: a case study of interaction between α-synuclein and PbaB tetramer as a model chaperone2014

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Sugiyama
    • 雑誌名

      Journal Applied Crystallography

      巻: 47 号: 1 ページ: 430-435

    • DOI

      10.1107/s1600576713033475

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書 2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spatial arrangement and functional role of α subunits of proteasome activator PA28 in heteroolisomeric2013

    • 著者名/発表者名
      M. Sugiyaraa, K. Kato, et al.,
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 432 ページ: 141-145

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Biological SANS for next stage2015

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      第3回Neutrons in Biology Japan研究会
    • 発表場所
      日本原子力研究所(茨城県那珂郡東海村)
    • 年月日
      2015-03-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 中性子小角散乱の基礎と応用2015

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      日本化学会 第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス(千葉県船橋市)
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 中性子の中性子による中性子のための生物溶液散乱2015

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      第6回MLFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば市)
    • 年月日
      2015-03-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コントラスト変調及び重水素化で見るタンパク質の溶液中の静的・動的構造2014

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      第37回溶液化学シンポジウム
    • 発表場所
      佐賀県立男女共同参画センター・佐賀県立生涯学習センター(佐賀市)
    • 年月日
      2014-11-12 – 2014-11-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] SANS investigation on Subunit Exchange in Protein Complexes2014

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Sugiyama
    • 学会等名
      Neutrons in Bilogy and Biotechnology
    • 発表場所
      Grunoble, France
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] SANS investigation of protein structure in solution2013

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      台日中性子・X線散乱研究会
    • 発表場所
      KEK Tokai Campus (茨城県)(招待講演)
    • 年月日
      2013-02-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Application of smal1-angle NEUTRON scattering to structural study of protein complex - perspective on combination of deuteration and contrast variation method2013

    • 著者名/発表者名
      杉山正明
    • 学会等名
      第2回国際シンポジウム「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(横浜市)(招待講演)
    • 年月日
      2013-01-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Small-angle neutron scattering for investigation of subunit kinetics of protein complex in solution2013

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Sugiyama
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structural Biology 2013
    • 発表場所
      Nagoya
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Kinetics in Protein Complexes Revealed by Deuteration-Assisted Small-Angle Neutron Scattering2013

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Sugiyama
    • 学会等名
      International Conference on Neutron Scattering 2013
    • 発表場所
      エディンバラ
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural Invesitigation of B-Crystallin in an Aqueous Solution by Small Angle Neutron Scattering2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Ueki, M. Sugiyama
    • 学会等名
      15th International Small Angle Scattering Conference
    • 発表場所
      Sydney Convention and ExhibitionCentre (Australia)
    • 年月日
      2012-11-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2012-04-24   更新日: 2019-07-29  

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