| 研究課題/領域番号 |
24310142
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 一部基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 東京工業大学 |
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研究代表者 |
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (90501106)
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| 研究分担者 |
野口 英樹 国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進センター, 特任准教授 (50333349)
丸山 治彦 宮崎大学, 医学部, 教授 (90229625)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
20,930千円 (直接経費: 16,100千円、間接経費: 4,830千円)
2014年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2013年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2012年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
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| キーワード | ゲノム情報 / バイオインフォマティクス / ゲノム情報解析 / アセンブラ / 遺伝子予測 |
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| 研究成果の概要 |
高ヘテロ接合性を持つ二倍体ゲノムのアセンブルはde bruijnグラフが複雑化するため極めて困難な課題であるが、非モデル生物ゲノムの配列決定への要求は極めて高い。そこで、contig作成時、scaffold作成時の双方でヘテロ接合性に起因したグラフ構造の単純化を図る事によりこの問題をクリアした新規Platanusアセンブラを開発した。
Platanusアセンブラはシミュレーションデータ、実高ヘテロ接合性サンプルであるベネズエラ糞線虫データ双方に対して、既存アセンブラと比べて高い精度で長く繋がった結果を得る事に成功した。
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