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ゲノムから1遺伝子まで網羅的DNA配列情報を使った分子系統解析法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 24370033
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関北海道大学

研究代表者

戸田 正憲  北海道大学, 総合博物館, 資料部研究員 (40113592)

研究分担者 和多田 正義  愛媛大学, 大学院理工学研究科, 教授 (00210881)
田村 浩一郎  首都大学東京, 大学院理工学研究科, 教授 (00254144)
加藤 徹  北海道大学, 大学院理学研究院, 助教 (80374198)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2015年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2014年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2013年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2012年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワード系統推定法 / ショウジョウバエ / トランスクリプトーム / ゲノム / 網羅的分子系統樹 / PCRプライマー / モデル生物 / 分類学 / 系統 / ショウジョウバエ科 / 100遺伝子 / 国際情報交換 / 中国:英国 / cDNA / 中国:米国 / 中国:米国
研究成果の概要

全ゲノム配列情報を「骨格」として,さまざまな部分配列情報を網羅的に利用可能にする,分子系統解析のための新しい方法論を考案し,モデル生物群としてのショウジョウバエ科の系統解析を行った.その結果,極めて高い解像度の系統樹が推定され,新しい方法論の有効性が実証されるとともに,これまで未解明の部分があった最大の属,ショウジョウバエ属について,いくつかの重要な新しい系統情報が得られた.これにより,ショウジョウバエ科の系統分類学および進化学的枠組みを大きく変える必要がある.

報告書

(5件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実績報告書
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて 2015 2014 2013 2012 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 3件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] 雲南大学(中国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [国際共同研究] ケンブリッジ大学(英国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノム配列を利用した網羅的系統解析とこれからの分類学2015

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 雑誌名

      Panmixia

      巻: 18 ページ: 18-24

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Phylogenetic placement of metagenomic reads using the minimum evolution principle.2015

    • 著者名/発表者名
      Filipski, A., Tamura, K., Billing-Ross, P., Murillo, O. & Kumar, S.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 16 号: S1

    • DOI

      10.1186/1471-2164-16-s1-s13

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Taxonomy of the Colocasiomyia gigantea species group (Diptera, Drosophilidae), with descriptions of four new species from Yunnan, China.2014

    • 著者名/発表者名
      Li, N.-n., Toda, M. J., Fu, Z., Chen, J.-m., Li, S.-h. & Gao, J.-j.
    • 雑誌名

      ZooKeys

      巻: 406 ページ: 41-64

    • DOI

      10.3897/zookeys.406.7176

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] MEGA-MD: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software with mutational diagnosis of amino acid variation.2014

    • 著者名/発表者名
      Stecher, G., Liu, L., Sanderford, M., Peterson, P., Tamura, K. & Kumar S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 30 号: 9 ページ: 1305-1307

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btu018

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Prospects for building large timetrees using molecular data with incomplete gene coverage among species.2014

    • 著者名/発表者名
      Filipski, A., Murillo, O., Freydenzon, A., Tamura, K. & Kumar, S.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 31 号: 9 ページ: 2542-2550

    • DOI

      10.1093/molbev/msu200

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Colocasiomyia (Diptera: Drosophilidae) revised phylogenetically, with a new species group having peculiar life cycles on monsteroid (Araceae) host plants.2013

    • 著者名/発表者名
      Fartyal, R. S., Gao, J.-j., Toda, M. J., Hu, Y.-g., Takenaka Takano, K., Suwito, A., Katoh, T., Takigahira, T. & Yin, J.-t.
    • 雑誌名

      Systematic Entomology

      巻: 38 号: 4 ページ: 763-782

    • DOI

      10.1111/syen.12027

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Revision of Asian species of the Drosophila melanica species group (Diptera: Drosophilidae), with a description of a new species from Vietnam2013

    • 著者名/発表者名
      Suwito, A., Toda, M., Takamori, H., Harada, K. and Watabe, H.
    • 雑誌名

      Entomological Science

      巻: 16 号: 1 ページ: 75-85

    • DOI

      10.1111/ens.12028

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.2013

    • 著者名/発表者名
      Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. & Kumar, S.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 30 号: 12 ページ: 2725-2729

    • DOI

      10.1093/molbev/mst197

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Courtship patterns in the Drosophila montium species subgroup: repeated loss of precopulatory courtship?2013

    • 著者名/発表者名
      Chen, C.C., Watada, M., Miyake, H., Kotoh, T.K., Sun, Z., Li, Y.F., Ritchie, M.G. & Wen, S.Y.
    • 雑誌名

      Zoological Science

      巻: 30 号: 12 ページ: 1056-1062

    • DOI

      10.2108/zsj.30.1056

    • NAID

      40019900569

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Review of the Drosophila (Drosophila) quadrisetata species group (Diptera: Drosophilidae), with descriptions of three new species from the Oriental Regions2013

    • 著者名/発表者名
      Suwito, A., Watabe, H. and Toda, M. J.
    • 雑誌名

      Entomological Science

      巻: 16 号: 1 ページ: 66-82

    • DOI

      10.1111/j.1479-8298.2012.00530.x

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimating divergence times in large molecular phylogenies.2012

    • 著者名/発表者名
      Tamura, K.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 109 号: 47 ページ: 19333-19338

    • DOI

      10.1073/pnas.1213199109

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MEGA-CC : Computing Core of Molecular Evolutionary Genetics Analysis program for automated and iterative data analysis.2012

    • 著者名/発表者名
      Kumar, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 28 号: 20 ページ: 2685-2686

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts507

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular phylogenetic analyses using MEGA software.2015

    • 著者名/発表者名
      Tamura, K.
    • 学会等名
      International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2015
    • 発表場所
      Taipei (Taiwan)
    • 年月日
      2015-11-07
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] MEGA7による分子系統解析2015

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      第196回農林交流センターワークショップ
    • 発表場所
      農業環境技術研究所(茨城県・つくば市)
    • 年月日
      2015-10-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Sophophora 亜属およびその関連分類群における50遺伝子を用いた分子系統学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      加藤雄大,和多田正義
    • 学会等名
      日本遺伝学会第87回大会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2015-09-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 進化パターンの変化による分子系統解析の歪みとデータフィルタリングによるその抑制(2)2015

    • 著者名/発表者名
      岩本栄介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第87回大会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 次世代データの系統解析New Technology -プロローグ:次世代系統解析の問題と課題-2015

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第17回大会
    • 発表場所
      中央大学(東京都・文京区)
    • 年月日
      2015-08-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 進化パターンの変化による分子系統解析の歪みとデータフィルタリングによるその抑制(2)2015

    • 著者名/発表者名
      岩本栄介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第17回大会
    • 発表場所
      中央大学(東京都・文京区)
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 菌食性ショウジョウバエの系統関係と菌食性の起源の推定.2015

    • 著者名/発表者名
      福田洋之,戸田正憲,加藤徹
    • 学会等名
      日本進化学会第17回大会
    • 発表場所
      中央大学(東京都・文京区)
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Failure of phylogenetic tree reconstruction by heterogeneous substitution pattern among lineages and the method for its recovery.2015

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto, E. & Tamura, K.
    • 学会等名
      SMBE 2015
    • 発表場所
      Vienna (Austria)
    • 年月日
      2015-07-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Evolution of the immigrans species group revealed by using big sequence data.2015

    • 著者名/発表者名
      Seto, Y., Toda, M. J. & Tamura, K.
    • 学会等名
      SMBE 2015
    • 発表場所
      Vienna (Austria)
    • 年月日
      2015-07-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 巨大配列データセットを用いたオオショウジョウバエ種群の分子系統解析2014

    • 著者名/発表者名
      瀬戸陽介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第86回大会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学(長浜市)
    • 年月日
      2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シーケンス技術による多数遺伝子座を用いたショウジョウバエの分子系統解析2014

    • 著者名/発表者名
      岩崎祐磨,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第86回大会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学(長浜市)
    • 年月日
      2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 多数の遺伝子配列を用いたSophophora亜属の分子系統学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      加藤雄大,和多田正義
    • 学会等名
      日本遺伝学会第86回大会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学(長浜市)
    • 年月日
      2014-09-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 進化パターンの変化による分子系統解析の歪みとデータフィルタリングによるその抑制2014

    • 著者名/発表者名
      岩本栄介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第86回大会
    • 発表場所
      長浜バイオ大学(長浜市)
    • 年月日
      2014-09-17
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Scaptomyza属ショウジョウバエの系統進化2014

    • 著者名/発表者名
      加藤徹,山下伸志,福田洋之,Matthew H. Dick,和多田正義
    • 学会等名
      日本昆虫学会第74回大会
    • 発表場所
      広島大学教育学部(東広島市)
    • 年月日
      2014-09-15
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ハワイ産ショウジョウバエと大陸産Scaptomyza属の起源2014

    • 著者名/発表者名
      瀬戸陽介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第16回大会
    • 発表場所
      高槻現代劇場(高槻市)
    • 年月日
      2014-08-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シーケンス技術による多数遺伝子座を用いたショウジョウバエの分子系統解析2014

    • 著者名/発表者名
      岩崎祐磨,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第16回大会
    • 発表場所
      高槻現代劇場(高槻市)
    • 年月日
      2014-08-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 進化パターンの変化による分子系統解析の歪みとデータフィルタリングによるその抑制2014

    • 著者名/発表者名
      岩本栄介,田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第16回大会
    • 発表場所
      高槻現代劇場(高槻市)
    • 年月日
      2014-08-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Scaptomyza属ショウジョウバエの起源と系統関係2012

    • 著者名/発表者名
      加藤徹
    • 学会等名
      日本遺伝学会第84回大会
    • 発表場所
      九州大学(福岡市)
    • 年月日
      2012-09-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 全ゲノム配列による系統解析 -限界と課題-2012

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-08-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 系統推定にとって有害なデータの除去による系統樹推定改良法の開発2012

    • 著者名/発表者名
      岩本栄介
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)
    • 年月日
      2012-08-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 次世代シーケンス技術によるアカショウジョウバエゲノムの遺伝的多様性解析2012

    • 著者名/発表者名
      橋本英明
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)
    • 年月日
      2012-08-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ショウジョウバエの分類と系統:古い問題と新しい挑戦2012

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-08-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ショウジョウバエの分子系統と共生細菌2012

    • 著者名/発表者名
      和多田正義
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-08-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Drosophila亜属の系統と進化-quinaria sectionのショウジョウバエを中心に-2012

    • 著者名/発表者名
      加藤徹
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      首都大学東京(八王子市)(招待講演)
    • 年月日
      2012-08-21
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム配列を利用した網羅的系統解析とこれからの分類学

    • 著者名/発表者名
      戸田正憲
    • 学会等名
      日本昆虫学会第73回大会・シンポジウム「昆虫分類学若手懇談会シンポジウム:分類学の過去・現在・未来」
    • 発表場所
      北海道大学(札幌市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子進化遺伝学解析のバイオインフォマティクス

    • 著者名/発表者名
      田村浩一郎
    • 学会等名
      京都賞記念ワークショップ
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都府)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] Toru Katoh

    • URL

      http://www.sci.hokudai.ac.jp/~tkatoh/

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書 2014 実績報告書

URL: 

公開日: 2012-04-24   更新日: 2022-01-31  

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