クランプによるレプリソームの制御機構の機能構造連関の研究

• 研究課題/領域番号: 24370046
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50418571)
• 研究分担者: 白井 剛 長浜バイオ大学, 教授 (00262890) ; 大山 拓次 山梨大学, 准教授 (60423133)
• 連携研究者: 石野 良純 九州大学, (連合)農学研究科, 教授 (30346837)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円); 2015年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2014年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2013年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2012年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
• キーワード: 電子顕微鏡 / ナノバイオ / 生体分子 / 可視化 / 生物物理 / 画像解析 / 複合体 / 立体構造 / 単粒子解析 / DNA複製 / クランプ

研究成果の概要

PCNAはDNAクランプと総称される蛋白質であり、DNAを囲む様にリング状3量体を形成し、様々な複製因子と結合することから、これらの因子をDNA近傍に留めるレプリソームの基盤分子であると考えられている。これらの因子の切り換え機構及び制御機構を調べるため、DNAポリメラーゼ、DNAリガーゼ、フラップエンドヌクレアーゼ等とPCNA、及びDNAから構成される複合体の構造を単粒子解析によって明らかにした。その結果、２つの異なる因子間でDNAを正に受け渡す瞬間を捉えることができた。その結果これまで定説であったツールベルトモデルは修正される必要がある事が分かり、新たに複製因子の切り換え機構を考察した。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of a mismatch-specific endonuclease in hyperthermophilic Archaea (2016)
  • 著者名/発表者名: Ishino S, Nishi Y, Oda S, Uemori T, Sagara T, Takatsu N, Yamagami T, Shirai T, Ishino Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acid Res. 巻: 124 ページ: 2977-2086
  • DOI: 10.1093/nar/gkw153
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Novel AVPR2 mutation causing partial nephrogenic diabetes insipidus in a Japanese family. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamashita S, Hata A, Usui T, Oda H, Hijikata A, Shirai T, Kaneko N, Hata D
  • 雑誌名: J Pediatr Endocrinol Metab 巻: 5 ページ: 591-596
  • DOI: 10.1515/jpem-2015-0323
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Integrated molecular mechanism directing nucleosome reorganization by human FACT (2016)
  • 著者名/発表者名: Tsunaka Y, Fujiwara Y, Oyama T, Hirose S, Morikawa K
  • 雑誌名: Gense & Development 巻: 30(6) ページ: 673-686
  • DOI: 10.1101/gad.274183.115
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Deciphering Supramolecular Structures with Protein-Protein Interaction Network Modeling. (2015)
  • 著者名/発表者名: Toshiyuki Tsuji, Takao Yoda, and Tsuyoshi Shirai
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 ページ: 16341-16341
  • DOI: 10.1038/srep16341
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The influence of PRNP polymorphisms on human prion disease susceptibility: an update. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi A, Teruya K, Matsuura Y, Shirai T, Nakamura Y, Yamada M, Mizusawa H, Mohri S, Kitamoto T.
  • 雑誌名: Acta Neuropathol. 巻: 130 ページ: 159-170
  • DOI: 10.1007/s00401-015-1447-7
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 超分子モデリングによる創薬支援 (2015)
  • 著者名/発表者名: 土方敦司、辻 敏之、白井 剛
  • 雑誌名: SAR News 巻: 28 ページ: 1-7
• [雑誌論文] Peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARgamma) has multiple binding points that accommodate ligands in various conformations: structurally similar PPARgamma partial agonists bind to PPARgamma LBD in different conformations (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohashi M, Gamo K, Oyama T, Miyachi H
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. Lett 巻: 25 ページ: 2758-2762
  • DOI: 10.1016/j.bmcl.2015.05.025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Different structures of the two peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARgamma) ligand-binding domains in homodimeric complex with partial agonist, but not full agonist (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Ohashi, T. Oyama, H. Miyachi
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. Lett. 巻: - ページ: 2639-2644
  • DOI: 10.1016/j.bmcl.2015.04.076
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural design and synthesis of arylalkynyl amide-type peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARgamma)-selective antagonists based on the helix12-folding inhibition hypothesis (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Ohashi, K. Gamo, Y. Tanaka, M. Waki, Y. Beniyama, K. Matsuno, J. Wada, M. Tenta, J. Eguchi, M. Makishima, N. Matsuura, T. Oyama, H. Miyachi.
  • 雑誌名: Eur J Med Chem 巻: 90 ページ: 53-67
  • DOI: 10.1016/j.ejmech.2014.11.017
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Disordered interdomain region of Gins is important for functional tetramer formation to stimulate MCM helicase in Thermoplasma acidophilum. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ogino H, Ishino S, Oyama T, Kohda D, Ishino Y
  • 雑誌名: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 巻: 79 ページ: 432-438
  • DOI: 10.1080/09168451.2014.982503
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Revealing the intracellular ultrastructure of filopodia with cryo-electron tomography (2014)
  • 著者名/発表者名: Shinji Aramaki, Kouta Mayanagi, Kazuhiro Aoyama and Takuo Yasunaga
  • 雑誌名: Microscopy 巻: 63 ページ: 133-134
  • DOI: 10.1093/jmicro/dfu071
  • 査読あり
• [雑誌論文] 単粒子解析法で迫るDNA 複製フォーク複合体の機能構造連関 (2014)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 雑誌名: 顕微鏡 巻: 49 ページ: 110-117
  • NAID: 40020210460
  • 査読あり
• [雑誌論文] Clustering of 3D structure similarity based network of secondary metabolites to reveal their relationships with biological activities. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohtana Y,Abdullah AA, Amin MA,Huang M,Ono N, Sato T,Sugiura T,Horai H,Nakamura Y,Morita AH, Lange KW,Kibinge NK, Katsuragi T,Shirai T,Kanaya S
  • 雑誌名: Mol. Inform. 巻: 33 ページ: 790-801
  • DOI: 10.1002/minf.201400123
  • NAID: 130005146305
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Aicardi-Goutières Syndrome Is Caused by IFIH1 Mutations. (2014)
  • 著者名/発表者名: Oda, H., Nakagawa, K., Abe, J., Awaya, T., Funabiki, M., Hijikata, A., Nishikomori, R., Funatsuka, M., Ohshima, Y., Sugawara, Y., Yasumi, T., Kato, H., Shirai, T., Ohara, O., Fujita, T., Heike, T.
  • 雑誌名: Am. J. Hum. Genet. 巻: 95 ページ: 121-125
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2014.06.007
  • NAID: 120005460706
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Evaluating prion models on comprehensive mutation data of mouse PrP. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shirai T, Saito M, Kobayashi A, Asano M, Hizume M, Ikeda S, Teruya K, Morita M, Kitamoto T.
  • 雑誌名: Structure 巻: 22 ページ: 560-571
  • DOI: 10.1016/j.str.2013.12.019
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of domain chimeric L-(2S, 3S)-butanediol dehydrogenase. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimegi T, Oyama T, Ohtsuki T, Kurisu G, Kusunoki M, Ui S
  • 雑誌名: Acta Cryst F 巻: 70 ページ: 461-463
  • DOI: 10.1107/s2053230x13032755
  • 査読あり
• [雑誌論文] Purification and characterization of a protease from Isaria cicadae (2014)
  • 著者名/発表者名: Takekawa C, Nakamura K, Homma H, Oyama T
  • 雑誌名: Mushroom Science and Biotechnology 巻: 22 ページ: 74-78
  • NAID: 110009863113
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics study-guided identification of cyclic amine structures as novel hydrophobic tail components of hPPARγ agonists (2014)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Y, Gamo K, Oyama T, Ohashi M, Waki M, Matsuo K, Matsuura N, Tokiwa H, Miyachi H
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem 巻: 24 ページ: 4001-4005
  • DOI: 10.1016/j.bmcl.2015.06.023
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the Entire Stalk Region of the Dynein Motor Domain (2014)
  • 著者名/発表者名: Yosuke Nishikawa, Takuji Oyama, Narutoshi Kamiya, Takahide Kon, Yoko Y. Toyoshima, Haruki Nakamura, Genji Kurisu
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 巻: 426 ページ: 3232-3245
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2014.06.023
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Modification of Chimeric (2S, 3S)-butanediol dehydrogenase based on structural information (2014)
  • 著者名/発表者名: Shimegi T, Mochizuki K, Oyama T, Kusunoki M, Ui S
  • 雑誌名: Protein Pept Lett 巻: 22 ページ: 226-233
  • 査読あり
• [雑誌論文] The centromeric nucleosome-like CENP-T-W-S-X complex forms an octamer on DNA and induces positive supercoils (2014)
  • 著者名/発表者名: Kozo Takeuchi, Tatsuya Nishino, Kouta Mayanagi, Naoki Horikoshi, Akihisa Osakabe, Hiroaki Tachiwana, Tetsuya Hori, Hitoshi Kurumizaka and Tatsuo Fukagawa.
  • 雑誌名: Nucleic Acid Research 巻: 42 ページ: 16441655-16441655
  • DOI: 10.1093/nar/gkt1124
  • 査読あり / オープンアクセスとしている / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] データベース解析によるタンパク質リガンドの多様性 (2013)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 雑誌名: 生化学 巻: 85 ページ: 671-687
  • NAID: 10031195378
• [雑誌論文] Structure of novel enzyme in mannan biodegradation process 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase MGP (2013)
  • 著者名/発表者名: Setsu Nakae, Shigeaki Ito, Mariko Higa, Takeshi Senoura, Jun Wasaki, Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Susumu Ito, Tsuyoshi Shirai
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 巻: 425 ページ: 4468-4478
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2013.08.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] X-ray structure snalysis and characterization of AFUEI, an elastase inhibitor from Aspergillus fumigatus (2013)
  • 著者名/発表者名: Mayuko Sakuma, Katsumi Imada, Yoshiyuki Okumura, Kei-ichi Uchiya, Nobuo Yamashita, Kenji Ogawa, Atsushi Hijikata, Tsuyoshi Shirai, Michio Homma, Toshiaki Nikai
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 288 ページ: 17451-17459
  • DOI: 10.1074/jbc.m112.433987
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutational and structural analyses of Caldanaerobius polysaccharolyticus Man5B highlights functional plasticity in the glycoside hydrolase family 5 (2013)
  • 著者名/発表者名: Takuji Oyama, George E. Schmitz, Dylan Dodd, Yejun Han, Alanna Burnett, Naoko Nagasawa, Roderick I. Mackie, Haruki Nakamura, Kosuke Morikawa, Isaac Cann
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0080448
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal Structures of Copper-depleted and Copper-bound Fungal Pro-tyrosinase: Insights into Endogenous Cysteine-dependent Copper Incorporation (2013)
  • 著者名/発表者名: Shinobu Itoh, et al.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 288 ページ: 22128-22
  • DOI: 10.1074/jbc.m113.477612
  • 査読あり
• [雑誌論文] Design and synthesis of a series of α-benzyl phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gamma partial agonists with improved aqueous solubility. (2013)
  • 著者名/発表者名: Masao Ohashi, et.al.
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem 巻: 21 号: 8 ページ: 2319-2332
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2013.02.003
  • 説明: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Classification of Iigand molecules in PDB with fast heuristics graph match algorithm COMPLIG (2012)
  • 著者名/発表者名: Saito M, Takemura N, Shirai T
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 巻: 424 ページ: 379-390
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2012.10.001
  • 査読あり
• [雑誌論文] 超分子モデリング：DNA複製過程における複製モードと校正モードのスイッチングメカニズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 雑誌名: 生物物理 巻: 52 号: 5 ページ: 246-249
  • DOI: 10.2142/biophys.52.246
  • NAID: 10030877059
  • 査読あり
• [雑誌論文] 祖先遺伝子推定による古代タンパク質の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 雑誌名: 生物工学 巻: 12 ページ: 11-14
  • NAID: 110009580295
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bidirectional fluorescence properties of pyrene-based peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) α/σ dual agonist. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shintaro Ban 他７名
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem 巻: 20 号: 11 ページ: 3460-3464
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2012.04.015
  • 査読あり
• [学会発表] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来ファミリーD DNAホリメラーセの構造と機能の相関 (2015)
  • 著者名/発表者名: 高島 夏希, 石野 園子，高藤 三加，真柳 浩太，原 智彦，山上 健，石野 良純
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会・合同大会
  • 発表場所: 兵庫県神戸市
  • 年月日: 2015-12-01
• [学会発表] Single particle analysis of DNA replication fork complex (2015)
  • 著者名/発表者名: Kouta Mayanagi
  • 学会等名: The 25th Hot Spring Harbor International Symposium
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 2015-11-13
  • 国際共著/国際学会である
• [学会発表] DNA複製フォーク複合体の構築原理及び遷移•制御機構の解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 学会等名: さきがけ-ライフサイエンスの革新を目指した構造生命科学と先端的基盤技術- 研究領域 研究成果報告会
  • 発表場所: 東京都文京区
  • 年月日: 2015-11-09
• [学会発表] Development of a protein-protein docking method based on matching of vector-presented amino acid residues (2015)
  • 著者名/発表者名: Hijikata A, Shionyu M, Shirai T
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会2015年大会
  • 発表場所: 京都府宇治市
  • 年月日: 2015-10-29
• [学会発表] タンパク質超分子モデリングによる疾患関連変異の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 辻 敏之, 依田隆夫, 白井 剛
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会2015年大会
  • 発表場所: 京都府宇治市
  • 年月日: 2015-10-29
• [学会発表] 擬似リン酸化によるMEK1の構造変化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 中江 摂, 白井 剛, 桐井康行, 多田俊治
  • 学会等名: 平成27年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 大阪府堺市
  • 年月日: 2015-10-17
• [学会発表] A statistical amino acid pair potential to re-rank protein-protein docking poses predicted by a vector match algorithm (2015)
  • 著者名/発表者名: Hijikata A, Shionyu M, Shirai T
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 石川県金沢市
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Structure prediction and analyses of endonuclease NucS from Thermococcus kodakaraensis (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakae S, Hijikata A, Tsuji T, Yonezawa K, Kouyama K, Mayanagi K, Ishino S, Ishino Y, Shirai T
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 石川県金沢市
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] Relationship between protein-protein interaction interface predicted by complex modeling and disease-related amino acid variants (2015)
  • 著者名/発表者名: 辻 敏之, 依田隆夫, 白井 剛
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 石川県金沢市
  • 年月日: 2015-09-13
• [学会発表] A method for scoring protein docking-poses on the basis of protein-protein interactions statistics (2015)
  • 著者名/発表者名: Hijikata A, Shionyu M, Shirai T,
  • 学会等名: 第15回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 徳島県徳島市
  • 年月日: 2015-06-24
• [学会発表] マルチドメインタンパク質の構造予測サーバの構築 (2015)
  • 著者名/発表者名: 塩生真史, 土方敦司, 白井 剛
  • 学会等名: 第15回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 徳島県徳島市
  • 年月日: 2015-06-24
• [学会発表] Development of method for protein-protein interaction modeling using IntAct database (2015)
  • 著者名/発表者名: 辻 敏之, 依田隆夫, 白井 剛
  • 学会等名: 第15回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 徳島県徳島市
  • 年月日: 2015-06-24
• [学会発表] Architecture and Regulation Mechanism of DNA Replication Fork Complex Revealed by Single Particle Analysis (2015)
  • 著者名/発表者名: Mayanagi K
  • 学会等名: IGER International Symposium on Frontiers in Biological Research with Advanced Electron Microscope Technologies
  • 発表場所: 名古屋大学、名古屋
  • 年月日: 2015-01-15 – 2015-01-16
  • 招待講演
• [学会発表] DNA複製フォーク複合体の分子構築及び切換え機構の研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 学会等名: タンパク質研究所セミナー
  • 発表場所: 大阪
  • 招待講演
• [学会発表] Revealing the intracellular ultrastructure of filopodia with cryo-electron tomography (2014)
  • 著者名/発表者名: Aramaki S, Mayanagi K, Aoyama K, Yasunaga T
  • 学会等名: 日本顕微鏡学会第５８回シンポジウム
  • 発表場所: 九州大学、福岡
  • 年月日: 2014-11-16 – 2014-11-17
• [学会発表] 単粒子解析によるDNA複製フォーク複合体の機能構造連関の研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 学会等名: 京都大学放射線生物研究センターセミナー
  • 発表場所: 京都大学、京都
  • 年月日: 2014-11-07
  • 招待講演
• [学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの結晶構造解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
  • 学会等名: 平成26年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 東京大学、東京
  • 年月日: 2014-11-01 – 2014-11-03
• [学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの構造生物学 (2014)
  • 著者名/発表者名: 桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
  • 学会等名: 第87回日本生化学会年会
  • 発表場所: 国立京都国際会館、京都
  • 年月日: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [学会発表] Supramolecular modeling pipeline for correlative structural analysis and rational drug-design (2014)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 学会等名: 第５２回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター、札幌
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
  • 招待講演
• [学会発表] イントロダクション:3D遺伝学のすすめ (2014)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 学会等名: 第86回遺伝学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学、滋賀
  • 年月日: 2014-09-17 – 2014-09-19
• [学会発表] Single particle analysis of molecular architecture of DNA replication fork complex and switching mechanism of replication factors (2014)
  • 著者名/発表者名: Mayanagi K, Kiyonari S, Nishida H, Ishino S, Fujikane R, Saito M, Kohda D, Ishino Y, Shirai T, Morikawa K, Mayanagi K, Kiyonari S, Nishida H, Ishino S, Saito M, Kohda D, Ishino Y, Shirai T, Morikawa
  • 学会等名: 18th International Microscopy Congress
  • 発表場所: Prague Czech, Republic
  • 年月日: 2014-09-07 – 2014-09-12
• [学会発表] 超分子モデリングパイプラインの構築による相関構造解析・理論創薬支援 (2014)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 学会等名: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ワークピア横浜、横浜
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
  • 招待講演
• [学会発表] 超分子モデリングパイプラインの構築 (2014)
  • 著者名/発表者名: 白井 剛
  • 学会等名: 創薬等支援技術基盤プラットフォームテクニカルセミナー2014
  • 発表場所: 名古屋大学、名古屋
  • 年月日: 2014-06-24
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular architecture and switching mechanism of the replication fork complex (2014)
  • 著者名/発表者名: Mayanagi K, Kiyonari S, Nishida H, Ishino S, Saito M, Kohda D, Ishino Y, Shirai T, Morikawa K
  • 学会等名: Gordon Research Conference,Three Dimensional Electron Microscopy
  • 発表場所: Girona, Spain
  • 年月日: 2014-06-22 – 2014-06-27
• [学会発表] Molecular architecture and switching mechanism of DNA replication fork complex (2013)
  • 著者名/発表者名: Kouta Mayanagi
  • 学会等名: Gordon Research Conference,Three Dimensional Electron Microscopy
  • 発表場所: Colby-Sawyer College, NH, USA
• [学会発表] Electron microscopic analysis of molecular architecture and switching mechanism of DNA replication fork complex (2013)
  • 著者名/発表者名: Kouta Mayanagi, Shinichi Kiyonari, Hirokazu Nishida, Sonoko Ishino, Mihoko Saito, Daisuke Kohda, Yoshizumi Ishino, Tsuyoshi Shirai, Kosuke Morikawa
  • 学会等名: ICSG2013-SLS
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] Electron microscopic structure analysis of protein-DNA complexes (2013)
  • 著者名/発表者名: Kouta Mayanagi
  • 学会等名: The 3rd International conference on New Frontier of the Research on RecA-family recombinases and their accessory proteins
  • 発表場所: Nantes, France
• [学会発表] Activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Kouta Mayanagi, Takuji Oyama, Tsuyoshi Shirai, Kosuke Morikawa, Gyri Teien Haugland, Nils-Kare Birkeland, Daisuke Kohda, Yoshizumi Ishino
  • 学会等名: Thermophiles 2013
  • 発表場所: Regensburg, Germany
• [学会発表] 組み替えhuman poly(ADP-ribose) polymerase 1の精製と予備的構造解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: Kenichi Koyama, Kouta Mayanagi, Takayuki Eguchi, Hiroyuki Morita, Kazuo Kamemura, Yoshisuke Nishi, Masanao Miwa Tsuyoshi Shirai
  • 学会等名: 第８６回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 好熱性アーキアThermoplasma acidophilumにおける複製ヘリカーゼ活性化機構の分岐進化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 尾木野 弘実, 石野 園子, 真柳 浩太, 大山 拓次, 白井 剛, 森川 耿右, Haugland Gyri Teien, Birkeland Nils-Kare, 神田 大輔, 石野 良純
  • 学会等名: 第１４回極限環境生物学会
  • 発表場所: 川崎
• [学会発表] DNA 複製に関与する超分子複合体の単粒子解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 学会等名: 日本顕微鏡学会第57回シンポジウム
  • 発表場所: 名古屋
  • 招待講演
• [学会発表] Divergently evolved activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Kouta Mayanagi, Takuji Oyama, Tsuyoshi Shirai, Kosuke Morikawa, Gyri Teien Haugland, Nils-Kare Birkeland, Daisuke Kohda, Yoshizumi Ishino
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 組み替えhuman poly(ADP-ribose) polymerase 1の精製とその立体構造解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: Kenichi Koyama, Takayuki Eguchi, Hiroyuki Morita, Kazuo Kamemura, Yoshisuke Nishi, Masanao Miwa Tsuyoshi Shirai
  • 学会等名: 生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 4-O-β-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase (MGP) のＸ線結晶構造解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: Setsu Nakae,Shigeaki Ito, Mariko Higa, Takeshi Senoura, Jun Wasaki, Atsushi Hijikata, Masafumi Shionyu, Susumu Ito, Tsuyoshi Shirai
  • 学会等名: 生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Crystal structure of novel enzyme 4-O-β-D-mannosyl-D glucose phosphorylase with substrate and product molecules (2013)
  • 著者名/発表者名: Setsu Nakae, Shigeaki Ito, Mariko Higa, Takeshi Senoura, Jun Wasaki, Atsushi, Hijikata, Masafumi Shionyu, Susumu Ito Tsuyoshi Shirai
  • 学会等名: AsCA'13
  • 発表場所: 香港
• [学会発表] ダイニンモータードメインのX線構造解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 昆隆英、大山拓次、下-昆理恵子、須藤和夫、栗栖源嗣
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] 核内受容体PPARδリガンド結合ドメインとパーシャルアゴニストJK122の複合体結晶構造 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大山拓次、中村仁美、春日淳一、宮地弘幸、楠木正巳
  • 学会等名: 平成25年度日本生化学会関東支部例会
  • 発表場所: 山梨
• [学会発表] 核内受容体PPARγリガンド結合ドメインとスルホン酸含有新規パーシャルアゴニストの複合体結晶構造 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大山拓次、大橋雅生、宮地弘幸、楠木正巳
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 線菌Saccharopolyspora rectivirgula由来の耐熱性β-ガラクトシダーゼ酵素の結晶構造生物 (2012)
  • 著者名/発表者名: 渡辺慎太郎、大山拓次、竹内耕平、中山亨、楠木正巳
  • 学会等名: 第85回日本生化学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-15
• [学会発表] Structural basis for the activation of the nuclear receptor, PPARgamma, by fatty acid-and serotonin metabolites (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuyoshi Waku, Takuma Shiraki, Takuji Oyama, Clara Shinyu, Kosuke Morikawa
  • 学会等名: 第85回日本生化学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-15
• [学会発表] Thermoplasma acidophilum由来Cdc6/Orclとホモ4量体のGINSによるMCMとの相乗的な活性化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 尾木野弘実、石野園子、真柳浩太、大山拓次、白井剛、森川耿右、Gyri Teien Haugland、Nils-Kare Birkeland、石野良純
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] モータータンパク質ダイニンに特徴的なストーク領域の構造研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 西河洋祐、大山拓次、枝松正樹、豊嶋陽子、昆隆英、栗栖源嗣
  • 学会等名: 平成24年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 東北大学片平キャンパス
  • 年月日: 2012-10-25
• [学会発表] 放線菌Saccharopolyspora rectivirgula由来の耐熱性β-ガラクトシダーゼ野生型酵素の結晶構造解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 渡辺慎太郎、大山拓次、竹内耕平、中山亨、楠木正巳
  • 学会等名: 平成24年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 東北大学片平キャンパス
  • 年月日: 2012-10-25
• [学会発表] 単粒子解析による複製関連複合体の制御機構の研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 真柳浩太
  • 学会等名: 遺伝学研究集会
  • 発表場所: 遺伝学研究所
  • 年月日: 2012-10-03
• [学会発表] 新規セントロメア特異的ヒストン様複合体CENP-TWSXの構造機能解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 西野達哉、竹内康造、Karen Gascoigne、鈴木應志、堀哲也、大山拓次、森川耿右、Iain Cheeseman、深川竜郎
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-21
• [学会発表] ダイニンモータードメインの2.8-Å結晶構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 昆隆英、大山拓次、下一昆理恵子、須藤和夫、栗栖源嗣
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-20
• [図書] バイオインフォマティクス入門, (2015)
  • 著者名/発表者名: 日本バイオインフォマティクス学編（白井剛 編集代表者）
  • 総ページ数: 176
  • 出版者: 慶應義塾大学出版会
• [図書] Methods in Molecular Biology vol. 1200 (2014)
  • 著者名/発表者名: Ogawa T, Shirai T
  • 総ページ数: 613
  • 出版者: Springer
• [図書] 生命のビッグデータ利用の最前線 (2014)
  • 著者名/発表者名: 辻 敏之, 白井 剛
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] Protein Engineering - Technology and Application (2013)
  • 著者名/発表者名: Tomohisa Ogawa, Tsuyoshi Shirai
  • 総ページ数: 22
  • 出版者: InTech
• [産業財産権] 耐熱性ミスマッチエンドヌクレアーゼの利用方法 (2014)
  • 発明者名: 上森隆司, 石野良純, 相良武宏, 石野園子, 山上健, 白井剛
  • 権利者名: 上森隆司, 石野良純, 相良武宏, 石野園子, 山上健, 白井剛
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2014-09-11
  • 出願年: 2014