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ヒト上科で種特異的に生じている反復配列増減の比較ゲノム実験に基づく定量的な解析

研究課題

研究課題/領域番号 24370098
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 自然人類学
研究機関京都大学

研究代表者

古賀 章彦  京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)

研究分担者 島田 敦子  東京大学, 大学院理学系研究科, 助教 (20376552)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2014年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2013年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2012年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
キーワードゲノム / 反復配列 / サテライトDNA / ヒト / 霊長類 / 分子進化 / セントロメア / 高次構造 / 進化的起源 / 進化 / 遺伝学 / 人類学
研究成果の概要

反復配列(同じまたは類似の遺伝情報の繰り返し)はゲノム中に大量に存在する。進化の途上で、その構成には大きな変化が起こっていることが推測される。本課題は、ヒト上科(ヒトおよび類人猿)を対象として、構成の変化の具体的な様相を明らかにすることを目的とした。主要な結果および意義は、つぎの3点である。テナガザルで、アルファサテライトDNA(セントロメアの主要成分)が別の反復配列で置換されている。新規のトランスポゾン(動く遺伝因子)が形成されてそれが大量に増幅することが、ヒト上科であり得る。アルファサテライトDNAにみられる高次構造の進化的起源は、従来考えられていた時期を大きく遡る。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件、 謝辞記載あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Higher-order repeat structure in alpha satellite DNA occurs in New World monkeys and is not confined to hominoids2015

    • 著者名/発表者名
      Sujiwattanarat P, Thapana W, Srikulnath K, Hirai Y, Hirai H, *Koga A
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 未定

    • NAID

      120005758209

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Reduction in the structural instability of cloned eukaryotic tandem-repeat DNA by low-temperature culturing of host bacteria2014

    • 著者名/発表者名
      Watcharaporn Thapana, Penporn Sujiwattanarat, Kornsorn Srikulnath, Hirohisa Hirai, and Akihiko Koga
    • 雑誌名

      Genetics Research

      巻: 96

    • DOI

      10.1017/s0016672314000172

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Novel variable number of tandem repeats of gibbon MAOA gene and its evolutionary significance2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Choi, Y.-D. Jung, S. Ayarpadikannan, A. Koga, H. Imai, H. Hirai, C. Roos,and H.-S. Kim
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 57 号: 8 ページ: 427-432

    • DOI

      10.1139/gen-2014-0065

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Locational diversity of alpha satellite DNA and intergeneric hybridization aspects in the Nomascus and Hylobates genera of small apes2014

    • 著者名/発表者名
      Baicharoen S, Miyabe-Nishiwaki T, Arsaithamkul V, Hirai Y, Duangsa-ard K, Siriaroonrat B, Domae H, Srikulnath K, Koga A, *Hirai H
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 9 号: 10 ページ: e109151-e109151

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0109151

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolutionary origin of higher-order repeat structure in alpha satellite DNA of primate centromeres2014

    • 著者名/発表者名
      *Koga A, Hirai Y, Terada S, Jahan I, Baicharoen S, Arsaithamkul V, Hirai H
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 未定

    • NAID

      120005477727

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterochromatin blocks constituting the entire short arms of acrocentric chromosomes of Azara's owl monkey : formation processes inferred from chromosomal locations2013

    • 著者名/発表者名
      Prakhongcheep O, Chaiprasertsri N, Terada S, Hirai Y, Srikulnath K, Hirai H, Koga A
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 20 号: 5 ページ: 461-470

    • DOI

      10.1093/dnares/dst023

    • NAID

      120005343928

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Higher-order repeat structure in alpha satellite DNA is an attribute of hominoids rather than hominids2013

    • 著者名/発表者名
      Terada S, Hirai Y, Hirai H, Koga A
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 58 号: 11 ページ: 752-754

    • DOI

      10.1038/jhg.2013.87

    • NAID

      40019875182

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two Types of Alpha Satellite DNA in Distinct Chromosomal Locations in Azara's Owl Monkey2013

    • 著者名/発表者名
      Prakhongcheep O, Hirai Y, Hara T, Srikulnath K, Hirai H, Koga A
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 20 号: 3 ページ: 235-240

    • DOI

      10.1093/dnares/dst004

    • NAID

      120005333914

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] repeat sequences evolutionarily related to SVA-type retrotransposons are expanded in the centromere region of the western hoolock gibbon, a small ape2012

    • 著者名/発表者名
      Hara T, Hirai Y, Jahan I, Hirai H, Koga A
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 57 号: 12 ページ: 760-765

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.107

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DNA-based transposable elements as natural mutators in vertebrate genomes2014

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Koga
    • 学会等名
      2014 International Conference of the Korean Society for Molecular and Cellular Biology
    • 発表場所
      COEX (Seoul, Korea)
    • 年月日
      2014-10-21 – 2014-10-23
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Higher-order repeat structure in centromeric repetitive DNA is not confined to central regions2014

    • 著者名/発表者名
      Penporn Sujiwattanarat, Watcharaporn Thapana, Kornsorn Srikulnath, 平井啓久, 古賀章彦
    • 学会等名
      日本進化学会第16回大阪大会
    • 発表場所
      高槻現代劇場(大阪府高槻市)
    • 年月日
      2014-08-21 – 2014-08-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Incredible gibbon alpha-satellite: evolutionary origin of higher-order repeat structure2014

    • 著者名/発表者名
      Akihiko Koga, Yuriko Hirai, Israt Jahan, Sudarath Baicharoen, Visit Arsaithamkul, Hirohisa Hirai
    • 学会等名
      25th International Primatological Society Congress
    • 発表場所
      Melia Hanoi Hotel (Hanoi, Vietnam)
    • 年月日
      2014-08-11 – 2014-08-16
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ヨザルの染色体変異に関与したと考えられる大規模反復配列2014

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦, Ornjira Prakhongcheep, Nampech Chaiprasertsri, 平井百合子, 平井啓久
    • 学会等名
      第30回日本霊長類学会大会
    • 発表場所
      大阪科学技術センター(大阪市)
    • 年月日
      2014-07-04 – 2014-07-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ヒト科とテナガザル科におけるセントロメア反復配列高次構造の起源2013

    • 著者名/発表者名
      寺田祥子、平井百合子、平井啓久、古賀章彦
    • 学会等名
      第29回日本霊長類学会・日本哺乳類学会2013年度合同大会
    • 発表場所
      岡山理科大学(岡山市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] セントロメアを構成する反復配列の高次構造はヒト科ではなくヒト上科の特性である2013

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦、平井百合子、寺田祥子、平井啓久
    • 学会等名
      日本遺伝学会第85回大会
    • 発表場所
      慶応義塾大学日吉キャンパス(横浜市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Possible genomic impact of SVA retrotransposon in humans similar to that in gibbons2012

    • 著者名/発表者名
      Hara T, Hirai Y, Hirai H, Koga A
    • 学会等名
      Annulal Meeting of the American Society of Human Genetics
    • 発表場所
      Moscone Center (アメリカ)
    • 年月日
      2012-11-08
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ヨザルのヘテロクロマチンを構成する切れやすそうな縦列反復配列 : 染色体構成の急速な変化への関与に関する仮説2012

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦・平井百合子・オーンプラコンチ・平井啓久
    • 学会等名
      日本遺伝学会第84回大会
    • 発表場所
      九州大学(福岡市)
    • 年月日
      2012-09-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 反復配列の増減を指標としたテナガザル科4属の系統関係推定の試み2012

    • 著者名/発表者名
      寺田祥子・平井百合子・平井啓久・古賀章彦
    • 学会等名
      日本進化学会第14回大会
    • 発表場所
      九州大学(福岡市)
    • 年月日
      2012-09-26
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] テナガザルにみられるトランスポゾンのゲノムへの影響: 新規因子の形成と増幅2012

    • 著者名/発表者名
      原暢・古賀章彦・スダラバイシャルン・平井百合子・平井啓久
    • 学会等名
      第28回日本霊長類学会大会
    • 発表場所
      椙山女学園大学(名古屋市)
    • 年月日
      2012-07-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2012-04-24   更新日: 2019-07-29  

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