琉球諸島と北部九州のヒト集団比較ゲノム解析～日本人の形成と環境適応の解明に向けて

• 研究課題/領域番号: 24370099
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 自然人類学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
• 研究分担者: 木村 亮介 琉球大学, 医学系研究科, 准教授 (00453712) ; 間野 修平 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (20372948)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 18,850千円 (直接経費: 14,500千円、間接経費: 4,350千円); 2014年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円); 2013年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2012年度: 8,970千円 (直接経費: 6,900千円、間接経費: 2,070千円)
• キーワード: ヒト / 日本列島 / ゲノム / 混血 / 琉球 / 北部九州 / 縄文 / 弥生 / ゲノム網羅的SNPデータ / 琉球諸島 / 先島諸島 / 北海道アイヌ / 本州日本 / 分集団構造 / 二重構造モデル / 沖縄本島 / 宮古島 / 石垣島 / 縄文人 / 弥生人 / 集団遺伝学 / 移住

研究成果の概要

本研究は「日本人の起源」を生物学的に検証する目的で詳細なサンプリングとゲノム解析をおこなった。その結果、日本人の集団構造をより高い解像度で明らかにした。【詳細】1.　琉球諸島住民のゲノム解析の結果、①琉球諸島は本土日本とは異なるクラスターを形成し、②石垣島で最近発見された1万7千年前の人骨と現在の先島諸島住民との遺伝的継続性は否定された（Sato et al. 2014）。2.　アイヌ、漢民族、本州日本人のゲノムデータを用いて「(1)連続、(2)置換、(3)混血」をKernel ABCによりモデル化し、検証した結果「混血モデル」が最も尤もらしかった（Nakagome et al.印刷中）。

研究成果

• [雑誌論文] Model-based verification of hypotheses on the origin of modern Japanese revisited by Bayesian inference based on genome-wide SNP data (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, T. SAto, H. Ishida, T. Hanihara, T. Yamaguchi, R. Kimura, S. Mano, S. Kawamura, H. Oota
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-WideSNP Analysis Reveals Population Structure and Demographic History of the Ryukyu Islanders in the Southern Part of the Japanese Archipelago (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Sato, S. Nakagome, C. Watanabe, K. Yamaguchi, A. Kawaguchi, K. Koganebuchi, K. Haneji, T. Yamaguchi, T. Hanihara, K. Yamamoto, H. Ishida, S. Mano, R. Kimura, H. Oota
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 31(11) ページ: 2929-2940
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Correspondence: Human genetic research, race, ethnicity and the labeling of populations: recommendations based on an interdisciplinary workshop in Japan (2014)
  • 著者名/発表者名: Takezawa, Y., Kato, K., Oota. H., Caulfield, T., Fujimoto, A., Honda, F., Kamatani, N., Kawamura, S., Kawashima, K., Kimura, R., Matsumae, H., Saito, A., Savage, P. E., Seguchi, N., Shimizu, K., Terao, S., Yamaguchi-Kabata, Y., Yasukouchi, A., Yoneda, M. and Tokunaga, K.
  • 雑誌名: BMC Medical Ethics 巻: 15 号: 1 ページ: 33-33
  • DOI: 10.1186/1472-6939-15-33
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Dysbiosis of salivary microbiota in inflammatory bowel disease and its association with oral immunological biomarkers (2014)
  • 著者名/発表者名: Heba S. Said
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 21(1) 号: 1 ページ: 15-25
  • DOI: 10.1093/dnares/dst037
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 古人類のゲノム解析～ネアンデルタール人とデニソワ人/Paleogenomics on extinct hominins- Neanderthal and Denisovan (2014)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 雑誌名: 生物科学 巻: Vol.65No.4 ページ: 226-235
  • 査読あり
• [雑誌論文] The history of human populations in the Japanese Archipelago inferred from genome-wide SNP data with a special reference to the Ainu and the Ryukyuan Populations. (2012)
  • 著者名/発表者名: Jinam T, Nishida N, Hirai M, Kawamura S, Oota H, Umetsu K, Kimura R, Ohashi J, Tajima A, Yamamoto T, Tanabe H, Mano S, Suto Y, Kaname T, Naritomi K, Yanagi K, Niikawa N, Omoto K. Saitou N
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 57巻 号: 12 ページ: 787-79
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.114
  • NAID: 10031145887
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of the Asian-specific nonsynoymous EDAR variation on multiple dental traits : possible hichhiking phenotypes (2012)
  • 著者名/発表者名: Park J-H, Yamaguchi T, Hanihara T
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 57 号: 8 ページ: 508-514
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Koganebuchi, T. Katsumura, S. Nakagome, H. Ishida, S. Kawamura, H. Oota
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ 巻: 120 号: 3 ページ: 199-208
  • DOI: 10.1537/ase.120322
  • NAID: 10031145903
  • ISSN: 0918-7960, 1348-8570
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: (In press) 号: 6 ページ: 1569-85
  • DOI: 10.1093/molbev/mss006
  • 査読あり
• [学会発表] 人類学の視点からヒトの「遺伝」・「多様性」をどう考えるか 日本人類学会の取り組み (2015)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 東京都生物学教育連合会
  • 発表場所: 日本医科大学病院棟（東京都文京区）
  • 年月日: 2015-01-12
• [学会発表] Challenges to Ancient DNA Analysis in Japan: bioarcheological remains from high temperature, high humidity and an acidic soil environment (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Matsumae, T. Gakuhari, T. Katsumura, R. Schmidt, K. Koganebuchi, H. Oota
  • 学会等名: 6th International Symposium on Biomolecular Archaeology
  • 発表場所: Basel, Switzerland
  • 年月日: 2014-08-27 – 2014-08-30
• [学会発表] 化石標本とライフサイエンスデータを統合する進化史研究の基盤データベースの開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 松前ひろみ、仲里猛留、大田達郎、太田博樹
  • 学会等名: 日本進化学会第16回大阪大会
  • 発表場所: 高槻現代劇場（大阪府高槻市）
  • 年月日: 2014-08-21 – 2014-08-24
• [学会発表] 日本列島ヒト集団におけるモヤモヤ病感受性遺伝子RNF213の遺伝的多様性の検討 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小金渕佳江、石崎直也、河村正二、木村亮介、石田肇、城圭一郎、副島英伸、藤本一真、佐藤公彦、安井美江、隈部俊宏、藤井清隆、秋山辰穂、埴原恒彦、太田博樹
  • 学会等名: 日本進化学会第16回大阪大会
  • 発表場所: 大高槻現代劇場（大阪府高槻市）
  • 年月日: 2014-08-21 – 2014-08-24
• [学会発表] 遺跡出土のヒトのDNA分析最先端科学で明らかになる古代人のルーツ (2014)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹
  • 学会等名: 公益財団法人・群馬県埋蔵文化財調査事業団主催の一般向け講座である埋蔵文化財講座「ぐんま発掘玉手箱」第2回
  • 発表場所: 群馬県埋蔵文化財調査センター発掘情報館（群馬県渋川市）
  • 年月日: 2014-07-13
• [学会発表] メラトニン抑制に関する生理的多型と時計遺伝子PERIOD2 多型との関係及びその適応的意義の考察 (2014)
  • 著者名/発表者名: 秋山辰穂、勝村啓史、中込滋樹、城圭一郎、副島英伸、木村亮介、石田肇、埴原恒彦、樋口重和、太田博樹
  • 学会等名: 第70回日本生理人類学会大会
  • 発表場所: 九州大学大橋キャンパス（福岡県福岡市）
  • 年月日: 2014-06-21 – 2014-06-22
• [学会発表] Association between the PERIOD2 gene polymorphism and the physiological polytypism for light sensitivity in humans (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Akiyama, T. Katsumura, S. Nakagome, K. Joh, H. Soejima, K. Fujimoto, R. Kimura, H. Ishida, T. Hanihara, S. Higuchi, H. Oota
  • 学会等名: Sokendai International Symposium "Modern Human Diversity on Gene and Culture: with special reference to Asia and Oceania"
  • 発表場所: Hayama, Japan
• [学会発表] Population structure of the Ryukyu Islanders revealed by genome-wide SNP genotyping (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Sato
  • 学会等名: IUAES 2014 with JASCA
  • 発表場所: Makuhari Messe, Chiba, Japan
• [学会発表] A genetic polymorphism of the PER2 gene associates with physiological polytypisms for light sensitivity in humans (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Akiyama, S. Higuchi, H. Oota
  • 学会等名: IUAES 2014 with JASCA
  • 発表場所: Makuhari Messe, Chiba, Japan
• [学会発表] Evolutionary insights into genetic and environmental factors for Crohn's disease in Ryuku and Nothern Kyushu (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, H. Chinen, H. Said, W. Suda, A. Iraha, A. Hokama, F. Kinjo, J. Fujita, Y. Takeyama, S. Sakisaka, T. Matsui, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, T. Hanihara, R. Kimura, H. Ishida, H. Morita, M. Hattori, S. Mano, H. Oota
  • 学会等名: American Society of Human Genetics 2013 Annual Meeting
  • 発表場所: Boston, USA
• [学会発表] アルコール代謝関連遺伝子群を用いた日本列島ヒト集団の遺伝的多様性の検証 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小金渕佳江、松草博隆、中込滋樹、石田肇、埴原恒彦、城圭一郎、副島英伸、藤本一眞、河村正二、太田博樹、アジア人DNAレポジトリーコンソーシアム
  • 学会等名: 第26回北里大学バイオサイエンスフォーラム
  • 発表場所: 北里大学相模原キャンパス、相模原
• [学会発表] 光刺激応答の生理的多様性に関与する時計遺伝子多型の同定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 秋山辰穂、勝村啓史、樋口重和、安河内朗、藤本一眞、副島英伸、城圭一郎、中込滋樹、石田肇、埴原恒彦、太田博樹
  • 学会等名: 第26回北里大学バイオサイエンスフォーラム
  • 発表場所: 北里大学相模原キャンパス、相模原
• [学会発表] ヒト色覚多型の起源解明を目指したL-Mオプシン遺伝子間塩基相違度のExon*intron 領域による違い方の集団間及び種間比較 (2013)
  • 著者名/発表者名: 栗山友理子、石崎直也、白井裕介、福世裕貴子、Kenneth K. Kidd, 太田博樹、手島康介、河村正二
  • 学会等名: 第67回日本人類学会大会
  • 発表場所: 茨城
• [学会発表] 時計遺伝子PERIOD2の多型と光刺激応答の生理的多様性の関係及びその人類学的考察 (2013)
  • 著者名/発表者名: 秋山辰穂、勝村啓史、埴原恒彦、太田博樹、中込滋樹、藤本一眞、副島英伸、城圭一郎、木村亮介、石田肇、安河内朗、樋口重和
  • 学会等名: 第67回日本人類学会大会
  • 発表場所: 茨城
• [学会発表] モヤモヤ病原因遺伝子RNF213の琉球諸島・北部九州ヒト集団における遺伝的多型 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小金渕佳江、中込滋樹、間野修平、石崎直也、河村正二、木村亮介、石田肇、城圭一郎、副島英伸、藤本一眞、佐藤公俊、安井美江、隈部俊宏、藤井清隆、秋山辰穂、埴原恒彦、太田博樹
  • 学会等名: 第67回日本人類学会大会
  • 発表場所: 茨城
• [学会発表] 人類学の立場からパーソナルゲノムプロジェクトを考える (2013)
  • 著者名/発表者名: 松前ひろみ、間野修平、太田博樹
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 兵庫
• [学会発表] Comparative Analysis of Salivary Microbiota of IBD Patients and Healthy Individuals using Barcoded Pyrosequencing (2012)
  • 著者名/発表者名: H. S. Said, S. Wataru, N. Shigeki, H. Oota, H. Chinen, H. Morita, M. Hattori
  • 学会等名: International Human Microbiome Congress
  • 発表場所: フランス、パリ(招待講演)
• [学会発表] 琉球諸島と北部九州におけるクローン病の遺伝と環境の相互作用に関する人類学的考察 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中込滋樹、知念寛、竹山康章、Said H. S.、須田亙、木村亮介、石田肇、埴原恒彦、Kidd J. R.、Kidd K. K.、河村正二、森田英利、服部正平、間野修平、太田博樹
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川、慶應義塾大学
• [学会発表] ゲノムワイドSNPデータに基づく琉球列島の人々の集団構造 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤丈寛、川口亮、石田肇、山口徹太郎、山本健、河村正二、中込滋樹、間野修平、埴原恒彦、太田博樹、渡辺千晶、山口今日子、木村亮介
  • 学会等名: 第66回日本人類学会大会
  • 発表場所: 神奈川、慶應義塾大学
• [図書] 医学のあゆみ 249巻6号 (2014)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹 他
  • 出版者: 医歯薬出版株式会社
• [図書] 生命のビッグデータ利用の最前線 (2014)
  • 著者名/発表者名: 松前ひろみ、間野修平、太田博樹、植田充美 他
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: 株式会社シーエムシー
• [図書] ヒトは病気とともに進化した シリーズ認知と文化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹、長谷川眞理子
  • 総ページ数: 232
  • 出版者: 勁草書房
• [図書] 生物の科学 遺伝５月号 (2013)
  • 著者名/発表者名: 太田博樹 他
  • 総ページ数: 412
  • 出版者: 株式会社エヌ・ティー・エス
• [図書] Evolutionary Insights into the "Population-Specificity" of the Genetic Factors Associated with Inflammatory Bowel Diseases. ppl-20. Ulcerative Colitis 2 (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Nakagome, H. Oota
  • 総ページ数: 222
  • 出版者: InTech (Rijeka, Croatia)
• [備考] 北里大学医学部・太田研究室ホームページ
  • URL: http://www.med.kitasato-u.ac.jp/~anatomy-anthropology/oota_lab/index.php