染色体機能調節因子としてのプラスミドの機能メカニズムの解明

• 研究課題/領域番号: 24380043
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 一部基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 野尻 秀昭 東京大学, 生物生産工学研究センター, 教授 (90272468)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円); 2014年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2013年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2012年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
• キーワード: プラスミド / 染色体 / 遺伝子発現 / 転写制御 / 核様体 / 転写調節 / 転写様式 / 核様体タンパク質 / 接合伝達

研究成果の概要

プラスミドによる宿主染色体の機能調節のメカニズムを解明するため、“プラスミドを保持すること”の浸透圧ストレスへの影響や特定の遺伝子群の転写誘導／転写抑制について機構解明を行った。また、この現象において重要な役割を果たすプラスミド由来の核様体タンパク質（特に中心的役割を果たすH-NS familyタンパク質）の二量体化・多量体化機構をタンパク質間相互作用の解析と結晶構造を元に解析した。

研究成果

• [雑誌論文] Effects of three different nucleoid-associated proteins encoded on IncP-7 plasmid pCAR1 on host Pseudomonas putida KT2440 (2015)
  • 著者名/発表者名: Suzuki-Minakuchi C., R. Hirotani, M. Shintani, T. Takeda, Y. Takahashi, K. Matsui, D. Vasileva, C.-S. Yun, K. Okada, H. Yamane, and H. Nojiri
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 巻: 81 号: 8 ページ: 2869-2880
  • DOI: 10.1128/aem.00023-15
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Modulation of primary cell functions of host Pseudomonas bacteria by conjugative plasmid pCAR1 (2015)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Y., M. Shintani, N. Takase, Y. Kazou, F. Kawamura, H. Hara, H. Nishida, K. Okada, H. Yamane, and H. Nojiri
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 巻: 17 号: 1 ページ: 134-155
  • DOI: 10.1111/1462-2920.12515
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Oligmerization mechanisms of an H-NS family protein, Pmr, encoded on the plasmid pCAR1 provide a molecular basis for functions of H-NS family members (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, C., K. Kawazuma, S. Horita, T. Terada, M. Tanokura, K. Okada, H. Yamane, and H. Nojiri
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 号: 8 ページ: e105656-e105656
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0105656
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 環境中におけるプラスミドの挙動解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 新谷政己、松井一泰、金原和秀、野尻秀昭
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology 巻: 13 ページ: 125-134
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impact of catabolic plasmids on host cell physiology (2013)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 雑誌名: Current Opinion in Biotechnology 巻: (印刷中) 号: 3 ページ: 423-430
  • DOI: 10.1016/j.copbio.2012.09.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] 異なる栄養条件下におけるプラスミドの接合伝達頻度の比較解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 新谷、野尻, ら(他4名)
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology 巻: 12 ページ: 163-167
  • 査読あり
• [雑誌論文] プラスミド保持に伴う負荷を軽減化する宿主染色体因子 (2012)
  • 著者名/発表者名: 能登、野尻, ら(他9名)
  • 雑誌名: Journal of Environmental Biotechnology 巻: 12 ページ: 135-139
• [学会発表] 混合バイオフィルム中でのプラスミドの挙動 (2015)
  • 著者名/発表者名: 李昇昱、水口（鈴木）千穂、清川達則、野村暢彦、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年度大会
  • 発表場所: 岡山大学津島キャンパス、岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] プラスミドpCAR1上の転写開始点とプロモーター領域の網羅的解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 舘はる香、水口（鈴木）千穂、高橋裕里香、大坪嘉行、津田雅孝、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年度大会
  • 発表場所: 岡山大学津島キャンパス、岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体由来MvaT様因子のヘテロ二量体形成機構 (2015)
  • 著者名/発表者名: 川妻孝平、水口（鈴木）千穂、寺田透、藤本瑞、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会2015年度大会
  • 発表場所: 岡山大学津島キャンパス、岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
• [学会発表] Plasmid business: effects on the host cell physiology and plasmid fitness cost (2014)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 学会等名: International Society for Plasmid Biology Scientific Meeting 2014
  • 発表場所: Palm Cove, Australia
  • 年月日: 2014-10-27 – 2014-11-01
  • 招待講演
• [学会発表] プラスミドpCAR1にコードされる核様体タンパク質が宿主に及ぼす影響の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 水口（鈴木） 千穂、廣谷龍輔、高橋裕里香、松井一泰、武田俊春、尹忠銖、新谷政己、岡田憲典、山根久和、野尻秀昭
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松アクトシティコングレスセンター、浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] プラスミドpCAR1上の転写開始点とプロモーター領域の網羅的解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 舘はる香、高橋裕里香、大坪嘉行、津田雅孝、水口（鈴木）千穂、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松アクトシティコングレスセンター、浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
• [学会発表] Bacterial Evolution in Environment via Plasmid Conjugation (2014)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 学会等名: 環境微生物系学会合同大会2014
  • 発表場所: 浜松アクトシティコングレスセンター、浜松
  • 年月日: 2014-10-21 – 2014-10-24
  • 招待講演
• [学会発表] プラスミドpCAR1上の転写開始点とプロモーター領域の網羅的解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 舘はる香、水口（鈴木）千穂、高橋裕里香、大坪嘉行、津田雅孝、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会関東支部2014年度支部大会
  • 発表場所: 埼玉大学、埼玉
  • 年月日: 2014-10-18
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体にコードされるMvaTホモログのホモ多量体・ヘテロ二量体形成機構の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 川妻 孝平, 水口（鈴木） 千穂, 岡田 憲典, 野尻 秀昭
  • 学会等名: 第13回微生物研究会
  • 発表場所: 東京農業大学、東京
  • 年月日: 2014-07-26
• [学会発表] Degradative Plasmids as the Agents for Bacterial Evolution (2014)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 学会等名: Thailand-Japan Collaboration Symposium on Microbial Resources for Environmental and Industrial Applications
  • 発表場所: Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand
  • 年月日: 2014-06-03
  • 招待講演
• [学会発表] Cooperative Function of Plasmid- and Chromosomally Encoded H-NS Family Proteins (2014)
  • 著者名/発表者名: Chiho Suzuki-Minakuchi
  • 学会等名: Thailand-Japan Collaboration Symposium on Microbial Resources for Environmental and Industrial Applications
  • 発表場所: Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand
  • 年月日: 2014-06-03
  • 招待講演
• [学会発表] Plasmid business: plasmid effect to host cell physiology and fitness (2014)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 学会等名: Mini-Symposium: Plasmid effect to host cell physiology and fitness
  • 発表場所: University of Massachusetts Amherst
  • 年月日: 2014-05-21
  • 招待講演
• [学会発表] Modulation of primary cell function of host Pseudomonas bacteria by the conjugative plasmid pCAR1 (2014)
  • 著者名/発表者名: Yurika Takahashi
  • 学会等名: Mini-Symposium: Plasmid effect to host cell physiology and fitness
  • 発表場所: University of Massachusetts Amherst
  • 年月日: 2014-05-21
• [学会発表] A key global regulator that alters host function: H-NS family protein encoded on the plasmid pCAR1 (2014)
  • 著者名/発表者名: Chiho Suzuki-Minakuchi and Kohei Kawazuma
  • 学会等名: Mini-Symposium: Plasmid effect to host cell physiology and fitness
  • 発表場所: University of Massachusetts Amherst
  • 年月日: 2014-05-21
• [学会発表] Cooperative Function of the Three Nucleoid-Associated Proteins Encoded on IncP-7 Catabolic Plasmid pCAR1 (2014)
  • 著者名/発表者名: Chiho Suzuki, Ryusuke Hirotani, Yurika Takahashi, Kazuhiro Matsui, Toshiharu Takeda, Choong-Soo Yun, Masaki Shintani, Kazunori Okada, Hisakazu Yamane, Hideaki Nojiri
  • 学会等名: American Society for Microbiology 114th General Meeting
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2014-05-17 – 2014-05-20
• [学会発表] Homo-Oligomerization Manners of H-NS Family Proteins, IncP-7 Catabolic Plasmid pCAR1-BornePmr and its Pseudomonas Host Chromosome-Brone TurA and TurB (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Kawazuma, C. Suzuki, T. Terada, K. Okada, H. Yamane, H. Nojiri
  • 学会等名: American Society for Microbiology 114th General Meeting
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2014-05-17 – 2014-05-20
• [学会発表] Comparisons of the Impacts on Host Cell by Carriage of a Different Plasmid (2014)
  • 著者名/発表者名: Y. Takahashi, D. Sugiyama, M. Shintani, H. Yamane, K. Okada, M. Tsuda, H. Nojiri
  • 学会等名: American Society for Microbiology 114th General Meeting
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2014-05-17 – 2014-05-20
• [学会発表] プラスミドpCAR1由来の3種の核様体タンパク質は協調的に機能する (2014)
  • 著者名/発表者名: 鈴木千穂、廣谷龍輔、高橋裕里香、松井一泰、武田俊春、尹忠銖、新谷政己、岡田憲典、山根久和、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体にコードされるMvaTホモログのホモ多量体・ヘテロ二量体形成機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 川妻孝平、鈴木千穂、藤本瑞、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] プラスミドの保持が宿主細菌に与える影響のプラスミド間比較 (2014)
  • 著者名/発表者名: 高橋裕里香、杉山大介、新谷政己、山根久和、岡田憲典、津田雅孝、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] プラスミド上及び宿主染色体にコードされるMvaTホモログ群の改変ChIP-chip解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 高橋裕里香、尹忠銖、鈴木千穂、新谷政己、山根久和、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 川崎
• [学会発表] pCAR1にコードされる核様体タンパク質の転写様式と相互作用の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 鈴木千穂、高橋裕里香、新谷政己、岡田憲典、山根久和、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 川崎
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体にコードされるMvaTホモログのヘテロ二量体形成機構の解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 川妻孝平、鈴木千穂、藤本瑞、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 川崎
• [学会発表] 環境細菌の振る舞いと進化における接合伝達性プラスミドの役割 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野尻秀昭
  • 学会等名: 日本遺伝学会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] プラスミドを保持した細菌の応答のプラスミド間比較 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高橋裕里香、杉山大介、新谷政己、山根久和、岡田憲典、津田雅孝、野尻秀昭
  • 学会等名: 極限環境生物学会
  • 発表場所: 川崎
• [学会発表] 難分解性環境汚染物質の分解細菌が有する分解能の分子基盤の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野尻秀昭
  • 学会等名: 極限環境生物学会
  • 発表場所: 川崎
  • 招待講演
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体由来のH-NS槎因子による異なる転写制御機構の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 鈴木、野尻, ら (他6名)
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(滋賀)
• [学会発表] バイオフィルム表現型の変化に関与する新規遺伝因子の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 李、野尻, ら(他4名)
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(滋賀)
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体にコードされるH-NS様因子が異なる機能を持つ機構の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 鈴木、野尻, ら (他6名)
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年度大会
  • 発表場所: 東北大学川内芯北キャンパス(宮城)
• [学会発表] プラスミド保持細菌のプラスミドに対する応答の比較 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高橋、野尻, ら(他4名)
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年度大会
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス(宮城)
• [学会発表] バイオフィルム表現型の変化に関与する新規遺伝因子の探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 李、野尻, ら(他5名)
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年度大会
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス(宮城)
• [学会発表] 宿主機能を制御する可動性遺伝因子プラスミドの働き (2012)
  • 著者名/発表者名: 野尻秀昭
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(福岡)(招待講演)
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] プラスミドと宿主染色体にコードされるH-NS様因子が異なる機能を持つメカニズムの解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鈴木、野尻, ら(他5名)
  • 学会等名: BIA Symposium 2012
  • 発表場所: 明治記念館(東京)
  • 年月日: 2012-07-20
• [学会発表] ROLE OF THE H-NS FAMILY PROTEINS IN COOPERATIVE FUNCTION OF CARBAZOLE DEGRADATIVE PLASMID pCARl AND HOST CHROMOSOME (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, Nojiri, ら(他5名)
  • 学会等名: Environmental Microbiology and Biotechnology conference 2012
  • 発表場所: Bologna, Italy
• [学会発表] INTERACTION BETWEEN DEGRADATIVE PIASMID AND HOST CHROMOSOME DIFFER BETWEEN THREE PSEUDOMONAS HOSTS (2012)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Nojiri, ら(他7名)
  • 学会等名: Environmental Microbiology and Biotechnology Conference 2012
  • 発表場所: Bologna, Italy
• [学会発表] Plasmid, a key determinant of the fate of xenobiotic-degrading bacteria in natural eco-system (2012)
  • 著者名/発表者名: Hideaki Nojiri
  • 学会等名: Japan-Finland Biotechnology Symposium 2012
  • 発表場所: 東北学院大学押川記念ホール(宮城)(招待講演)
• [学会発表] Modulation of primary host cell function by conjugative plasmid pCARl (2012)
  • 著者名/発表者名: Takahashi, Nojiri, ら(他6名)
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2012
  • 発表場所: Santander, Spain
• [学会発表] Interaction between IncP-7 carbazole-degradative plasmid pCARl and host chromosome through H-NS family proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, Nojiri, ら(他6名)
  • 学会等名: International Plasmid Biology Conference 2012
  • 発表場所: Santander, Spain
• [学会発表] Effects of carbazole degradative plasmid pCARI on biofilm formation of three Pseudomonas strains (2012)
  • 著者名/発表者名: Lee, Nojiri, ら(他2名)
  • 学会等名: 15th International Biotechnology Symposium and Exhibition
  • 発表場所: Daegu, Korea
• [学会発表] 分解プラスミドを保持した宿主の変化の網羅的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 高橋、野尻, ら(他6名)
  • 学会等名: 日本農芸化学会関東支部2012年度大会
  • 発表場所: 新潟薬科大学(新潟)
• [学会発表] 染色体機能調節因子としてのプラスミドの機能の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 高橋、野尻, ら(他5名)
  • 学会等名: 極限環境生物学会2012年度 (第13回) 年会
  • 発表場所: 日本大学文理学部(東京)
• [学会発表] Molecular Bases of Bacterial Carbazole Degradation
  • 著者名/発表者名: Nojiri, H.
  • 学会等名: Gadjah Mada University Seminar
  • 発表場所: Yogyakarta, Indonesia
  • 招待講演
• [図書] Biodegradative Bacteria (2013)
  • 著者名/発表者名: Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, Y. Kamagata
  • 総ページ数: 358
  • 出版者: Springer