| 研究課題/領域番号 |
24500023
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
情報学基礎
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| 研究機関 | 東京電機大学 |
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研究代表者 |
陳 致中 東京電機大学, 理工学部, 教授 (00242933)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2016年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2015年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2014年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
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| キーワード | 近似アルゴリズム / 固定パラメータアルゴリズム / バイオインフォマティクス / 組み合わせ最適化 / ハプロタイプアセンブリー / 網状ネットワーク / 生物系統樹のrSPR距離 / 中心列問題 / 生物系統樹のrSPR距離問題 / 最多内部頂点スパニング木問題 / scaffolding / グラフアルゴリズム / 完全マッチング / ハミルトンパス / 乱択アルゴリズム / アルゴリズムの設計と解析 / 最大一致森問題 / 網状ネットワーク問題 / ハプロタイプ組立問題 / Closest文字列問題 / 共有中心列問題 / 固有パラメータアルゴリズム / ＮＰ困難性 |
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| 研究成果の概要 |
主にバイオインフォマティクス分野の重要な組み合わせ最適化問題（生物系統樹のrSPR距離問題，網状ネットワークの構築問題，中心列問題など）について研究を行った．どの問題も計算困難で今まで盛んに研究され，たくさんのアルゴリズムが提案されていた．本研究で，これらの問題を解く新しいアルゴリズムを設計してその性能を理論的に解析するだけでなく，アルゴリズムを実装して実際のデータに対する性能を計測して先行研究のアルゴリズムと比較検証した．その結果，先行研究で提案されたアルゴリズムより理論的性能がよいだけでなく，実際のデータに対する性能もよいアルゴリズムを設計できたことが分かった．
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