遺伝子多様性データを解明する統合的分析とその発展

• 研究課題/領域番号: 24500337
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 冨田 誠 東京医科歯科大学, 医学部附属病院, 准教授 (20399025)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2013年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2012年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: SNPデータ / 関連解析 / 空間疫学 / 保健精神データ / 集積性の検出 / 遺伝子多様性 / ゲノムワイド関連解析 / 連鎖不平衡 / ハプロタイプ / 多変量QTL解析 / 遺伝統計学 / 集積性 / 空間統計学 / SNP解析 / 空間集積性

研究成果の概要

遺伝データの代表的なマーカーであるSNPデータについて、連鎖不平衡を利用した集積性の手法を適用し、ほかには無いブロック同定を行えた。また、遺伝子間ネットワークでの集積性の検討も行い、ケース・コントロール研究において先行研究よりも有意な結果が得られた。さらに上記の手法を応用して、保健・精神分野のデータについても、二次医療圏で集計された日本人自殺者データ集積性の検討を行い、先行研究よりも有益な結果が得られた。

研究成果

• [雑誌論文] Spatial clustering properties in the temporal variation of suicide rates/numbers among Japanese citizens: A comprehensive comparison and discussion (2015)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA, Takafumi KUBOTA and Fumio ISHIOKA
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 1 号: 7 ページ: e0127358-e0127358
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0127358
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Focusing Approach Using LD Block and Association Study with Haplotype Combination on DNA Data (2014)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA
  • 雑誌名: Proceedings 2013 Eleventh International Conference on ICT and Knowledge Engineering 巻: 1 ページ: 5-10
  • DOI: 10.1109/ictke.2013.6756266
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] ハプロタイプ解析における推定・ブロック同定および関連解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 冨田 誠
  • 雑誌名: 計算機統計学 巻: 25 ページ: 53-68
  • NAID: 110009562765
  • 査読あり
• [雑誌論文] Long-term Results of Brachytherapy in Early Mobile Tongue Cancer with 10-Year Minimal Follow-up (2013)
  • 著者名/発表者名: Mais M. ABDALMEAR, Makoto TOMITA and Hitoshi SHIBUYA
  • 雑誌名: Anticancer Research 巻: 33 ページ: 317-324
  • 査読あり
• [雑誌論文] Posterior cerebral artery laterality on MRA predicts long-term functional outcome in middle cerebral artery occlusion (2013)
  • 著者名/発表者名: Ichijo M
  • 雑誌名: Stroke 巻: 44 号: 2 ページ: 512-515
  • DOI: 10.1161/strokeaha.112.674101
  • 査読あり
• [雑誌論文] Visual Reproduction on the Wechsler Memory Scale-Revised as a Predictor of Alzheimer's Disease in Japanese Patients with Mild Cognitive Impairments (2013)
  • 著者名/発表者名: Takumi HORI, Nobuo SANJO, Makoto TOMITA and Hidehiro MIZUSAWA
  • 雑誌名: Dementia and Geriatric Cognitive Disorders 巻: 35 号: 3-4 ページ: 165-176
  • DOI: 10.1159/000346738
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitative analyses of high-resolution 3D MR images of highly myopic eyes to determine their shapes (2012)
  • 著者名/発表者名: Muka MORIYAMA, Kyoko OHNO-MATSUI, Toshio MODEGI, Junichi KONDO, Yoichi TAKAHASHI, Makoto TOMITA, Takashi TOKORO and Ikuo MORITA
  • 雑誌名: Investigative Ophthalmology and Visual Science 巻: 53 号: 8 ページ: 4510-4518
  • DOI: 10.1167/iovs.12-9426
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between shape of sclera and myopic retinochoroidal lesions in patients with pathologic myopia. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohno-Matsui K
  • 雑誌名: Invest Ophthalmol Vis Sci 巻: 53 号: 10 ページ: 6046-6061
  • DOI: 10.1167/iovs.12-10161
  • 査読あり
• [雑誌論文] ハプロタイプ解析における推定・ブロック同定および関連解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 冨田 誠
  • 雑誌名: 計算機統計学 巻: 25 ページ: 53-68
  • NAID: 110009562765
  • 査読あり
• [学会発表] 遺伝・精神保健データに対する集積性手法の実践 (2014)
  • 著者名/発表者名: 冨田 誠, 石岡 文生, 久保田 貴文, 西山 毅, 栗原 考次
  • 学会等名: 2014年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-16
  • 招待講演
• [学会発表] Identify LD Blocks Using Biplot Function Method (2013)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA, Kuniyoshi HAYASHI and Koji Kurihara
  • 学会等名: European Human Genetics Conferences 2013
  • 発表場所: Paris, France
• [学会発表] Comparison of Spatial Clusters between Suicide Data and Its Increase-decrease Rates in Japan (2013)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA, Takafumi KUBOTA, Fumio ISHIOKA and Toshiharu FUJITA
  • 学会等名: Conference of the International Federation of Classication Societies (IFCS-2013)
  • 発表場所: Tilburg, Netherlands
• [学会発表] 空間集積性の手法を利用した遺伝データへの応用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石岡文生, 冨田 誠
  • 学会等名: 2013年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 招待講演
• [学会発表] Comparison among spatial clustering methods on hierarchical structures for DNA markers (2012)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA
  • 学会等名: COMPSTAT2012
  • 発表場所: Limassol, Cyprus
• [学会発表] Association Study and Comprehended Hierarchical Structures on DNA Markers (2012)
  • 著者名/発表者名: Makoto TOMITA and Koji Kurihara
  • 学会等名: JCS-CLADAG2012
  • 発表場所: Anacapri, Italy
  • 招待講演