シークエンスに基づく比較トランスクリプトーム解析のためのガイドライン構築

• 研究課題/領域番号: 24500359
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 門田 幸二 東京大学, 農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2012年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / トランスクリプトーム / RNA-seq / 正規化 / 発現変動

研究成果の概要

RNA-seqは、生体内で発現しているRNA（トランスクリプトーム）を網羅的に調べる次世代の実験技術である。本研究では、旧世代ではあるものの成熟した実験技術であるマイクロアレイ用に開発された手法や知見をもとに、RNA-seqデータ解析精度向上を目指し研究を行った。得られたガイドラインや知見を手軽に利用できるよう、ウェブサイト上で公開するとともに、体系的にまとめた書籍を刊行した。

研究成果

• [雑誌論文] <b>次世代シーケンサーデータの解析手法 第2 回GUI 環境からコマンドライン環境へ </b> (2014)
  • 著者名/発表者名: 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎, 門田幸二
  • 雑誌名: 日本乳酸菌学会誌 巻: 25 号: 3 ページ: 166-174
  • DOI: 10.4109/jslab.25.166
  • NAID: 130004850500
  • ISSN: 1343-327X, 2186-5833
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第1回イントロダクション (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二, 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎
  • 雑誌名: 日本乳酸菌学会誌 巻: 25 ページ: 87-94
  • NAID: 130005085094
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sun, J., Nishiyama, T., Shimizu, K., and Kadota, K.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 14 号: 1 ページ: 219-219
  • DOI: 10.1186/1471-2105-14-219
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] RNAシーケンシング (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二、清水謙多郎
  • 雑誌名: 細胞 巻: 45 ページ: 49-52
  • NAID: 40019691724
• [雑誌論文] A normalization strategy for comparing tag count data (2012)
  • 著者名/発表者名: Kadota K., Nishiyama T., Shimizu K.
  • 雑誌名: Algorithms Mol. Biol. 巻: 7 号: 1 ページ: 5-5
  • DOI: 10.1186/1748-7188-7-5
  • 査読あり
• [学会発表] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析：CpG解析から機能解析まで (2015)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース
  • 発表場所: 産総研・臨海副都心センター(東京)
  • 年月日: 2015-03-05 – 2015-03-06
  • 招待講演
• [学会発表] TCC: an R/Bioconductor package for differential expression analysis of RNA-seq data (2015)
  • 著者名/発表者名: Sun J, Tang M, Shimizu K, Kadota K
  • 学会等名: 8th AYRCOB
  • 発表場所: National Chiao Tung University, HSINCHU TAIWAN
  • 年月日: 2015-01-19 – 2015-01-20
• [学会発表] A comparison of methods for differential expression detection from multi-group RNA-Seq data (2015)
  • 著者名/発表者名: Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
  • 学会等名: 8th AYRCOB
  • 発表場所: Tung University, HSINCHU TAIWAN
  • 年月日: 2015-01-19 – 2015-01-20
• [学会発表] フリーソフトRを用いたビッグデータ解析：塩基配列解析を中心に (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会2014・中級者向けバイオインフォマティクス入門講習会
  • 発表場所: 仙台国際センター(宮城)
  • 年月日: 2014-10-04
  • 招待講演
• [学会発表] ビッグデータ解析とR (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会2014・HPCIワークショップ「医療とビッグデータ解析」
  • 発表場所: 仙台国際センター(宮城)
  • 年月日: 2014-10-04
  • 招待講演
• [学会発表] Evaluation of methods for differential expression analysis from RNA-seq data (2014)
  • 著者名/発表者名: Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会2014
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城）
  • 年月日: 2014-10-02 – 2014-10-04
• [学会発表] トランスクリプトームデータ解析戦略2014 (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: イルミナウェビナー・RNA-Seqシリーズ
  • 発表場所: イルミナ株式会社(東京)
  • 年月日: 2014-07-22
  • 招待講演
• [学会発表] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: HPCI チュートリアル・バイオインフォマティクス実習コース
  • 発表場所: 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター(東京)
  • 招待講演
• [学会発表] 比較トランスクリプトーム解析とその周辺：モデル、正規化、発現変動検出など (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: よく分かる次世代シークエンサー解析 ワークショップ
  • 発表場所: 九州大学(福岡)
  • 招待講演
• [学会発表] RNA-seqカウントデータに対応した正規化法の性能比較 (2014)
  • 著者名/発表者名: 孫建強, 湯敏, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会・第5回研究会
  • 発表場所: 東京大学検見川セミナーハウス(千葉)
• [学会発表] トランスクリプトーム解析の現況：マイクロアレイ vs. RNA-seq (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会 「オミックス・計算 そして創薬」・オミックス解析における実務者意見交換会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノム・トランスクリプトームの各種解析をRで行う (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: NAIST植物グローバル教育プロジェクト・平成25年度ワークショップ
  • 発表場所: 奈良先端科学技術大学院大学(奈良)
  • 招待講演
• [学会発表] TCC:頑健な正規化法を実装した発現変動解析用Rパッケージ (2013)
  • 著者名/発表者名: 孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • 学会等名: NGS現場の会・第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場(兵庫)
• [学会発表] 様々な実験デザインに対応した頑健なRNA-seq発現変動解析パイプラインTCCの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場(兵庫)
• [学会発表] リードカウントの正規化手法の改良 (2013)
  • 著者名/発表者名: 孫建強、西山智明、清水謙多郎、門田幸二
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会 第４回研究会
  • 発表場所: 基礎生物学研究所（愛知）
• [学会発表] Rでトランスクリプトーム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: HPCI チュートリアルセミナー
  • 発表場所: 生命情報工学研究センター(東京)
  • 招待講演
• [学会発表] 食品機能解析研究とバイオインフォマティクス (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2013年度大会・シンポジウム
  • 発表場所: 東北大学(宮城)
  • 招待講演
• [図書] シリーズ Useful R 第7巻 トランスクリプトーム解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 総ページ数: 226
  • 出版者: 共立出版
• [図書] ニュートリゲノミクスを基盤としたバイオマーカーの開発・「トランスクリプトミクスの推奨データ解析ガイドライン」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 総ページ数: 210
  • 出版者: シーエムシー出版
• [備考] (Rで)塩基配列解析
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
• [備考] (Rで)塩基配列解析
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
• [備考] TCC
  • URL: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCC.html
• [備考] (Rで)塩基配列解析（主に次世代シーケンサーのデータ）
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html