| 研究課題/領域番号 |
24510273
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム生物学
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
長崎 英樹 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任研究員 (70624451)
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| 連携研究者 |
神沼 英里 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助教 (90314559)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2014年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2013年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | ゲノム / 次世代シーケンサー / 解析パイプライン / クラウド / RNA-Seq / ChIP-Seq / HLA / リシーケンス / SNP / de novoアセンブリ / クラウドコンピューティング / denovo アセンブル |
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| 研究成果の概要 |
近年登場した次世代シーケンサーと呼ばれるDNA解読装置の登場で、ゲノム科学や分子生物学に必要なゲノム/遺伝子の塩基配列の解読能力は飛躍的に向上した。しかし、その膨大な配列データを解析する計算機システムや情報解析を行う人員の不足という事態がおこった。我々は以上の問題を解決するためにDDBJ Read Annotation Pipeline(通称DDBJパイプライン)を開発、インターネット上で公開している。
DDBJパイプラインは、計算機処理のためのコマンド操作が苦手な生物学の実験研究者でもパソコンのマウス操作で扱えるように設計され、解析処理は国立遺伝学研究所のスパコンシステムを利用している。
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