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構造方程式モデリングによる多能性幹細胞での細胞分化制御因子の推定

研究課題

研究課題/領域番号 24510285
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 システムゲノム科学
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

油谷 幸代  独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 研究チーム長 (10361627)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2013年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード構造方程式モデリング / 遺伝子ネットワーク / 多様性 / ES細胞 / 細胞分化 / 多能性 / ネットワーク推定 / 因子分析 / 発現制御 / 発生過程 / 形態形成 / 初期胚形成 / 発現プロファイル
研究成果の概要

本研究では、各モデル生物において、細胞分化・器官形成など時間経過とともに形態変化を起こし異なったステージへの移行を決定する細胞内因子を推定し、細胞分化プロセスをネットワークモデルとして解析を行った。
具体的には、構造方程式モデリングを軸とし、因子分析やクラスタリングなどその他の統計解析と組み合わせた新規ネットワーク推定手法を開発した。さらに開発した手法を、出芽酵母・線虫・ショウジョウバエ・ES細胞やiPS細胞などの様々なモデル生物で測定された遺伝子発現プロファイルに適用した。その結果、細胞分化プロセスで必要とされる遺伝子発現の細胞内制御因子候補を推定し、その制御機構をネットワークモデルとした。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (14件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Application of KL Divergence for Estimation of Each Metabolic Pathway Genes2015

    • 著者名/発表者名
      Shohei Maruyama, Yasuo Matsuyama, Sachiyo Aburatani*
    • 雑誌名

      Int. J. Med. Hea. Biom. Pharm. Eng.

      巻: 9 ページ: 233-237

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inference of Transcriptional Network for Pluripotency in Mouse Embryonic Stem Cells2015

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani*
    • 雑誌名

      J. Phys.: Conf. Ser

      巻: 574 ページ: 1-4

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Inferring Genes Involved in Metabolic Pathways by Using Support Vector Machines2014

    • 著者名/発表者名
      Shohei Maruyama, Yasuo Matsuyama, Sachiyo Aburatani*
    • 雑誌名

      Proceeding of ABBE2014

      巻: 1 ページ: 30-36

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Network Inference of AP pattern formation system in D.melanogaster by Structural Equation Modelin2014

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani*, Hiroyuki Toh
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 490 ページ: 1-4

    • DOI

      10.1088/1742-6596/490/1/012145

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inference of Gene Regulatory Networks to Detect Toxicity-Specific Effects in Human Embryonic Stem Cells2013

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani*, Wataru Fujibuchi, Junko Yamane, Reiko Nagano, Hideko Sone, Satochi Imanishi, Seiichiroh Ohsako
    • 雑誌名

      Int. J. on Adv. in Life Sciences

      巻: 5 ページ: 103-114

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The impact of collapsing data on microarray analysis and DILI prediction2013

    • 著者名/発表者名
      Jean-Francois Pessiot, Pui Shan wong, Toru Maruyama, Ryoko Morioka, Sachiyo Aburatani, Michihiro Tanaka, and Wataru Fujibuchi
    • 雑誌名

      Systems Biomedcine

      巻: 1 ページ: 1-7

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene expression profiling of hepatitis B- and hepatitis C-related hepatocellular carcinoma using graphical Gaussian modeling.2013

    • 著者名/発表者名
      Ueda T, Honda M, Horimoto K, Aburatani S, Saito S, Yamashita T, Sakai Y, Nakamura M, Takatori H, Sunagozaka H, Kaneko S.
    • 雑誌名

      Genomics.

      巻: Apr;101(4) 号: 4 ページ: 238-48

    • DOI

      10.1016/j.ygeno.2013.02.007

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of Structural Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani & Wataru Fujibuchi
    • 雑誌名

      Proceeding of GLOBAL HEALTH 2012

      巻: 2012 ページ: 27-32

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network Inference of pal-1 Lineage-Specific Regulation in the C. elegans Embryo by Structural Equation Modeling2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani
    • 雑誌名

      Bioinformation

      巻: 8(14) 号: 14 ページ: 652-657

    • DOI

      10.6026/97320630008652

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of Physical Transcriptional Control in Yeast Cell Cycle by Structure Equation Modeling2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani & Hiroyuki Toh
    • 雑誌名

      Basic Methods in Protein Purification and Analysis

      巻: 1

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inference of Specific Gene Regulation by Environmental Chemicals in Human Embryonic Stem Cells2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani & Wataru Fujibuchi
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. Res.

      巻: 2(1) 号: 1 ページ: 54-64

    • DOI

      10.5539/jmbr.v2n1p54

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Application of KL Divergence for Estimation of Each Metabolic Pathway Genes2015

    • 著者名/発表者名
      Shohei Maruyama, Yasuo Matsuyama, Sachiyo Aburatani*
    • 学会等名
      International Conference on Mathematical and Computational Biology ICMCB2015,
    • 発表場所
      Praque, Czech Republic
    • 年月日
      2015-03-23 – 2015-03-24
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 包括的遺伝子ネットワーク構造からの活性化部位推定手法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      下岡純也, 油谷幸代, 山名早人
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜, 横浜
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Network Inference of Transcriptional Regulation in Mouse Embryo Stem Cells2014

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani
    • 学会等名
      The International Conference Systems Biology
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2014-09-14 – 2014-09-18
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Network Inference of Serial Gene Regulation during D.melanogaster AP pattern formation2014

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani* and Hiroyuki Toh
    • 学会等名
      FEBS-EMBO2015
    • 発表場所
      the Palais des Congrès, Paris, France
    • 年月日
      2014-08-30 – 2014-09-04
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Inference of Transcriptional Network for Pluripotency in mouse Embryonic Stem Cells2014

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani*
    • 学会等名
      International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences
    • 発表場所
      Madrid, Spain
    • 年月日
      2014-08-28 – 2014-08-31
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 構造方程式による遺伝子ネットワーク推定2013

    • 著者名/発表者名
      油谷幸代
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 出芽酵母における転写制御関係の自動抽出システムの構築2013

    • 著者名/発表者名
      丸山翔平, 松山泰男, 油谷幸代
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Inference of Gene Regulatory Network for Kojic Acid Biosynthesis in A.oryzae2013

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani, Myco Umemura, Nozomi Nagano, Kentaro Tomii, Kiyoshi Asai, Masayuki Machida,
    • 学会等名
      BiWO2013
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Automatic Estimation of Transcriptional Regulation of Budding Yeast by a Machine Learning Method2013

    • 著者名/発表者名
      Shohei MARUYAMA, Sachiyo ABURATANI, Yasuo MATSUYAMA
    • 学会等名
      BiWO2013
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Network Inference of AP pattern formation system in D.melanogaster by Structural Equation Modeling2013

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani and Hiroyuki Toh
    • 学会等名
      IC-MSQUARE 2013
    • 発表場所
      Prague, Czech Republic
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Estimation of C Lineage-Specific Gene Regulation in C.elegans Embryogenesis by Structural Equation Modeling2013

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani
    • 学会等名
      The 14th International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      Tivoli Congress Center, Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Automatic Estimation of Transcriptional Regulation of Budding Yeast by a Machine Learning Method2013

    • 著者名/発表者名
      Shohei Maruyama, Sachiyo Aburatani, Yasuo Matsuyama
    • 学会等名
      The 14th International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      Tivoli Congress Center, Copenhagen, Denmark
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Network Inference of AP pattern formation system in D.melanogaster2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani
    • 学会等名
      BiWO 2012
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Application of Structural Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells2012

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani
    • 学会等名
      GLOBAL HEALTH 2012
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [図書] Encyclopedia of Information Science and Technology, 3rd Ed.2014

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Aburatani*, Hiroyuki Toh
    • 総ページ数
      20384
    • 出版者
      International Publisher of Progressive Academic Research
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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