| 研究課題/領域番号 |
24510286
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(C)
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
応用ゲノム科学
|
|---|
| 研究機関 | 公益財団法人かずさDNA研究所 |
|---|
研究代表者 |
平川 英樹 公益財団法人かずさDNA研究所, 技術開発研究部, クループ長 (80372746)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2016-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
|
| 配分額 *注記 |
5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2012年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
|
|---|
| キーワード | SNP解析 / バイオインフォマティクス / データベース / SNP / 遺伝子機能 / タンパク質立体構造 / 機能部位 |
|---|
| 研究成果の概要 |
NCBIのdbESTのEST配列とSRAのシークエンサー由来の配列（SOLiDやHiSeqなど）に対応したSNP解析パイプラインを構築した。トマト品種間でゲノムワイドなSNPを検出しSNPが遺伝子機能に及ぼす影響を推定した。タンパク質立体構造をモデリングし活性部位に位置するSNPを「機能情報をもつSNP」として推定した。病害抵抗性やストレス耐性、果実の色や芳香などに関連する原因遺伝子のうちSNPをもつものを調べた結果、糖代謝などに関連するタンパク質に「機能情報をもつSNP」が見られた。今後、公共データにおける配列データが蓄積し表現型データが充実することで育種効率が向上されることが期待される。
|
