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ゲノム完全化学合成を指向した長鎖DNAの革新的化学合成法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24550184
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生体関連化学
研究機関東京工業大学

研究代表者

大窪 章寛  東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (60376960)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2014年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2012年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワードDNA合成 / ホスホロアミダイト / ポーラスガラス / 核酸合成 / DNA / ゲノムDNA / 固相合成
研究成果の概要

本研究の最終目的は、細菌(マイコプラズマやシアノバクテリア)の数百万塩基対以上のゲノムDNAをハイスループットで効率よく「完全化学合成」する手法の確立である。本研究課題では、「鎖伸長効率の向上」と「精製作業の簡略化」および、「長鎖DNA合成フローシステムの構築」の基礎検討をおこなった。具体的には、活性化剤内包型固相担体を用いた縮合反応と、亜リン酸ジフェニルを用いたキャップ化反応を利用し、30量体程度のDNAオリゴマーの合成をおこない本手法の有用性を確認した。また、DNA合成フローシステムのためのフィルター型ポーラスガラス担体を合成し、この担体上での反応性を詳細に調べた。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 14件) 学会発表 (4件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Properties of 5- and/or 2-modified 2'-O-cyanoethyl uridine residue: 2'-O-cyanoethyl-5-propynyl-2-thiouridine as an efficient duplex stabilizing component.2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Y, Miyasaka R, Hirai K, Kanamori T, Tsunoda H, Ohkubo A, Seio K, Sekine M
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem.

      巻: 12 号: 7 ページ: 1157-1162

    • DOI

      10.1039/c3ob41983e

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Properties of 5- and/or 2-modified 2'-O-cyanoethyl uridine residue: 2'-O-cyanoethyl-5-propynyl-2-thiouridine as an efficient duplex stabilizing component.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, Masaki Y, Tsunoda H, Ohkubo A, Seio K, Sekine M.
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem.

      巻: 12 号: 14 ページ: 1157-62

    • DOI

      10.1039/c3ob42420k

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2'-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamada T, Masaki Y, Okaniwa N, Kanamori T, Ohkubo A, Tsunoda H, Seio K, Sekine M
    • 雑誌名

      Org Biomol Chem.

      巻: 12 号: 33 ページ: 6457-6464

    • DOI

      10.1039/c4ob01260g

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Base recognition of gap sites in DNA-DNA and DNA-RNA duplexes by short oligonucleotides.2013

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, Ohkubo A, Esaka Y, Kanamori T, Masaki Y, Seio K, Sekine M.
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem Lett.

      巻: 23 号: 11 ページ: 3448-51

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2013.03.054

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluorescent properties of oligonucleotides doubly modified with an indole-fused cytosine analog and 2-aminopurine2013

    • 著者名/発表者名
      Seio, K.; Kanamori, T.; Tokugawa, M.; Ohzeki, H.; Masaki, Y.; Tsunoda, H.; Ohkubo, A.; Sekine, M.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. Lett

      巻: 23 号: 11 ページ: 3197-3201

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2013.03.034

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemical Synthesis of UlsnRNA Derivatives2013

    • 著者名/発表者名
      Ohkubo, A.; Kondo, Y.; Suzuki, M.;Kobayashi, H.;Kanamori, T.; Masaki, Y.; Seio, K.; Nagai, K.; Sekine, M
    • 雑誌名

      Org. Lett

      巻: 15 号: 17 ページ: 4386-4389

    • DOI

      10.1021/ol401917r

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modified oligodeoxynucleotide primers for reversetranscription of target RNAs that can discriminate among length variants at the 3'-terminus2013

    • 著者名/発表者名
      Iijima, Y.; Kojima, S.; Kodama, E.; Kurohagi, S.; Kanamori, T.; Masaki, Y.; Ohkubo, A.; Sekine, M.; Seio, K.
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 11 号: 47 ページ: 8276-8282

    • DOI

      10.1039/c3ob41901k

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Assembly of pyrene-modified DNA/RNA duplexes incorporating a G-rich single strand region. Bioorg2013

    • 著者名/発表者名
      Seio, K.; Tokugawa, M.; Tsunoda, H.; Ohkubo, A.; Arisaka, F.; Sekine, M
    • 雑誌名

      Med. Chem. Lett

      巻: 23 号: 24 ページ: 6822-6824

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2013.10.012

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Remarkable stabilization of antiparallel DNA triplexes by strong stacking effects of consecutively modified nucleobases containing thiocarbonyl groups.2013

    • 著者名/発表者名
      Yamada K, Hattori Y, Inde T, Kanamori T, Ohkubo A, Seio K, Sekine M.
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem Lett.

      巻: 23 号: 3 ページ: 776-8

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2012.11.079

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of the stability of modified RNA duplexes based on deformability analysis: 0ligoribonucleotide derivatives modified with 2'O-cyanoethyl- 5-propynyl-2-thiouridine as a promising component2012

    • 著者名/発表者名
      Masaki, Y.; Miyasaka, R.;Hirai, K.;Tsunoda, H.; Ohkubo, A.;Seio, K.;Sekine, M
    • 雑誌名

      Chem. Commun

      巻: 48 号: 58 ページ: 7313-7315

    • DOI

      10.1039/c2cc33409g

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis and properties of cationic 2' -O-[N-(4-aminobutyl)carbamoyl]modified oligonucleotides2012

    • 著者名/発表者名
      Seio, K.; Tokugawa, M.; Kanamori, T.; Tsunoda, H.; Ohkubo, A.; Sekine, M.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. Lett

      巻: 22 号: 7 ページ: 2470-2473

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2012.02.012

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of New Base Pairs between Inosine and 5-Methyl-2-thiocytidine Derivatives2012

    • 著者名/発表者名
      Ohkubo, A.; Nishino, Y.; Ito, Y.; Tsunoda, H.; Seio, K.; Sekine
    • 雑誌名

      Org.Biomol.Chem.

      巻: 10 号: 10 ページ: 2008-2010

    • DOI

      10.1039/c2ob06641f

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of an efficient method for phosphorodiamidate bond formation by using inorganic salts.2012

    • 著者名/発表者名
      T. Harakawa, H. Tsunoda, A. Ohkubo, K. Seio, and M. Sekine,
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      巻: 22 号: 3 ページ: 1445-1447

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2011.12.021

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis of 5'-Terminal Capped Oligonucleotides Using O-N Phosphoryl Migration of Phosphoramidite Derivatives2012

    • 著者名/発表者名
      Ohkubo, A.;Tago, N.;Nishino, Y.;Yamada, K.; Tsunoda, H.:Seio, K.:Sekine, M
    • 雑誌名

      Org. Lett

      巻: 14 号: 1 ページ: 10-13

    • DOI

      10.1021/ol2026075

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Synthesis of oligodeoxynucleotides incorporating conformational restriction at the 5’-terminus and their application to discrimination of RNA length variants2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Iijima, Sayako Kurohagi, Erika Kodama, Shun Kojima, Takashi Kanamori, Yoshiaki Masaki, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine, Kohji Seio
    • 学会等名
      The 40th international symposium on nucleic acids chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University (Yokohama)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Chemical synthesis of U1 snRNA derivatives2013

    • 著者名/発表者名
      Haruki Kobayashi, Akihiro Ohkubo, Makoto Suzuki, Takashi Kanamori, Yoshiaki Masaki, Kohji Seio, Mitsuo Sekine, Hideya Yuasa
    • 学会等名
      The 40th international symposium on nucleic acids chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University (Yokohama)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of fluorescent turn-on sensor for triplex formation and its application to nucleosides and oligonucleotides sensing2012

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kanamori, Hiroki Ohzeki, Yuki Oda, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine, Kohji Seio
    • 学会等名
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Synthesis and properties of new triplex forming oligonucleotides capable of recognizing TA and CG base pairs in parallel orientation2012

    • 著者名/発表者名
      Kenji Yamada, Yu Ito, Kiichi Yoshimura, Takashi Kanamori, Akihiro Ohkubo, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
    • 学会等名
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考] 湯浅・大窪研究室

    • URL

      http://www.yuasa-lab.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] 湯浅・大窪研究室

    • URL

      http://www.yuasa-lab.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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