| 研究課題/領域番号 |
24570189
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 近畿大学 |
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研究代表者 |
米澤 康滋 近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授 (40248753)
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| 研究分担者 |
菊川 豪太 東北大学, 講師 (90435644)
藤澤 雅夫 近畿大学, 生物理工学部, 教授 (20258065)
吉田 久 近畿大学, 生物理工学部, 教授 (50278735)
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| 連携研究者 |
橘 秀樹 近畿大学, 生物理工学部, 教授 (70126118)
赤坂 一之 近畿大学, 先端技術総合研究所, 客員教授 (50025368)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2013年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2012年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
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| キーワード | 蛋白質 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 蛋白質構造 / 反応座標 / 構造空間探索 / 蛋白質フォールディング / フォールディング / 分子動力学シミュレーション |
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| 研究成果の概要 |
代表的な拡張アンサンブル法であるMETADとMCMDを効率良く融合したハイブリッド法によって蛋白質の複雑な構造空間を探索するアルゴリズムを,研究代表者が独自に開発した分子シミュレーションプログラムに実装した。さらに高速な分子動力学シミュレーションを実現しサンプリング能力を飛躍的に高める長距離相互作用ポテンシャルの開発に成功して独自開発プログラムに実装した。さらにこれらの手法を様々な生体高分子系に応用してその性能を詳細に検証した。その結果、特にMETADに代表されるタブーサーチ法などの構造空間探索能力は、予め設定された反応座標に強く依存することを明確に示した。
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