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カンキツ変異系統を利用した自然突然変異発生の分子機構解析

研究課題

研究課題/領域番号 24580061
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 園芸学・造園学
研究機関国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構

研究代表者

清水 徳朗  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹茶業研究部門カンキツ研究領域, 上級研究員 (90355404)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード果樹 / ウンシュウミカン / 突然変異 / 枝変わり / ゲノム解読 / 多型検出 / SNP / INDEL / カンキツ / ゲノム配列 / バイオインフォマティクス / 塩基配列多型 / カラタチ / DNAマーカー
研究成果の概要

枝変わりを利用したカンキツの改変技術は農業上重要な手法であるがその変異発生機構は不明である。そこで突然変異発生機構の解明を目的に温州ミカン5系統の全塩基配列情報を解読し、系統間で変異を示すと思われる候補を数万件見いだした。変異発生の主因は複製時エラーと考えられ、検出された変異候補の大部分は非遺伝子領域に見いだされた。このうち遺伝子領域の複数の変異に注目したところ、それらは新たな変異系統や珠心胚実生でも見いだされて保持されていた。以上から、突然変異は組織内で高頻度で発生しており、消失する変異細胞もある一方で一部は組織全体を置換するにいたり、その後は安定して維持されると考えられた。

報告書

(5件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2015 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Citrus genomics2012

    • 著者名/発表者名
      F. G. Gmitter Jr., C. Chen, M. A. Machado, A. A. de Souza, P. Ollitrault, Y. Froehlicher, T. Shimizu
    • 雑誌名

      Tree Genetics & Genomes

      巻: 8 号: 3 ページ: 611-626

    • DOI

      10.1007/s11295-012-0499-2

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomics approaches for the molecular analysis of citrus mutants2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu
    • 雑誌名

      Gamma Field Symposia

      巻: 49 ページ: 57-69

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [雑誌論文] カンキツゲノムCGHアレイを利用した温州ミカンの不安定な変異系統とその原系統間での多型性の評価2012

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗,矢野加奈子,古藤田信博,藤井浩,遠藤朋子,吉岡照高,喜多正幸,寺岡毅
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 20 ページ: 71-75

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Verifying the mandarin breeding: lessons from parentage analysis of citrus varieties2015

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗、他
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XXIII
    • 発表場所
      アメリカ、CA、サンディエゴ市
    • 年月日
      2015-01-10 – 2015-01-14
    • 関連する報告書
      2014 実施状況報告書
  • [学会発表] Genome sequence of Satsuma mandarin and comparison to other citrus genome2014

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu, Y. Tanizawa, T. Mochizuki, H. Nagasaki, E. Kaminuma, T. Yoshioka, A. Toyoda, A. Fujiyama, Y. Nakamura
    • 学会等名
      Plant and Animal Genome XXII
    • 発表場所
      San Diego, CA, USA
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] ウンシュウミカンの全塩基配列解読と カンキツのゲノム育種基盤構築への利用2014

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗
    • 学会等名
      園芸学会
    • 発表場所
      筑波大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムワイドSSRマーカー分析によるカラタチおよび関連系統の類縁関係の推定2014

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗、吉岡照高、喜多正幸、太田智
    • 学会等名
      園芸学会
    • 発表場所
      筑波大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Whole genome sequencing and DNA marker development in Citrus2013

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu
    • 学会等名
      第一回韓国果樹ゲノム国際シンポジウム
    • 発表場所
      水原市、韓国
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Origin of dwarf, thornless-type trifoliate orange varieties deduced from genome-wide genotyping analysis2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu, T. Yoshioka, M. Kita, S. Ohta
    • 学会等名
      国際柑橘学会第12回大会
    • 発表場所
      スペイン・バレンシア市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular identification of varieties2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu
    • 学会等名
      国際柑橘学会第12回大会
    • 発表場所
      スペイン・バレンシア市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Whole genome sequencing and mapping analysis for identifying polymorphism among 11 citrus varieties2012

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu, H. Nagasaki, E. Kaminuma, A. Toyoda, A. Fujiyama, Y. Namakura
    • 学会等名
      国際柑橘学会第12回大会
    • 発表場所
      スペイン・バレンシア市
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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