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プロテオミクスによる細胞の“性質変換過程”の解析

研究課題

研究課題/領域番号 24590353
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 医化学一般
研究機関京都大学

研究代表者

中川 誠人  京都大学, iPS細胞研究所, 講師 (10379539)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード質量分析 / 幹細胞 / iPS細胞 / 定量 / 初期化 / ES細胞 / プロテオミクス / プロテオーム解析 / 転写因子 / 分画
研究成果の概要

本課題では細胞の性質変換過程における蛋白質の発現変化を捉えることを目的としてきた。そのために質量分析装置(MS)を用いた蛋白質の同定技術の改良を進めた。まず、試料の分離を良くするためにメートル長のモノリスカラムを用い、さらに細胞を膜・細胞質・核に分画しそれぞれの試料を解析することで最終的に同定できる蛋白質数の増加を実現できた。また、サンプル間の比較定量を正確に行うためのラベル化技術を組み合わせることにより、少ない試料を高感度で精度良く定量する技術の確立を行うことができた。この技術を用いてヒトiPS細胞と元の線維芽細胞の解析を行ったところ、これまで同定が難しかった遺伝子の同定が可能となった。

報告書

(4件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2015 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 2件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] X-linked severe combined immunodeficiency (X-SCID) rats for xeno-transplantation and behavioral evaluation2015

    • 著者名/発表者名
      Bumpei Samata, Tetsuhiro Kikuchi, Yoshifumi Miyawaki, Asuka Morizane, Tomoji Mashimo, Masato Nakagawa, Keisuke Okita, Jun Takahashi
    • 雑誌名

      Journal of Neuroscience Methods

      巻: 243 ページ: 68-77

    • DOI

      10.1016/j.jneumeth.2015.01.027

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Derivation of mesenchymal stromal cells from pluripotent stem cells through a neural crest lineage using small molecule compounds with defined media.2014

    • 著者名/発表者名
      Fukuta M, Nakai Y, Kirino K, Nakagawa M, Sekiguchi K, Nagata S, Matsumoto Y, Yamamoto T, Umeda K, Heike T, Okumura N, Koizumi N, Sato T, Nakahata T, Saito M, Otsuka T, Kinoshita S, Ueno M, Ikeya M, Toguchida J.
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 9 号: 12 ページ: e112291-e112291

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0112291

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A novel efficient feeder-free culture system for the derivation of human induced pluripotent stem cells.2014

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa M, Taniguchi Y, Senda S, Takizawa N, Ichisaka T, Asano K, Morizane A, Doi D, Takahashi J, Nishizawa M, Yoshida Y, Toyoda T, Osafune K, Sekiguchi K, YamanakaS.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 4 号: 1 ページ: 3594-3594

    • DOI

      10.1038/srep03594

    • NAID

      120005357344

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation of human induced pluripotent stem cell-derived dopaminergic progenitors by cell sorting for successful transplantation2014

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Doi, Bumpei Samata, Mitsuko Katsukawa, Tetsuhiro Kikuchi, Asuka Morizane, Yuichi Ono, Kiyotoshi Sekiguchi, Masato Nakagawa, Malin Parmar, Jun Takahashi
    • 雑誌名

      Stem Cell Reports

      巻: 2 号: 3 ページ: 337-350

    • DOI

      10.1016/j.stemcr.2014.01.013

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A chemical probe that labels human pluripotent stem cells2014

    • 著者名/発表者名
      Hirata N, Nakagawa M, Fujibayashi Y, Yamauchi K, Murata A, Minami I, Tomioka M, Kondo T, Kuo TF, Endo H, Inoue H, Sato S, Ando S, Kawazoe Y, Aiba K, Nagata K, Kawase E, Chang YT, Suemori H, Eto K, Nakauchi H, Yamanaka S, Nakatsuji N, Ueda K, Uesugi M
    • 雑誌名

      Cell reports

      巻: 6 号: 6 ページ: 1165-74

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2014.02.006

    • NAID

      120005466668

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rapid and deep profiling of human induced pluripotent stem cell proteome by one-shot nanoLC-MS/MS analysis with meter-scale monolithic silica columns2013

    • 著者名/発表者名
      山名涼太、岩崎未央、若林真樹、中川誠人、山中伸弥、石濱泰
    • 雑誌名

      Journal of Proteome Research

      巻: 12 号: 1 ページ: 214-221

    • DOI

      10.1021/pr300837u

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 転写産物および蛋白質の大規模発現量データを用いたヒト人工多能性幹細胞における転写後制御機能解析2014

    • 著者名/発表者名
      岩崎未央, 川原優香, 小野美幸, 石濱泰, 山中伸弥, 中川誠人
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Deep Subcellular Proteome Profiling of Human Induced Pluripotent Stem Cell by One-shot nanoLC-MS/MS Analyses with Meter-scale Monolithic Silica Columns.2013

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, M., Nakagawa, M., Ishihama, Y., and Yamanaka, S.
    • 学会等名
      HUPO 12th world congress
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] Establishment of human iPS cells under feeder-free conditions for clinical application2012

    • 著者名/発表者名
      Masato Nakagawa, Yukimasa Taniguchi, Nanako Takizawa, Ito Miyashita, Tomoko Ichisaka, Kiyotoshi Sekiguchi, and Shinya Yamanaka
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] プロテオーム解析からみたiPS細胞研究

    • 著者名/発表者名
      中川誠人
    • 学会等名
      第5回薬学の未来を考える京都シンポジウム「オミオクス科学と細胞解析」
    • 発表場所
      京都大学薬学部記念講堂(京都)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAからiPS細胞の謎を解く

    • 著者名/発表者名
      中川誠人
    • 学会等名
      日本化学会科学教育協議会「高校生のための科学講座」「テーマ:遺伝子」
    • 発表場所
      静岡県立大学浜松キャンパス(静岡)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Novel feeder-free culture system for human ES/iPS cells

    • 著者名/発表者名
      Masato Nakagawa
    • 学会等名
      The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences iPS Cells in Drug Discovery & Development /CiRA International Symposium 2014
    • 発表場所
      武田薬品工業株式会社研修所(大阪)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 臨床応用可能なiPS細胞の培養技術の開発

    • 著者名/発表者名
      中川誠人
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「多能性幹細胞研究の最前線~培養技術から解析技術まで~」
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所(大阪)
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] 中川研究グループ ホームページ

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/nakagawa/

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] 中川研究グループホームページ

    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [備考] 中川研究グループホームページ

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/nakagawa/

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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