結核菌全ゲノム情報の活用は新たな分子疫学像を提供しうるのか

• 研究課題/領域番号: 24590845
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 公衆衛生学・健康科学
• 研究機関: 神戸市環境保健研究所
• 研究代表者: 岩本 朋忠 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (70416402)
• 連携研究者: 和田 崇之 長崎大学, 熱帯医学研究所, 助教 (70332450)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2014年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2012年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: 結核 / 感染症 / ゲノム / 分子疫学 / 公衆衛生 / 細菌 / 次世代シーケンサー / ゲノム疫学 / SNVs / 遺伝型別 / VNTR / SNP

研究成果の概要

結核感染のリスクを軽減するためには，患者間の伝搬経路を可能な限り高い精度で推定し，感染拡大の防止を図らなければならない．本研究課題では，結核菌の全ゲノム情報を用いた高精度な菌株異同判定による伝搬経路推定の有用性を検証した．現行の遺伝子型別解析では単一クローンによる感染拡大と考えられた30株に着目し，全ゲノム解析を行った．その結果，これら30株の伝搬経路追跡に有益な，35箇所の一塩基変異が特定できた．本結果は，全ゲノム解析により，従来の結核分子疫学調査結果を補完することで，より詳細な感染伝搬経路の解明か可能であることを示している．

研究成果

• [雑誌論文] Predominant Mycobacterium tuberculosis families and high rate of transmission among new cases are not associated with primary multidrug resistance in Lima. (2015)
  • 著者名/発表者名: Barletta F, Otero L, de Jong B, Iwamoto T, Arikawa K, Van der Stuyft P, Niemann S, Merker M, Uwizeye C, Seas C, and Rigouts L.
  • 雑誌名: J. Clin. Microbiol. 巻: 53 号: 6 ページ: 1854-1863
  • DOI: 10.1128/jcm.03585-14
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The association between Mycobacterium tuberculosis genotype and drug resistance in Peru. (2015)
  • 著者名/発表者名: Grandjean L, Iwamoto T, Lithgow A, Gilman R.H., Arikawa K, Nakanishi N, Martin L, Castillo E, Alarcon V, Coronel J, Solano W, Aminian M, Guezala C, Rastogi N, Couvin D, Sheen P, Zimic M, Moore D
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 10 号: 5 ページ: e0126271-e0126271
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0126271
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] ntra-subspecies sequence variability of the MACPPE12 gene in Mycobacterium avium subsp. Hominissuis (2014)
  • 著者名/発表者名: Iwamoto T, Arikawa K, Nakajima C, Nakanishi N, Nishiuchi Y, Yoshida S, Tamaru A,Tamura Y, Hoshino Y, Yoo H, Park YK, Saito H, Suzuki Y
  • 雑誌名: Infect. Genet. Evolu. 巻: 21 ページ: 476-483
  • DOI: 10.1016/j.meegid.2013.08.010
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 36) 複数自治体をまたぐ広域的結核分子疫学の基盤構築：JATA (12)-VNTR型別に基づくクラスター形成とその傾向． (2013)
  • 著者名/発表者名: 和田崇之，田丸亜貴，岩本朋忠，有川健太郎，中西典子，小向潤，松本健二，長谷篤
  • 雑誌名: 結核 巻: 88 ページ: 393-398
  • 査読あり
• [雑誌論文] 37) JATA (12)-VNTR型別による結核集団発生事例の菌株異同調査 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田丸亜貴，和田崇之，岩本朋忠，長谷篤
  • 雑誌名: 結核 巻: 88 ページ: 399-403
  • 査読あり
• [雑誌論文] 38) Mycobacterium fortuitumを対象としたZiehl-Neelsen染色法と蛍光染色法における抗酸性の比較検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田志緒美，露口一成，鈴木克洋，冨田元久，岡田全司，林清二，有川健太郎，岩本朋忠
  • 雑誌名: 結核 巻: 88 ページ: 461-467
  • 査読あり
• [雑誌論文] 51) 結核分子疫学による疫学動向の推察 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩本朋忠
  • 雑誌名: 結核 巻: 88 ページ: 331-335
• [雑誌論文] 23) Evolutionary robust SNPs reveal the misclassification of Mycobacterium tuberculosis Beijing family strains into sublineages. (2013)
  • 著者名/発表者名: Noriko Nakanishi, Takayuki Wada, Kentaro Arikawa, Julie Millet, Nalin Rastogi, and Tomotada Iwamoto
  • 雑誌名: Infect. Genet. Evol. 巻: 16 ページ: 174-177
  • DOI: 10.1016/j.meegid.2013.02.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] 22) Genetic diversity and transmission characteristics of Beijing family strains of Mycobacterium tuberculosis in Peru. (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Iwamoto, L. Grandjean, K. Arikawa, N. Nakanishi, L. Caviedes, J. Coronel, P. Sheen, T. Wada, C. A. Taype, M.A. Shaw, D>A.J. Moore, and R.H. Gilman.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 7 号: 11 ページ: e49651-e49651
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0049651
  • 査読あり
• [学会発表] 多剤耐性結核菌の二次変異保有状況の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 有川健太郎，吉田志緒美，岩本朋忠
  • 学会等名: 第88回 日本細菌学会総会
  • 発表場所: 岐阜
  • 年月日: 2015-03-28
• [学会発表] 都市型結核分子疫学へのゲノム解析の活用 (2015)
  • 著者名/発表者名: 岩本朋忠
  • 学会等名: 第19回 国際結核セミナー
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-03-05
• [学会発表] 結核菌分子疫学による神戸市内蔓延株の網羅的解析ならびに外国人結核との比較 (2014)
  • 著者名/発表者名: 有川健太郎，中西典子，岩本朋忠，藤山理世，松林恵介，水尻節子，白井千香，伊地智昭浩
  • 学会等名: 第89回 日本結核病学会総会
  • 発表場所: 岐阜
  • 年月日: 2014-05-10
• [学会発表] ワクチン接種副反応患者の生体内で起こったBCG Tokyo 172株の微小進化 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岩本朋忠、有川健太郎、中西典子、瀧井猛将
  • 学会等名: 第87回 日本細菌学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 結核菌分子疫学による地域内蔓延株の網羅的解析ならびに外国人結核との比較 (2014)
  • 著者名/発表者名: 有川健太郎、中西典子、岩本朋忠
  • 学会等名: 第87回 日本細菌学会総会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 結核分子疫学への新技術「次世代シーケンサー」活用の基礎的検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩本朋忠、有川健太郎、中西典子、藤山理世、松林恵介、山下真理子、水尻節子、白井千香、伊地智昭浩
  • 学会等名: 第111回日本結核病学会 近畿地方会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] 神戸市における外国人結核の分子疫学 (2013)
  • 著者名/発表者名: 有川健太郎、中西典子、岩本朋忠、藤山理世、松林恵介、山下真理子、水尻節子、白井千香、伊地智昭浩
  • 学会等名: 第111回日本結核病学会 近畿地方会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] BCGワクチン接種副反応事例から得たBCG Tokyo 172-1株に生じた遺伝子変異の検出 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩本朋忠、有川健太郎、吉田志緒美、露口一成、鈴木克洋
  • 学会等名: 第44回 結核・非定型抗酸菌症治療研究会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Genomic Diversity of Mycobacterium avium subsp. hominissuis Provides a Perspective on its Host Tropism (2013)
  • 著者名/発表者名: Tomotada Iwamoto, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
  • 学会等名: US-JAPAN COOPERATIVE MEDICAL SCIENCE PROGRAM
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] 結核菌北京型1,054株を用いた遺伝的系統解析法の評価 (2013)
  • 著者名/発表者名: 中西典子、和田崇之、有川健太郎、岩本朋忠
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 千葉
• [学会発表] Genetic diversity of Beijing family strains of Mycobacterium tuberculosis in Peru compared with that of strains from East Asia (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Iwamoto, L. Grandjean, K. Arikawa, N. Nakanishi, J. Coronel, L. Caviedes, P. Sheen, T. Wada, C. Taype, MA. Shaw, DAJ Moore, RH Gilman.
  • 学会等名: 11 th International Conference on Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases
  • 発表場所: New Orleans, USA