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遺伝子発現データに基づく予後予測モデル構築の統計理論の開発と実データによる検証

研究課題

研究課題/領域番号 24650149
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 統計科学
研究機関新潟大学

研究代表者

赤澤 宏平  新潟大学, 医歯学総合病院, 教授 (10175771)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2012年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード比例ハザードモデル / 罰則化 / DNAマイクロアレイデータ / 生存時間解析 / バイオインフォマティックス / マイクロアレイデータ / モンテカルロシミュレーション / 検出力 / Elastic net罰則化 / 疾患感受性遺伝子
研究概要

本研究では、疾患関連遺伝子の生存時間に与える影響を評価する際に、予後規定因子を確率的に正しく検出する罰則付き回帰モデルを開発しその性能を評価した。
シミュレーションの結果から次のことがわかった。(1)候補因子の個数が症例数より多い時、罰則付きCoxモデルでの検出力は逐次変数増加法に比べて高い傾向にある。(2)この傾向は、罰則項にL1-ノルム、L2-ノルムを用いた際に顕著になる。(3)実際のDNAマイクロアレイデータに本手法を用いたところ、疾患感受性遺伝子の検出力を正しく定量的に推定できた。今回開発した罰則付きCoxモデルは、遺伝子解析データの生存予後解析を行う際に有用なツールとなりうる。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] SORL1 is genetically associated with neuropathologically characterized late-onset Alzheimer's disease2013

    • 著者名/発表者名
      Wen Y, Miyashita A, Kitamura N, Tsukie T, Saito Y, Hatsuta H, Murayama S, Kakita A, Takahashi H, Akatsu H, Yamamoto T, Kosaka K, Yamaguchi H, Akazawa K, Ihara Y, Kuwano R
    • 雑誌名

      J Alzheimers Dis.

      巻: 35(2) ページ: 387-394

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] SORL1 is genetically associated with neuropathologically characterized late-onset Alzheimer's disease2013

    • 著者名/発表者名
      Wen Y, Miyashita A, Kitamura N, Tsukie T, Saito Y, Hatsuta H, Murayama S, et al.
    • 雑誌名

      J Alzheimers Dis

      巻: 35(2) 号: 2 ページ: 387-94

    • DOI

      10.3233/jad-122395

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Risk Ovarian Cancer Based on 126-Gene Expression Signature Is Uniquely Characterized by Downregulation of Antigen Presentation Pathway2012

    • 著者名/発表者名
      Yoshihara K, Tsunoda T, Shigemizu D, Fujiwara H, Hatae M, Fujiwara H, Masuzaki H, Katabuchi H, KawakamiY, Okamoto A, Nogawa T, Matsumura N, Udagawa Y, Saito T, Itamochi H, Takano M, Miyagi E, Sudo T, Ushijima K, Iwase H, Seki H, Terao Y, Enomoto T, Mikami M, Akazawa K, Tsuda H, Moriya T, Tajima A, Inoue I, and Kenichi Tanaka for The Japanese Serous Ovarian Cancer Study Group
    • 雑誌名

      Clin Cancer Res 2012

      巻: 18 ページ: 1374-1385

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Risk Ovarian Cancer Based on 126-Gene Expression Signature Is Uniquely Characterized by Downregulation of Antigen Presentation Pathway2012

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Yoshihara
    • 雑誌名

      Clinical Cancer Research

      巻: 18 号: 5 ページ: 1374-1385

    • DOI

      10.1158/1078-0432.ccr-11-2725

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 疾患感受性遺伝子同定のためのマイクロアレイデータ解析法に関する研究―elastic net罰則化項により最適化されたCoxの比例ハザードモデルの特性について2012

    • 著者名/発表者名
      北村信隆, 赤澤宏平
    • 学会等名
      第32回日本医療情報学連合大会
    • 発表場所
      新潟・朱鷺メッセ
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 疾患感受性遺伝子同定のためのマイクロアレイデータ解析法に関する研究-elastic net罰則化項により最適化されたCox比例ハザードモデルの特性について-2012

    • 著者名/発表者名
      北村 信隆
    • 学会等名
      第32回 医療情報学連合大会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2023-03-16  

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