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多数の1細胞から定量性のある網羅的遺伝子発現情報を取り出すための基盤技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24651218
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

笹川 洋平  独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, 上級センター研究員 (10404344)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2012年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードバイオテクノロジー / 単一細胞 / トランスクリプトーム / 1細胞 / 単細胞 / 1細胞RNA-Seq / 次世代シーケンサー
研究概要

1細胞RNA-seq法は、様々な生理条件で観察される1細胞間に現れるRNA量の不均一性を検出する重要な方法である。1細胞RNA-seq法では、定量性を保ったまま多数の1細胞を解析するスループット性能が重要である。1細胞RNA-seq法は、1細胞からのcDNAの増幅と、その後の増幅cDNAから超並列型シーケンサー用のライブラリDNAへの変換の2つの過程からなる。本申請課題では、両方の過程のスループット性能を上昇させた他、極めて優れた効率を持つシーケンスライブラリDNA作製方法を開発した。

報告書

(4件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果発表報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2018 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 4件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads2018

    • 著者名/発表者名
      Sasagawa Yohei、Danno Hiroki、Takada Hitomi、Ebisawa Masashi、Tanaka Kaori、Hayashi Tetsutaro、Kurisaki Akira、Nikaido Itoshi
    • 雑誌名

      Genome Biology

      巻: 19 号: 1 ページ: 1-24

    • DOI

      10.1186/s13059-018-1407-3

    • 関連する報告書
      研究成果発表報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohel Sasaqawa, Mana Umeda, Hiroki Danno and ltoshi Nikaido
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 : 619 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41467-018-02866-0

    • 関連する報告書
      研究成果発表報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 1細胞RNA-seq をはじめるにあたって2014

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      "よくわかる次世代シーケンサー解析"〜最先端トランスクリプトーム解析〜
    • 発表場所
      九州大学馬出キャンパス
    • 年月日
      2014-03-17
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 1細胞RNA-Seqをはじめるにあたって2014

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      “よくわかる次世代シーケンサー解析”~最先端トランスクリプトーム解析~
    • 発表場所
      九州大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞の不均一性を高精度に判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第41回研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2013-11-08
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 細胞集団の不均一性を判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      東京大学GCOEゲノム情報ビックバンから読み解く生命圏第44回GCOE談話会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2013-11-08
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 1細胞Quartz-Seq法誕生までの開発の道のりと今後の展開2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      NGS現場の会第3回研究会
    • 発表場所
      神戸市
    • 年月日
      2013-09-04
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 0.1 pgのmRNAをシーケンスする高精度なRNA-seq法 : Quartz-Seq2013

    • 著者名/発表者名
      二階堂愛、笹川洋平
    • 学会等名
      イルミナウェビナー
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2013-06-04
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 1細胞Quartz-Seq法誕生までの開発の道のりと今後の展開2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      NGS現場の会 第3回研究会
    • 発表場所
      神戸市
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞集団の不均一性を判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      東京大学GCOEゲノム情報ビックバンから読み解く生命圏第44回GCOE談話会
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞の不均一性を高精度に判別する1細胞Quartz-Seq法の紹介2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平
    • 学会等名
      日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第41回研究会
    • 発表場所
      東京都
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 1細胞RNA-Seq法の最前線と今後の展開(実験医学Vol.31 No.15)2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平、二階堂愛, 上田泰己
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      株式会社羊土社
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] 1細胞RNA-seq法の最前線と今後の展開(実験医学)2013

    • 著者名/発表者名
      笹川洋平、二階堂愛、上田泰己
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      株式会社羊土社
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://bit.accc.riken.jp/protocols/

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考] Bioinformatics Research Unit

    • URL

      http://bit.accc.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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