日本人ハプロイドゲノムの超並列シークエンス解析による構造多型の完全解明

• 研究課題/領域番号: 24657005
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 田平 知子 九州大学, 生体防御医学研究所, 講師 (50155230)
• 研究分担者: 久木田 洋児 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所) (60372744)
• 連携研究者: 山本 健 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60274528)
• 研究協力者: 和氣 徳夫 九州大学, 環境発達医学研究センター, 特任教授 (60091584) ; 林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 名誉教授 (00019671)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2012年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
• キーワード: ヒトゲノム構造多様性 / ハプロタイプ / 遺伝子多様性

研究概要

ヒトゲノムの構造多型は遺伝情報の個人差に大きく寄与しているが、通常の２倍体細胞のシークエンス解析によってその構造を決定することは困難である。全胞状奇胎は単一精子由来の倍加ハプロイドゲノムで全領域ホモの多型情報が得られる。この利点を生かし、超並列シークエンスにより全ゲノム新規アセンブリを行うことを検討した。しかし、現時点の精度および読み取り長では実現が困難であることが判明した。そこで、マイクロアレイ解析により検出された構造多型を個別に解析する方針とした。主に薬物代謝関連遺伝子を解析し、GSTA1-GSTA2遺伝子間の非アレル間相同組換えによる欠失が日本人集団に低頻度にあることを新たに見出した。

研究成果

• [雑誌論文] A definitive haplotype map of structural variation determined by microarray analysis of duplicated haploid genomes (2014)
  • 著者名/発表者名: Tahira T, Yahara K, Kukita Y, Higasa K, Kato K, Wake N, Hayashi K.
  • 雑誌名: Genomics Data 巻: 印刷中 ページ: 55-59
  • DOI: 10.1016/j.gdata.2014.04.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitative identification of mutant alleles derived from lung cancer in plasma cell-free DNA via anomaly detection using deep sequencing data (2013)
  • 著者名/発表者名: Kukita, Y., Uchida, J., Oba, S., Nishino, K., Kumagai, T., Taniguchi, K., Okuyama, T., Imamura, F., Kato, K.
  • 雑誌名: PloS one 巻: 8(11)
  • 査読あり
• [雑誌論文] ZNF408 is mutated in familial exudative vitreoretinopathy and is crucial for the development of zebrafish retinal vasculature (2013)
  • 著者名/発表者名: Collin, R. W., Nikopoulos, K., Dona, M., et al. (他23名)
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 巻: 110(24) 号: 24 ページ: 9856-9861
  • DOI: 10.1073/pnas.1220864110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic variants of FZD4 and LRP5 genes in patients with advanced retinopathy of prematurity (2013)
  • 著者名/発表者名: Kondo, H., Kusaka, S., Yoshinaga, A., Uchio, E., Tawara, A., Tahira, T.
  • 雑誌名: Molecular vision 巻: 19 ページ: 476-476
  • URL: http://www.molvis.org/molvis/v19/476/
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic variants of FZD4 and LRP5 genes in patients with advanced retinopathy of prematurity. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kondo H, Kusaka S, Yoshinaga A, Uchio E, Tawara A, Tahira T
  • 雑誌名: Mol Vis. 巻: 19 ページ: 476-485
  • 査読あり
• [学会発表] 日本人ハプロイド試料のゲノムワイド解析により同定された構造多型の機能予測 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田平知子, 久木田洋児, 矢原耕史, 山本健, 加藤聖子, 和氣徳夫, 林健志
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2013-12-05
• [学会発表] Structural variations of pharmacogenetic genes detected in haploid genomes of Japanese population (2013)
  • 著者名/発表者名: 田平知子, 久木田洋児, 加藤聖子, 和氣徳夫, 林健志
  • 学会等名: 第72回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2013-10-05
• [学会発表] 日本人集団の確定的ハプロタイプ決定とゲノム薬理学への応用 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田平知子, 久木田洋児, 矢原耕史, 山本健, 加藤聖子, 和気徳夫, 林健志
  • 学会等名: 日本薬学会第133年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2013-03-28
• [学会発表] 日本人ハプロイド試料のゲノムワイド解析により同定された構造多型の機能予測 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田平知子, 久木田洋児, 矢原耕史, 山本健, 加藤聖子, 和氣徳夫, 林健志
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
• [備考] D-Haploデータベース
  • URL: http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/