次世代型分子系統解析の標準手法の開発：急速な適応放散史の可視化に向けて

• 研究課題/領域番号: 24657065
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 独立行政法人国立科学博物館
• 研究代表者: 奥山 雄大 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究員 (40522529)
• 研究分担者: 田辺 晶史 (田邉 晶史) 独立行政法人水産総合研究センター, その他部局等, 研究員 (40549044)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2013年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2012年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: 分子系統樹 / 次世代シーケンサー / RAD-seq / テルペン合成酵素遺伝子 / チャルメルソウ / カンアオイ / RADタグ法

研究概要

本研究は、急速に種分化を遂げているため従来法では系統解析が困難な種群で、系統推定を可能とする標準手法を確立することを目標とし、RAD法の応用による巨大データ取得の手法と、RNA-seq法の応用による種分化関連遺伝子の探索の両方を試みた。RAD法の応用については、当初利用を試みた次世代シーケンサーGS Juniorでは出力データ量が不足することが明らかになった。そこでよりデータ出力量の大きいシーケンサーHiseq2000を用いる手法に切り替え、現在は解析結果待ちである。また、RNA-seqにより花の発現遺伝子を網羅的に読むことで、種分化に関係する少数の遺伝子を絞り込むことにも成功した。

研究成果

• [雑誌論文] The genetic basis of flower-related phenotypic differences between closely related species of Asian Mitella (Saxifragaceae) (2013)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Mio Akashi
  • 雑誌名: Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany 巻: 39 ページ: 131-136
  • NAID: 40019934135
  • 査読あり
• [雑誌論文] he genetic basis of flower-related phenotypic differences between closely related species of Asian Mitella (Saxifragaceae). (2013)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama, Mio Akashi
  • 雑誌名: Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany 巻: 39 ページ: 131-136
  • 査読あり
• [雑誌論文] The rice resistance protein pair RGA4/RGA5 recognizes the Magnaporthe oryzae effectors AVR-Pia and AVR1-CO39 by direct binding. (2013)
  • 著者名/発表者名: Stella Cesari, Gaetan Thilliez, Cecile Ribot, Veronique Chalvon, Corinne Michel, Alain Jauneau, Susana Rivas, Ludovic Alaux, Hiroyuki Kanzaki, Yudai Okuyama, Jean-Benoit Morel, Elisabeth Fournier, Didier Tharreau, Ryohei Terauchi, Thomas Kroj
  • 雑誌名: The Plant Cell. 巻: 25 ページ: 1463-1481
  • 査読あり
• [学会発表] The speciation gene complex underlying recurrent pollinator shifts in Asian Mitella (2013)
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 学会等名: Memorial Symposium for the 29th International Prize for Biology
  • 発表場所: Kyushu University Ito Campus, Fukuoka, Japan
  • 年月日: 2013-11-21
• [学会発表] 遺伝子から迫るチャルメルソウ属の生態的種分化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本進化学会第15回つくば大会シンポジウム「種分化を伴う進化と伴わない進化-環境傾度に対する植物の適応進化とその生態・遺伝的背景」
  • 発表場所: 筑波大学筑波キャンパス
• [学会発表] チャルメルソウ属雑種F2集団を用いた生殖隔離形質および生活史形質遺伝子群のマッピング (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本植物学会第77回大会シンポジウム「RAD-Seqが切り拓く植物研究―栽培種から野生種まで」
  • 発表場所: 北海道大学札幌キャンパス
• [学会発表] チャルメルソウ属の生態的種分化の謎に迫る-フィールドからゲノムまで- (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第249回生態研セミナー
  • 発表場所: 京都大学生態学研究センター
• [学会発表] チャルメルソウ属雑種F2集団を用いた生殖隔離形質および生活史形質遺伝子群のマッピング (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本植物学会第７７回大会シンポジウム「RAD-Seqが切り拓く植物研究―栽培種から野生種まで」
  • 発表場所: 北海道大学札幌キャンパス
  • 招待講演
• [学会発表] コチャルメルソウ種群て分化した花形質を司る遺伝子群の遺伝学的解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 明石澪、村上哲明、奥山雄大
  • 学会等名: 日本植物学会第７７回大会
  • 発表場所: 北海道大学札幌キャンパス
  • 招待講演
• [学会発表] 遺伝子から迫るチャルメルソウ属の生態的種分化
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 日本進化学会第１５回つくば大会シンポジウム 「種分化を伴う進化と伴わない進化－環境傾度に対する植物の適応進化とその生態・遺伝的背景」
  • 発表場所: 筑波大学筑波キャンパス
  • 招待講演
• [学会発表] チャルメルソウ属の生態的種分化の謎に迫る -フィールドからゲノムまで
  • 著者名/発表者名: 奥山雄大
  • 学会等名: 第２４９回生態研セミナー
  • 発表場所: 京都大学生態学研究センター
  • 招待講演
• [学会発表] The speciation gene complex underlying recurrent pollinator shifts in Asian Mitella.
  • 著者名/発表者名: Yudai Okuyama
  • 学会等名: Memorial Symposium for the 29th International Prize for Biology
  • 発表場所: Kyushu University Ito Campus, Fukuoka, Japan
  • 招待講演
• [備考]
  • URL: http://www.kahaku.go.jp/research/researcher/researcher.php?d=yokuyama
• [備考]
  • URL: https://sites.google.com/site/okuyamanokenkyuupeji/home
• [備考] おくやまの研究ページ
  • URL: https://sites.google.com/site/okuyamanokenkyuupeji/