マイクロＲＮＡ機能推定に向けたネットワーク解析手法の開発

• 研究課題/領域番号: 24680032
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 一部基金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 国立研究開発法人産業技術総合研究所 (2014-2015); 東京工業大学 (2012-2013)
• 研究代表者: 瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 主任研究員 (40361539)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 20,410千円 (直接経費: 15,700千円、間接経費: 4,710千円); 2014年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2013年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2012年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
• キーワード: ネットワーク / 転写制御 / 統計的有意性 / マイクロRNA / タンパク質相互作用 / パスウエイ / バイオインフォマティクス / miRNA / 多重検定 / データマイニング

研究成果の概要

本研究では主として2個の成果がある。一つは与えたれた生物学的ネットワークを探索するアルゴリズムの構築である。たんぱく質相互作用等のネットワークとマイクロRNAのターゲットとする遺伝子群を与えた時、複数のマイクロRNAがターゲットとする部分ネットワークを高速に探索する。もうひとつはネットワークを構築する統計的なアルゴリズムである。転写因子やマイクロRNAによる転写制御は、複数の因子が同時に関わることで転写の制御が行われる。その関係を統計的有意性を持って発見できる手法の開発に成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Parallelization of Extracting Connected Subgraphs with Common Itemsets (2014)
  • 著者名/発表者名: Shingo Okuno, Tasuku Hiraishi, Hiroshi Nakashima, Masahiro Yasugi, Jun Sese.
  • 雑誌名: Information and Media Technologies 巻: 9 号: 3 ページ: 233-250
  • DOI: 10.11185/imt.9.233
  • NAID: 130004687718
  • ISSN: 1881-0896
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Least-squares independence regression for non-linear causal inference under non-gaussian noise (2014)
  • 著者名/発表者名: Makoto Yamada, Masashi Sugiyama, and Jun Sese
  • 雑誌名: Machine Learning 巻: -
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fast Westfall-Young permutation procedure for combinatorial regulation discovery (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada, Koji Tsuda, and Jun Sese
  • 雑誌名: IEEE Bioinformatics and Biomedicine 巻: - ページ: 153-158
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bonferroni correction hides significant motif combinations. (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada and Jun Sese
  • 雑誌名: 13th IEEE Bioinformatics and Bioengineering 巻: -
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical significance of combinatorial regulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Aika Terada, Mariko Okada-Hatakeyama, Koji Tsuda, and Jun Sese
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. 巻: No. 110, Issue 32 ページ: 12996-13001
  • 査読あり
• [学会発表] Fast Statistical Assessment for Combinatorial Hypotheses Based on Frequent Itemset Mining (2014)
  • 著者名/発表者名: S Minato, T Uno, K Tsuda, A Terada, J Sese
  • 学会等名: ECML/PKDD 2014
  • 発表場所: Nancy, France
  • 年月日: 2014-09-15 – 2014-09-19
• [学会発表] Statistically significant subgraphs for genome-wide association study (2014)
  • 著者名/発表者名: Jun Sese
  • 学会等名: Statistically Sound Data-Mining (ECML/PKDD 2014 Workshop)
  • 発表場所: Nancy, France
  • 年月日: 2014-09-15