微量ＣｈＩＰ－ｓｅｑ法の開発による始原生殖細胞のエピゲノム動態解明

• 研究課題/領域番号: 24681039
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 一部基金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 栗本 一基 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20415152)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 23,010千円 (直接経費: 17,700千円、間接経費: 5,310千円); 2014年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円); 2013年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円); 2012年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
• キーワード: ChIP-seq / BLIMP1 / primordial germ cell / 始原生殖細胞 / 微量 / 次世代シークエンサー / 生殖細胞 / エピゲノム / PGC / Blimp1 / Blimpl

研究成果の概要

個体を形成する細胞の多様性は、その遺伝子発現を規定する閣内のエピゲノムに依拠している。細胞内の転写因子の結合部位の同定には、技術的な限界によって多数の細胞を必要とし、そのような研究は培養細胞や血球系の細胞等にほぼ限られていた。私は少数の細胞から転写因子の結合部位を同定する手法を確立し、従来の1/100から1/1000のスケールで転写因子のChIP-seqを行うことを可能にした。この手法を始原生殖細胞の試験管内モデル系に応用し転写活性化・抑制にかかわる代表的なヒストン修飾とともに、必須転写因子BLIMP1とT(Brachyury)の結合部位を同定して、この過程のエピゲノム動態を解明した。

研究成果

• [雑誌論文] Quantitative Dynamics of Chromatin Remodeling during Germ Cell Specification from Mouse Embryonic Stem Cells (2015)
  • 著者名/発表者名: Kurimoto, K., Yabuta, Y., Hayashi, K., Ohta, H., Kiyonari, H., Mitani, T., Moritoki, Y., Kohri, K., Kimura, H., Yamamoto, T., Katou, Y., Shirahige, K., Saitou, M.
  • 雑誌名: Cell Stem Cell 巻: 16 号: 5 ページ: 517-532
  • DOI: 10.1016/j.stem.2015.03.002
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] SC3-seq: a method for highly parallel and quantitative measurement of single-cell gene expression (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, T., Yabuta, Y., Okamoto, I., Aramaki, S., Yokobayashi, S., Kurimoto, K., Sekiguchi, K., Nakagawa, M., Yamamoto, T., Saitou, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: - 号: 9 ページ: e60-e60
  • DOI: 10.1093/nar/gkv134
  • NAID: 120005825922
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Paternal nucleosomes: are they retained in developmental promoters or gene deserts? (2014)
  • 著者名/発表者名: Saitou, M., Kurimoto, K.
  • 雑誌名: Dev Cell 巻: 30 号: 1 ページ: 6-8
  • DOI: 10.1016/j.devcel.2014.06.025
• [雑誌論文] Cell-to-cell expression variability followed by signal reinforcement progressively segregates early mouse lineages (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohnishi, Y., Huber, W., Tsumura, A., Kang, M., Xenopoulos, P., Kurimoto, K., Oles, A. K., Arauzo-Bravo, M. J., Saitou, M., Hadjantonakis, A. K., Hiiragi, T.
  • 雑誌名: Nat Cell Biol 巻: 16 号: 1 ページ: 27-37
  • DOI: 10.1038/ncb2881
  • 査読あり
• [雑誌論文] CCR1-mediated accumulation of myeloid cells in the liver microenvironment promoting mouse colon cancer metastasis (2014)
  • 著者名/発表者名: Hirai H, Fujishita T, Kurimoto K, Miyachi H, Kitano S, Inamoto S, Itatani Y, Saitou M, Maekawa T, Taketo MM
  • 雑誌名: Clin Exp Metastasis 巻: 31 号: 8 ページ: 977-989
  • DOI: 10.1007/s10585-014-9684-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A mesodermal factor, T, specifies mouse germ cell fate by directly activating germline determinants (2013)
  • 著者名/発表者名: Aramaki, S., Hayashi, K., Kurimoto, K., Ohta, H., Yabuta, Y., Iwanari, H., Mochizuki, Y., Hamakubo, T., Kato, Y., Shirahige, K., and Saitou, M
  • 雑誌名: Developmental Cell 巻: 27 号: 5 ページ: 516-529
  • DOI: 10.1016/j.devcel.2013.11.001
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Induction of mouse germ-cell fate by transcription factors in vitro. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakaki F, Hayashi K, Ohta H, Kurimoto K, Yabuta Y, Saitou M.
  • 雑誌名: Nature 巻: 501 号: 7466 ページ: 222-226
  • DOI: 10.1038/nature12417
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replication-coupled passive DNA demethylation for the erasure of genome imprints in mice (2013)
  • 著者名/発表者名: Kagiwada, S., Kurimoto, K., Hirota, T., Yamaji, M., and Saitou, M
  • 雑誌名: The EMBO Journal 巻: 32 号: 3 ページ: 340-353
  • DOI: 10.1038/emboj.2012.331
  • 査読あり
• [雑誌論文] PRDM14 ensures naive pluripotency through dual regulation of signaling and epigenetic pathways in mouse embryonic stem cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamaji, M., Ueda, J., Hayashi, K., Ohta, H., Yabuta, Y., Kurimoto, K., Nakato, R., Shirahige, K., and Saitou, M
  • 雑誌名: Cell Stem Cell 巻: 12 号: 3 ページ: 368-382
  • DOI: 10.1016/j.stem.2012.12.012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Offspring from oocytes derived from in vitro primordial germ cell-like cells in mice (2012)
  • 著者名/発表者名: Hayashi, K., Ogushi, S., Kurimoto, K., Shimamoto, S., Ohta, H., Saitou, M
  • 雑誌名: Science 巻: 338 号: 6109 ページ: 971-975
  • DOI: 10.1126/science.1226889
  • 査読あり
• [学会発表] A method for ChlP-seq of transcription factors in small cell numbers (2012)
  • 著者名/発表者名: tazuki Kurimoto. Mitinori Saitou
  • 学会等名: nternational Joint Symposium on Single-Cell Analysis
  • 発表場所: Kyoto Research Park