| 研究課題/領域番号 |
24700289
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 長浜バイオ大学 |
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研究代表者 |
米澤 弘毅 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助手 (00374744)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2013年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2012年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / 人獣共通感染症 / リサンプリング / 分子系統樹 / 遺伝子配列 |
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| 研究概要 |
近年，インフルエンザを始め様々な病原体の遺伝子情報がデータベース上に大量に蓄積されている．しかし，データセットの巨大化に伴い，多重配列アラインメント，進化系統解析，相同性検索等の解析が困難になりつつある．また，各国における感染症サーベイランス能力の差異により，データセットにサンプリングバイアスを含んでいる可能性がある．
本研究では，サンプリング密度の濃い部分に存在する配列を適宜取り除くことによってリサンプリングを行うアルゴリズムを提案し，インフルエンザウイルスなどの病原体の遺伝子配列データに適用することにより，サンプリングバイアスの軽減能力を評価した．
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