高速シーケンサーを用いた遺伝子制御ネットワーク解析技術の開発

• 研究課題/領域番号: 24700294
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 瀬尾 茂人 大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (30432462)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2014年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / 遺伝子発現解析 / 褐色脂肪細胞

研究成果の概要

近年発展の目覚ましい高速シーケンサーによる遺伝子発現量の測定データと、従来のマイクロアレイによるデータとを組み合わせて遺伝子制御ネットワーク解析を方法を開発した。実際にマウスの褐色脂肪細胞やベージュ脂肪細胞に対して寒冷曝露刺激を与えた際の遺伝子発現プロファイルにこの方法を適用し、脂肪細胞の褐色化に関連する候補遺伝子を抽出した。

研究成果

• [雑誌論文] Proinflammatory cytokine interleukin-1β suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes (2016)
  • 著者名/発表者名: Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada
  • 雑誌名: Cytokine 巻: 77 ページ: 107-114
  • DOI: 10.1016/j.cyto.2015.11.001
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detecting shifts in gene regulatory networks during time-course experiments at single-time-point temporal resolution (2016)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: J. Bioinformatics and Computational Biology 巻: 13 号: 05 ページ: 1543002-1543020
  • DOI: 10.1142/s0219720015430027
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles (2014)
  • 著者名/発表者名: Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: PeerJ 巻: 2: e559 ページ: 1-13
  • DOI: 10.7717/peerj.559
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法 (2013)
  • 著者名/発表者名: 渡邉之人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 巻: 6 ページ: 151-162
  • NAID: 110009550160
  • 査読あり
• [雑誌論文] An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles (2013)
  • 著者名/発表者名: Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: Gene 巻: Vol.518 号: 1 ページ: 17-25
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.11.090
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Method for Isoform Prediction from RNA-Seq Data by Iterative Mapping (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics（TBIO） 巻: 5 ページ: 27-33
  • 査読あり
• [学会発表] イメージングデータの定量化とトランスオミクス解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 瀬尾茂人
  • 学会等名: 生理学研究所研究会
  • 発表場所: 自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター（岡崎市）
  • 年月日: 2015-09-14
  • 招待講演
• [学会発表] Detecting the shifts of gene regulatory networks during time-course experiments with a single time point temporal resolution (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
  • 学会等名: GIW/InCOB2015
  • 発表場所: 日本科学未来館（江東区）
  • 年月日: 2015-09-09
  • 国際学会
• [学会発表] ダイナミックベイジアンネットワークを用いた遺伝子制御ネットワーク推定の部分問題化による近似解法 (2015)
  • 著者名/発表者名: 上木怜, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
  • 学会等名: 第42回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学（沖縄県）
  • 年月日: 2015-06-23
• [学会発表] ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法 (2014)
  • 著者名/発表者名: 津田絢子,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄
  • 学会等名: 第98回MPS・第38回BIO合同研究発表会
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
• [学会発表] An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles (2012)
  • 著者名/発表者名: Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: GIW2012
  • 発表場所: Tainan, Taiwan
• [学会発表] Estimate Dynamic Gene Regulatory Networks in Adipocyte Differentiation for Detecting Changes of Gene Regulations by Splitting Time Course Data (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: GIW2012
  • 発表場所: Tainan, Taiwan
• [学会発表] Bayes-based inference of gene regulatory network for multiple time series gene expression profile (2012)
  • 著者名/発表者名: Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology 2012
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] Transcript-Type Dependent Normalization of Expression Levels in RNA-Seq Data for Non-Coding RNA Analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology 2012
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] Gene Set Enrichment Analysis for a Long Time Series Gene Expression Profile
  • 著者名/発表者名: Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: BIOCOMP2013
  • 発表場所: Las Vegas, Nevada, USA
• [学会発表] A Method of Sequence Analysis for High-Throughput Sequencer Data Based on Shifted Short Read Clustering
  • 著者名/発表者名: Kensuke Suzuki, Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: BIOCOMP2013
  • 発表場所: Las Vegas, Nevada, USA
• [学会発表] Reconstruction of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Separation of Time-course Data
  • 著者名/発表者名: Tomoyoshi Nakayama, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: BIOCOMP2013
  • 発表場所: Las Vegas, Nevada, USA
• [学会発表] Integrative prediction of miRNA-mRNA interactions from high-throughput sequencing data
  • 著者名/発表者名: Tomoshige Ohno, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 学会等名: RECOMB DREAM 2013
  • 発表場所: Las Vegas, Nevada, USA