| 研究課題/領域番号 |
24700296
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 京都大学 (2014)
奈良先端科学技術大学院大学 (2012-2013) |
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研究代表者 |
加藤 有己 京都大学, iPS細胞研究所, 特定拠点助教 (10511280)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2014年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | RNA間相互作用 / アクセシビリティ / 数理計画法 / 無細胞系実験 / 国際情報交換 / デンマーク / RNA２次構造 / RNA構造アラインメント / 整数計画法 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、現実に現れる様々な組み合わせ最適化問題を定式化可能な整数計画法を用いることで、高速かつ高精度なRNA間相互作用予測モデルの開発を行った。ここで、分子間相互作用に関与し得る確率を表すアクセシビリティの概念を整数計画問題の定式化に巧妙に導入することにより、アクセシビリティを考慮しない従来モデルよりも大きく予測精度を向上させることができた。提案手法はRNA間の結合部位を塩基対解像度レベルで従来手法よりも高精度に予測可能であるため、今後制御RNAの機能解析などに大きく貢献することが期待される。
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