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メタボロームの統合化データベースの開発

研究課題

研究課題/領域番号 24710215
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関慶應義塾大学 (2013)
京都大学 (2012)

研究代表者

杉本 昌弘  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 准教授 (30458963)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2012年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワードメタボローム / データベース / パスウェイ / 可視化 / データ解析 / キャピラリー電気泳動・質量分析装置
研究概要

本研究ではデータの標準化が進んでいないメタボローム分野におけるデータの共有化と再利用を効率的に行うために、様々なユーザを想定した公開データベースと関連ツールの開発を行った。格納するデータは、定量値を利用するユーザ向けに代謝物プロファイル(代謝物の濃度パターン)、分子の同定を行う分析者向けに測定生データと、これらに関連した付帯情報(外部データへのリンクや、臨床サンプルなどを取り扱うための情報)を対象とする。また、代謝データを可視化するためのPathway可視化ツールの開発や、臨床情報の組み合わせによるデータ解析ツールも開発した。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 1件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Comparison of robustness against missing values of alternative decision tree and multiple logistic regression for predicting clinical data in primary breast cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto, Masahiro Takada, Masakazu Toi
    • 雑誌名

      Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc

      ページ: 3054-3057

    • DOI

      10.1109/embc.2013.6610185

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A challenge filling in the gap between experimental and theoretical biology2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      Complex Biodynamics & Networks
    • 発表場所
      Yamagata, Japan
    • 年月日
      2013-11-12
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Bioinformatics provides novel insights into metabolomics2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      International Conference on Applied Informatics for Health and Life Science
    • 発表場所
      Istanbul, Turkey
    • 年月日
      2013-09-11
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Comparison of robustness against missing values of alternative decision tree and multiple logistic regression for predicting clinical data in primary breast cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto, Masahiro Takada, Masakazu Toi
    • 学会等名
      35^<th> Annual International IEEE EMBS Conference
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2013-07-05
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] A challenge filling in the gap between experimental and theoretical biology2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      Complex Biodynamics & Networks
    • 発表場所
      山形県
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Bioinformatics provides novel insights into metabolomics2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      International Conference on Applied Informatics for Health and Life Science
    • 発表場所
      イスタンブール(トルコ)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Comparison of Robustness against Missing Values of Alternative Decision Tree and Multiple Logistic Regression for Predicting Clinical Data in Primary Breast Cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto, Masahiro Takada, Masakazu Toi
    • 学会等名
      35th Annual International IEEE EMBS Conference
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] MMMDB:マウスのメタボロームデータベース2012

    • 著者名/発表者名
      杉本昌弘
    • 学会等名
      第7回メタボロームシンポジウム
    • 発表場所
      鶴岡市、山形
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Freely accessible transcriptomics and metabolomics databases2012

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Sugimoto
    • 学会等名
      International Conference on Statistical Data Mining for Bioinformatics, Health Agriculture and Environment
    • 発表場所
      Rajshahi, Banbladesh
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [図書] システムバイオロジー:メタボロームの展開・生命のビッグデータ利用の最前線Frontier of Utilization of Big Data in Sciences(上田充美監修)2014

    • 著者名/発表者名
      杉本昌弘
    • 出版者
      シーエムシー出版社
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] システムバイオロジー:メタボロームの展開, 生命のビッグデータ利用の最前線2014

    • 著者名/発表者名
      杉本昌弘
    • 総ページ数
      231
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://mmmdb.iab.keio.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考] MMMDB

    • URL

      http://mmmdb.iab.keio.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

URL: 

公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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