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変動環境に適応する大腸菌の一細胞レベルの解析

研究課題

研究課題/領域番号 24710228
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関大阪大学

研究代表者

津留 三良  大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (80594506)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2013年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2012年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード一細胞観察 / 遺伝子発現の確率性 / マイクロ流路 / 遺伝子発現ノイズ / 微細加工 / 遺伝子発現 / バクテリア / 環境適応
研究概要

本研究は、顕微鏡下でリアルタイムに観測可能で、培地交換が速い微細培養装置を開発することを目的としている。この装置は、細胞の流出を防ぐ小部屋と、培地成分濃度を様々な周波数で供給する発振流路から構成される。培地中の蛍光色素を指標に、小部屋の培地交換速度を計測した。その結果、当初目標の半分以下の10秒程度で培地交換が可能な微細培養装置を完成させた。蛍光タンパク質を合成する大腸菌をこの装置で培養・観察した結果、蛍光タンパク質の濃度が増殖と連動しつつも確率的に変化するが分かった。培地交換速度が速い微細培養装置を開発し、蛍光タンパク質の細胞内合成量が時々刻々と変化し、細胞ごとに多様性が現れることを示した。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (15件)

  • [雑誌論文] Gene expression scaled by distance to the genome replication site2014

    • 著者名/発表者名
      Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsudab, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      Mol. BioSyst

      巻: 10 ページ: 375-379

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Gene expression scaled by distance to the genome replication site.2014

    • 著者名/発表者名
      Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsudab, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      Mol. BioSyst., 2014

      巻: 10 号: 3 ページ: 375-379

    • DOI

      10.1039/c3mb70254e

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Growth rate-coordinated transcript- ome reorganization in bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 14 ページ: 1-10

    • NAID

      120007130585

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Growth rate-coordinated transcriptome reorganization in bacteria2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, Y., Murakami, Y., Tsuru, S., Ying, B., Yomo, T
    • 雑誌名

      BMC Genomics 2013

      巻: 14 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-808

    • NAID

      120007130585

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Growth rate dependent effect on gene expression under environmental perturbation2013

    • 著者名/発表者名
      Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo.
    • 学会等名
      International Workshop on Quantitative Biology 2013 (IWQB2013)
    • 発表場所
      Icho-kaikan, Suita Campus Osaka University
    • 年月日
      2013-11-25
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノム再編大腸菌における表現型及び全遺伝子発現の変化と適応2013

    • 著者名/発表者名
      村上由衣, 松本悠希, 津留三良, Ying Bei-wen, 四方哲也
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Growth rate dependent effect on gene expression under environmental perturbation.2013

    • 著者名/発表者名
      Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo.
    • 学会等名
      International Workshop on Quantitative Biology 2013(IWQB2013)
    • 発表場所
      Icho-kaikan, Suita Campus Osaka University
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Disturbing native regulations by a synthetic promoter reduced the noise in gene expression2012

    • 著者名/発表者名
      Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Tetsuya Yomo
    • 学会等名
      COLD SPRING HARBOR ASIA CONFERENCE Synthetic Biology
    • 発表場所
      Suzhou Dushu Lake Conference Center, China
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Reduced noise in gene expression caused by a replaced foreign promoter2012

    • 著者名/発表者名
      應蓓文, 津留三良, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 四方哲也
    • 学会等名
      日本進化学会第14回東京大会
    • 発表場所
      首都大学東京南大沢キャンパス
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Growth rate correlated genome-wide gene expression pattern in E. coli2012

    • 著者名/発表者名
      松本悠希, 津留三良, インベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 遺伝子発現の確率性による環境適応2012

    • 著者名/発表者名
      明野優也, 三田弘道, 伊藤洋一郎, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 大腸菌の増殖抑制におけるストレス因子間の相乗・相殺効果2012

    • 著者名/発表者名
      高橋佑輔, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 確率的環境適応をもたらす遺伝子発現パターンの再編2012

    • 著者名/発表者名
      村上由衣, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Disturbing native regulations by a synthetic promoter reduced the noise in gene expression.2012

    • 著者名/発表者名
      Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Tetsuya Yomo.
    • 学会等名
      COLD SPRING HARBOR ASIA CONFERENCE Synthetic Biology
    • 発表場所
      Suzhou Dushu Lake Conference Center, China
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Reduced noise in gene expression caused by a replaced foreign promoter.2012

    • 著者名/発表者名
      イン ベイウェン,津留三良,瀬尾茂人,松田秀雄,四方哲也
    • 学会等名
      日本進化学会第14回東京大会
    • 発表場所
      首都大学東京南大沢キャンパス(東京)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Growth rate correlated genome-wide gene expression pattern in E. coli.2012

    • 著者名/発表者名
      松本 悠希, 津留三良, インベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 遺伝子発現の確率性による環境適応2012

    • 著者名/発表者名
      明野優也, 三田弘道, 伊藤洋一郎, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌の増殖抑制におけるストレス因子間の相乗・相殺効果2012

    • 著者名/発表者名
      高橋佑輔, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 確率的環境適応をもたらす遺伝子発現パターンの再編2012

    • 著者名/発表者名
      村上由衣, 津留三良, 應ベイウェン, 四方哲也
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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