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DNAメチローム解析を少量細胞でおこなうための手法最適化

研究課題

研究課題/領域番号 24710233
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

沼田 興治  独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 開発研究員 (10462714)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2012年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワードDNAメチローム / DNAメチローム解析
研究概要

本研究では,少量細胞(微量のDNA試料)におけるDNAメチローム解析手法の開発と,そのデータに内在するバイアスを補正することによる定量的なDNAメチル化状態の算出を目的とする.高速シークエンスをもちいたDNAメチローム解析にはバイサルファイト法やメチル化DNA濃縮などの方法によるものなどがあるが,本研究はメチル化感受性の制限酵素によって処理したDNA断片の末端を濃縮することによって,制限酵素サイト内のシトシンのメチル化レベルを算出する手法をベースとしている.これまでに同手法をベースとしてマイクロアレイによるプロファイリングをおこなっており,本研究ではより包括的なプロファイルを取得することを目的として開発を試みた.
はじめに少量の試料においてDNAメチロームデータを得るための高速シークエンス手法の開発(シークエンスライブラリ構築およびデータ解析)をおこない,同手法をマウス細胞分化系譜に適用した.メチル化依存性の制限酵素HpaIIで処理したDNAの末端配列を高速シークエンサーによって解析し,メチル化非依存性の制限酵素MspIで処理したDNA で取得したデータを標準としてもちいる.1サンプルあたり各々約5~6千万程度のリード深度で解析をおこない,これらをマウスのリファレンスゲノムにマッピングし,制限酵素部位のリード数の比からメチル化レベルを推定した.既存の手法(Reduced Representation Bisulfite Sequence法)の結果などとも比較し,その結果妥当性を検証した.

報告書

(2件)
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2013 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Large, male germ cell-specific hypomethylated DNA domains with unique genomic and epigenomic features on the mouse X chromosome.2013

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, R. et al.
    • 雑誌名

      DNA Res.

      巻: 20 号: 6 ページ: 549-565

    • DOI

      10.1093/dnares/dst030

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 高速シークエンサーによるDNAメチル化プロファイリング

    • 著者名/発表者名
      沼田興治
    • 学会等名
      生殖サイクル若手勉強会2012
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 亜種間ハイブリッドマウスにおける遺伝子発現のアレル間差異

    • 著者名/発表者名
      沼田興治
    • 学会等名
      日本進化学会第14回東京大会
    • 発表場所
      首都大学東京(東京都八王子市)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 亜種間ハイブリッドマウスにおける遺伝子発現のアレル間差異

    • 著者名/発表者名
      沼田興治
    • 学会等名
      「ゲノム・遺伝子相関」若手の会
    • 発表場所
      エクシブ琵琶湖(滋賀県米原市)
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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