生体酵素における反応機構と反応制御機構解明のための理論的研究

• 研究課題/領域番号: 24750007
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 庄司 光男 筑波大学, 数理物質系, 助教 (00593550)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2013年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2012年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
• キーワード: QM/MM / 酵素 / 反応機構 / トレオニン合成酵素 / 亜硝酸還元酵素 / 反応制御 / スーパーコンピュータ / MD / UV / 自由エネルギー

研究概要

酵素は生命現象に不可欠な化学反応を担っており、効率的に物質変換やエネルギー変換を行っている。単純な酵素反応は理論解析が進んでいるが、複雑な反応過程を持つ酵素反応機構は未だ解明がなされていない。非常に興味深い化学反応を触媒するトレオニン合成酵素(ThrS)、亜硝酸還元酵素(NiR)、一酸化窒素還元酵素(NOR)、DNAトポイソメラーゼ(Topo)に注目し、量子古典混合計算(QM/MM)法により反応機構解明を行った。スーパーコンピュータを用いた大規模並列計算により、プロトン化状態、水素結合ネットワーク、水の有無、反応経路についての網羅的検証を可能にした事で、複雑な反応機構を初めて明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase : Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity (2014)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, D. Kondo, H. Umeda, Y. Kamoshida, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 136(12) ページ: 4525-4533
• [雑誌論文] A QM/MM Study of the l-Threonine Formation Reaction of Threonine Synthase: Implications into the Mechanism of the Reaction Specificity. (2014)
  • 著者名/発表者名: Shoji, M., Hanaoka, K., Ujiie, Y., Tanaka, W., Kondo, D., Umeda, H., Kamoshida, Y., Kayanuma, M., Kamiya, K., Shiraishi, K., Machida, Y., Murakawa, T., and Hayashi, H.
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 巻: 136 号: 12 ページ: 4525-4533
  • DOI: 10.1021/ja408780c
  • 査読あり
• [雑誌論文] Substrate-mediated proton relay mechanism for the religation reaction in topoisomerase II (2013)
  • 著者名/発表者名: Kyohei Hanaoka, Mitsuo Shoji, Daiki Kondo, Akimasa Sato, Moon Young Yang, Katsumasa Kamiya, and Kenji Shiraishi
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 巻: - 号: 11 ページ: 1759-1765
  • DOI: 10.1080/07391102.2013.834848
  • 査読あり
• [雑誌論文] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, A. Sato, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • 雑誌名: Molecular Physics 巻: 112, 3-4 ページ: 393-397
• [雑誌論文] フラグメント分子軌道法におけるFock行列計算のGPGPU化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 梅田宏明, 塙敏博, 庄司光男, 朴泰祐, 稲富雄一
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) 巻: 6, 4 ページ: 26-37
• [雑誌論文] フラグメント分子軌道法におけるFock行列計算のGPGPU化 (2013)
  • 著者名/発表者名: 梅田 宏明, 塙 敏博, 庄司 光男, 朴 泰祐,稲富 雄一
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) 巻: 6 ページ: 26-37
  • 査読あり
• [雑誌論文] Calculation of the Electron Transfer Coupling Matrix Element in Diabatic Reactions (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, A. Sato, D. Kondo, M. Yang, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 113 号: 3 ページ: 342-347
  • DOI: 10.1002/qua.24074
  • 査読あり
• [雑誌論文] Full Geometry Optimizations of the Mixed-Valence CaMn4O4X(H2O) 4 (X=OH or O) Cluster in OEC of PS II: Degree of Symmetry Breaking of the Labile Mn-X-Mn Bond Revealed by Several Hybrid DFT Calculations (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Yamaguchi, H. Isobe, S. Yamanaka, T. Saito, K. Kanda, M. Shoji, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R.. Shen, N. Kamiya, M. Okumura
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 113 号: 4 ページ: 525-541
  • DOI: 10.1002/qua.24117
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Nature of chemical bonds of the CaMn4O5cluster in oxygen evolving complex of photosystem II. Jahn-Teller distortion and its suppression by Ca doping in cubane structures (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Yamaguchi, S. Yamanaka, H. Isobe, T. Saito, K. Kanda, Y. Umena, K. Kawakami, J. -R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, M. Shoji and Y. Yoshioka
  • 雑誌名: Internat. J. Quantum Chem 巻: 113 号: 4 ページ: 453-473
  • DOI: 10.1002/qua.24280
  • 査読あり
• [学会発表] QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造 (2014)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男
  • 学会等名: 異分野融合による新材料開発のための計算科学
  • 発表場所: RIKEN AICS
  • 年月日: 2014-03-08
  • 招待講演
• [学会発表] 大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態 (2014)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 磯辺寛, 山中秀介, 沈建仁, 山口兆
  • 学会等名: 日本化学会春年会2014
  • 発表場所: 名古屋大学(口頭)
• [学会発表] トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究 : 反応特異性決定過程の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 日本化学会春年会2014
  • 発表場所: 名古屋大学(口頭)
• [学会発表] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 栢沼愛, 花岡恭平, 庄司光男
  • 学会等名: 日本化学会春年会2014
  • 発表場所: 名古屋大学(ポスター)
• [学会発表] 大規模QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態 (2014)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男,磯辺寛,山中秀介,沈建仁,山口兆
  • 学会等名: 日本化学会春年会 2014
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] トレオニン合成酵素の反応機構についての理論的研究: 反応特異性決定過程の解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男,氏家謙,田中弥,栢沼愛,梅田宏明,町田康博,村川武志,林秀行
  • 学会等名: 日本化学会春年会 2014
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] QM/MM法による光合成酸素発生中心S 1状態の電子状態解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男
  • 学会等名: 第2回公開シンポジウム人工光合成特別セッション
  • 発表場所: 立命館大学(口頭)
  • 年月日: 2013-10-28
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical investigation on the absorption spectrum of photosystem as a biomarker of extrasolar plants (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Taguchi, Y. Komatsu, A. Sato, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, K. Yabana, and M. Umemura
  • 学会等名: ISTCP-8
  • 発表場所: Budapest, Hungary(poster)
  • 年月日: 2013-08-25
• [学会発表] Theoretical Investigation on the Substrate Specificity of Uridine-cytidine Kinase (2013)
  • 著者名/発表者名: W. Tanaka, Y. Ujiie, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, F. Tomoike, S. Kuramitsu, K. Shiraishi
  • 学会等名: ISTCP-8
  • 発表場所: Budapest, Hungary(poster)
  • 年月日: 2013-08-25
• [学会発表] Molecular dynamics study on the substrate binding free energy of Threonine Synthase (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Ujiie, W. Tanaka, K. Hanaoka, M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, T. Ishida, K. Shiraishi, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • 学会等名: ISTCP-8
  • 発表場所: Budapest, Hungary(poster)
  • 年月日: 2013-08-25
• [学会発表] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
  • 学会等名: The 16th International Congress on Photosynthesis Research
  • 発表場所: St. Louis(MO)(Poster)
  • 年月日: 2013-08-11
• [学会発表] Theoretical investigation on the electronic structures of photosystem II oxygen evolving complex at the S2 state (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • 学会等名: 1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
  • 発表場所: (Oral)
  • 年月日: 2013-06-16
  • 招待講演
• [学会発表] The energy transfer simulation for detecting photosynthetic biosignatures on extrasolar planets (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Komatsu, M. Umemura, M. Shoji, K. Yabana, K. Shiraishi, K. Kamiya, M. Kayanuma, A. Sato
  • 学会等名: 1st Awaji International Workshop on"Electron Spin Science & Technology : Biological and Materials Science Oriented Applications"(1st AWEST2013)
  • 発表場所: (poster)
  • 年月日: 2013-06-16
• [学会発表] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の基質結合自由エネルギー計算 (2013)
  • 著者名/発表者名: 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 鳥取(ポスター)
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] ウリジンシチジンキナーゼの特異的基質認識機構の理論的解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 友池史明, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 倉光成紀, 白石賢二
  • 学会等名: 蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 鳥取(ポスター)
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] QM/MM法によるHITスーパーファミリー酵素の触媒機構の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 鳥取(ポスター)
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 鳥取(口頭(若手奨励賞候補)+ポスター)
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, M. Kayanuma, H. Umeda,Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • 学会等名: BIT's 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis 2013 (SEB-2013)
  • 発表場所: Nanjing, Chaina(oral)
  • 年月日: 2013-04-26
  • 招待講演
• [学会発表] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応経路についての理論的検証 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 氏家謙, 田中弥, 栢沼愛, 梅田宏明, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 東北大学(口頭)
  • 年月日: 2013-03-26
• [学会発表] 光化学系IIアンテナ部の光捕集機構についての量子化学的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 第93回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学(口頭)
  • 年月日: 2013-03-22
• [学会発表] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 栢沼愛, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 庄司光男
  • 学会等名: 第93回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学(ポスター)
  • 年月日: 2013-03-22
• [学会発表] QM/MM法による光合成酸素発生中心のS2中間体の電子状態についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 磯部寛, 山中秀介, 山口兆, 沈建仁
  • 学会等名: 第93回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学(ポスター)
  • 年月日: 2013-03-22
• [学会発表] 生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 2013年日本天文学会春季年会
  • 発表場所: 埼玉大学(ポスター)
  • 年月日: 2013-03-20
• [学会発表] 系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
  • 学会等名: 2013年日本天文学会春季年会
  • 発表場所: 埼玉大学(口頭)
  • 年月日: 2013-03-20
• [学会発表] A QM/MM study on the S2 spin state of the oxygen-evolving complex (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • 学会等名: 第5回OCARINAシンポジウム
  • 発表場所: 大阪市立大学(oral)
  • 年月日: 2013-03-05
  • 招待講演
• [学会発表] ビタミンD受容体におけるコンフォメーションアンサンブル : 分子動力学法による解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 白石賢二
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸(ポスター)
• [学会発表] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都(Oral)
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical Study on Catalytic Mechanism of Nitrile Hydratase (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Kayanuma, K.Hanaoka, M.Shoji
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都(Poster)
• [学会発表] Theoretical elucidation on the reaction control mechanism in Threonine Synthase (2013)
  • 著者名/発表者名: M.Shoji, K.Hanaoka, Y.Ujiie, W.Tanaka, M.Kayanuma , H.Umeda, Y.Machida, T.Murakawa, H.Hayashi
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都(Poster)
• [学会発表] ビタミンD受容体のコンフォメーションアンサンブルと細胞応答 (2013)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜(口頭+ポスター)
• [学会発表] 分子動力学法によるトレオニン合成酵素の反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜(ポスター)
• [学会発表] トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 氏家謙, 田中弥, 花岡恭平, 梅田宏明, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 町田康博, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜(口頭+ポスター)
• [学会発表] ウリジンシチジンキナーゼ(ttCK)の基質認識機構についての分子動力学解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田中弥, 氏家謙, 花岡恭平, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 友池史明, 倉光成紀, 白石賢二
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会
  • 発表場所: 横浜(ポスター)
• [学会発表] 太陽系外惑星バイオマーカー検出に向けた光捕集機構のエネルギー転移計算 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允
  • 学会等名: Japan Geoscience Union Meeting 2013
  • 発表場所: (口頭)
• [学会発表] 系外惑星のバイオマーカーのための光合成光吸収についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二, 矢花一浩, 梅村雅之
  • 学会等名: Japan Geoscience Union Meeting 2013
  • 発表場所: (口頭)
• [学会発表] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • 学会等名: Sanibel Symposium
  • 発表場所: Florida(poster)
• [学会発表] 時間依存密度汎関数法に基づく光合成アンテナ部の吸収スペクトルの研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: Supercomputer workshop 2013
  • 発表場所: 分子科学研究所
• [学会発表] QM/MM法を用いたII型DNAトポイソメラーゼによるDNA再結合反応の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: Supercomputer workshop 2013
  • 発表場所: 分子科学研究所
• [学会発表] GlnやAsnを多く含むミスフォールドしたタンパク質の構造安定化機構に関する理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • 学会等名: Supercomputer workshop 2013
  • 発表場所: 分子科学研究所
• [学会発表] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: Supercomputer workshop 2013
  • 発表場所: 分子科学研究所
• [学会発表] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都国際会議場
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical elucidation on the reaction control mechanism in Threonine Synthase (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Yuzuru Ujiie, Wataru Tanaka, Megumi Kayanuma , Hiroaki Umeda, Yasuhiro Machida, Takeshi Murakawa, Hideyuki Hayashi
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 京都国際会議場
• [学会発表] QM/MM 法による光合成酸素発生中心 S 1状態の電子状態解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男
  • 学会等名: 第2回公開シンポジウム人工光合成特別セッション
  • 発表場所: 立命館大学
  • 招待講演
• [学会発表] トレオニン合成酵素における反応特異性についての理論的解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司 光男, 氏家 謙, 田中 弥, 花岡 恭平, 梅田 梅田, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二, 町田 康博, 村川 武志, 林 秀行
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] Theoretical investigation on the absorption spectrum of photosystem as a biomarker of extrasolar plants (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Taguchi, Y. Komatsu, A. Sato, ○M. Shoji, M. Kayanuma, K. Kamiya, K. Shiraishi, K. Yabana, and M. Umemura
  • 学会等名: ISTCP-8
  • 発表場所: Budapest, Hungary
• [学会発表] QM/MM study on the photosystem II oxygen evolving complex at the S1 state (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N Kamiya, J.-R. Shen, and K. Yamaguchi
  • 学会等名: The 16th International Congress on Photosynthesis Research
  • 発表場所: St. Louis, USA
• [学会発表] A QM/MM study on the reverse reaction of Threonine Synthase (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, Y. Ujiie, W. Tanaka, M. Kayanuma, H. Umeda, Y. Machida, T. Murakawa, H. Hayashi
  • 学会等名: BIT’s 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis-2013
  • 発表場所: Nanjing（中国）
  • 招待講演
• [学会発表] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応経路についての理論的検証 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司 光男、花岡 恭平、氏家 謙、田中 弥、栢沼 愛、梅田 宏明、町田 康博、村川 武志、林 秀行
  • 学会等名: 日本農芸化学会
  • 発表場所: 東北大学
• [学会発表] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • 学会等名: 第９３回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学
• [学会発表] ニトリルヒドラターゼの触媒機構に関する理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 栢沼 愛・花岡 恭平・近藤 大生・田口 真彦・庄司 光男
  • 学会等名: 第９３回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学
• [学会発表] QM/MM法による光合成酸素発生中心のＳ２中間体の電子状態についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 庄司 光男・磯部 寛・山中 秀介・山口 兆・沈 建仁
  • 学会等名: 第９３回日本化学会春季年会
  • 発表場所: 立命館大学
• [学会発表] 生命指標となりうる光合成の光吸収スペクトル帰属についての理論的研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦、小松勇、佐藤皓允、蘇垠成、庄司光男、栢沼愛、神谷克政梅村雅之、矢花一浩、白 石賢二
  • 学会等名: ２０１３年日本天文学会春季年会
  • 発表場所: 埼玉大学
• [学会発表] 系外惑星バイオマーカー検出を目指した光合成機構のエネルギー移動計算 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成、
  • 学会等名: ２０１３年日本天文学会春季年会
  • 発表場所: 埼玉大学
• [学会発表] A QM/MM study on the S2 spin state of the oxygen-evolving complex (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, H. Isobe, S. Yamanaka, N. Kamiya, J.-R. Shen, K. Yamaguchi
  • 学会等名: 第５回 OCARINA シンポジウム
  • 発表場所: 大阪市立大学
  • 招待講演
• [学会発表] A QM/MM study of nitric oxide reductase-catalyzed N2O formation, (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Shoji, K. Hanaoka, D. Kondo, H. Umeda, K. Kamiya, K. Shiraishi
  • 学会等名: Sanibel Symposium
  • 発表場所: Florida（アメリカ合衆国）
• [学会発表] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-16
• [学会発表] アゴニスト結合型ビタミンD受容体の溶液中のダイナミクスと活性制御機構 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-16
• [学会発表] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の理論的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合(野間)繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-16
• [学会発表] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応機構についての理論的解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 梅田宏明, 鴨志田良和, 神谷克政, 白石賢二, 村川武志, 林秀行
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-16
• [学会発表] アゴニスト結合型ビタミンD受容体のマイナーコンフォメーション (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, 田口真彦, 栢沼愛, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるアンテナ部の光捕集機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第3回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • 年月日: 2012-11-29
• [学会発表] QM/MM法によるII型DNAトポイソメラーゼのDNA再結合反応の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 庄司光男, 近藤大生, ヤンムンヨン, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第3回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • 年月日: 2012-11-29
• [学会発表] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の計算科学的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 近藤大生, 花岡恭平, 田口真彦, 神谷克政, 庄司光男, 河合-野間繁子, 田口英樹, 白石賢二
  • 学会等名: 第3回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • 年月日: 2012-11-29
• [学会発表] 光合成アンテナ部の光捕集機構についての理論的研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 第3回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点(ポスター)
  • 年月日: 2012-11-29
• [学会発表] Ground spin state of the oxygen-evolving complex at the S2 state (2012)
  • 著者名/発表者名: M.Shoji, H.Isobe, S.Yamanaka, K. Yamaguchi, J.-R.Shen
  • 学会等名: Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
  • 発表場所: Okayama(poster)
  • 年月日: 2012-10-22
• [学会発表] QM/MM simulation revealed a substrate mediated proton relay mechanism in DNA religation reaction catalyzed by Type II DNA topoisomerase (2012)
  • 著者名/発表者名: K.Hanaoka, M.Shoji, D.Kondo, A.Sato, M.-Y.Yang, K.Kamiya, K.Shiraishi
  • 学会等名: CCP2012
  • 発表場所: Kobe(poster)
  • 年月日: 2012-10-13
• [学会発表] QM/MM法による同化型亜硝酸還元酵素の反応機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, M.Kayanuma, K.Kamiya, K.Shiraishi, S.Nakano, K.Katayanagi
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名大
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] II型DNAトポイソメラーセによるDNA再結合反応に対する基質を介するプロトンリレー機構 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第6回バイオ関連化学合同シンポジウム
  • 発表場所: 北大
  • 年月日: 2012-09-06
• [学会発表] (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤皓允, 田口真彦, 庄司光男
  • 学会等名: 第7回夏の学校宇宙ライフサイエンス若手の会
  • 発表場所: (ポスター発表)
  • 年月日: 2012-08-25
• [学会発表] 酵母DNAトポイソメラーゼIIにおけるDNA再結合反応の理論的解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平, 近藤大生, 庄司光男, 梁文榮, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] 一酸化窒素還元酵素(NOR)におけるN2O生成酵素についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男, 花岡恭平, 近藤大生, 梁文榮, 梅田宏明, 神谷克政, 白石賢二
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(ポスター)
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] Theoretical Investigation of a Mechanism of Chirality Induction for Amino Acids in the Early Solar System (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤, 庄司, 神谷, 梅村, 矢花, 白石
  • 学会等名: 日本地球惑星科学連合大会
  • 発表場所: (口頭)
  • 年月日: 2012-05-24
• [学会発表] 系外惑星における生命指標としての光合成色素についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦, 小松勇, 佐藤皓允, 蘇垠成, 庄司光男, 栢沼愛, 神谷克政, 梅村雅之, 矢花一浩, 白石賢二
  • 学会等名: 第5回アストロバイオロジーワークショップ
  • 発表場所: (口頭)
• [学会発表] 系外惑星のバイオマーカー検出に向けた光合成アンテナ機構の励起状態計算 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小松勇, 梅村雅之, 庄司光男, 矢花一浩, 白石賢二, 神谷克政, 栢沼愛, 田口真彦, 佐藤皓允, 蘇垠成
  • 学会等名: 第5回アストロバイオロジーワークショップ
  • 発表場所: (口頭)
• [学会発表] QM/MM study on the catalytic mechanism of nitrix oxide reductase (2012)
  • 著者名/発表者名: M.Shoji, K.Hanaoka, D.Kondo, H.Umeda, K.Kamiya, Y.Kitagawa, K.Shiraishi
  • 学会等名: 2012 ICQC - International Congress of Quantum Chemistry
  • 発表場所: Boulder, Colorado(poster)
• [学会発表] トレオニン合成酵素におけるリン酸脱離以降の反応機構についての理論的解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司 光男, 花岡 恭平, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 梅田 宏明, 鴨志田 良和, 神谷 克政, 白石 賢二, 村川 武志, 林 秀行,
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 光合成光捕集複合体IIにおける光励起状態についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] アゴニスト結合型ビタミンD受容体の溶液中のダイナミクスと活性制御機構 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡 恭平, 庄司 光男, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] Ｑ/Ｎに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の理論的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 近藤 大生, 花岡 恭平, 田口 真彦, 神谷 克政, 庄司 光男, 河合（野間） 繁子, 田口 英樹, 白石 賢二
  • 学会等名: 第85回日本生化学会大会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 光合成光化学系IIにおけるアンテナ部の光捕集機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口 真彦, 小松 勇, 佐藤 皓允, 蘇 垠成, 庄司 光男, 栢沼 愛, 神谷 克政, 梅村 雅之, 矢花 一浩, 白石 賢二
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] アゴニスト結合型ビタミンD受容体のマイナーコンフォメーション (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡 恭平, 庄司 光男, 近藤 大生, 田口 真彦, 栢沼 愛, 神谷 克政, 白石 賢二
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 一酸化窒素還元酵素におけるN2O生成機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男、花岡恭平、近藤大生、梅田宏明、神谷克政、白石賢二
  • 学会等名: 第３回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点
• [学会発表] QM/MM法によるII型DNAトポイソメラーゼのDNA再結合反応の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平、庄司光男、近藤大生、ヤンムンヨン、神谷克政、白石賢二
  • 学会等名: 第３回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点
• [学会発表] Q/Nに富んだペプチドがつくるアミロイド線維の構造安定化機構の計算科学的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 近藤大生、花岡恭平、田口真彦、神谷克政、庄司光男、河合-野間繁子、田口英樹、白石賢二
  • 学会等名: 第３回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点
• [学会発表] 光合成アンテナ部の光捕集機構についての理論的研究とそれを用いた系外惑星における生命指標検出に向けての検討 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田口真彦、小松勇、佐藤皓允、蘇垠成、庄司光男、栢沼愛、神谷克政、梅村雅之、矢花一浩、白石賢二
  • 学会等名: 第３回協定講座シンポジウム
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点
• [学会発表] Ground spin state of the oxygen-evolving complex at the S2 state (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Shusuke Yamanaka, Kizashi Yamaguchi, Jian-Ren Shen
  • 学会等名: Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
  • 発表場所: Okayama University
• [学会発表] QM/MM 法による同化型亜硝酸還元酵素の反応機構についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Daiki Kondo, Hiroaki Umeda, Megumi Kayanuma, Katsumasa Kamiya, Kenji Shiraishi, Shogo Nakano, Katsuo Katayanagi
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] 一酸化窒素還元酵素(NOR)におけるN2O生成酵素についての理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 庄司光男、花岡恭平、近藤大生、梁 文榮、梅田宏明、神谷克政、白石賢二
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
• [学会発表] 酵母DNAトポイソメラーゼ II における DNA 再結合反応の理論的解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 花岡恭平、近藤大生、庄司光男、梁文榮、神谷克政、白石賢二
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
• [学会発表] QM/MM study on the catalytic mechanism of nitrix oxide reductase (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji, Kyohei Hanaoka, Daiki Kondo, Hiroaki Umeda, Katsumasa Kamiya, YasutakaKitagawa, Kenji Shiraishi
  • 学会等名: International Congress of Quantum Chemistry
  • 発表場所: Boulder, Colorado（アメリカ合衆国）
• [学会発表] QM/MM法による光合成酸素発生中心の電子状態と構造
  • 著者名/発表者名: 庄司光男
  • 学会等名: 異分野融合による新材料開発のための計算科学
  • 発表場所: 独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構(RIKEN AICS)
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical investigation on the electronic structures of photosystem II oxygen evolving complex at the S2 state
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji
  • 学会等名: 1st Awaji International Workshop on “Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications”
  • 発表場所: awaji Yumebutai, Hyogo, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] トレオニン合成酵素における反応特異性決定過程の理論解明
  • 著者名/発表者名: 庄司光男
  • 学会等名: 蛋白質科学会年会
  • 発表場所: とりぎん文化会館（鳥取市）
  • 招待講演
• [学会発表] A QM/MM study on the reverse reaction of Threonine Synthase
  • 著者名/発表者名: Mitsuo Shoji
  • 学会等名: BIT’s 4th Symposium on Enzymes and Biocatalysis 2013
  • 発表場所: Nanjing, Chaina
  • 招待講演
• [備考]
  • URL: http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html
• [備考] プレスリリース
  • URL: https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/pr/media/threonine_140314
• [備考] プレスリリース
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/wordpress/uploads/2014/03/press_140314.pdf
• [備考] 研究内容紹介
  • URL: http://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html
• [備考] プレスリリース1
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/pr/media/threonine_140314
• [備考] プレスリリース2
  • URL: http://www.ccs.tsukuba.ac.jp/wordpress/uploads/2014/03/press_140314.pdf