• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

新生RNAの合理的な構造遷移速度制御に基づく細胞内におけるRNAスイッチの機能化

研究課題

研究課題/領域番号 24750167
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生体関連化学
研究機関甲南大学

研究代表者

遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 講師 (90550236)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2013年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード転写共役構造形成 / RNA / 構造変化 / リボスイッチ / 準安定構造 / 最安定構造 / 低分子リガンド / 転写共役RNA構造形成 / 転写反応 / SELEX / 新生RNA構造形成
研究概要

本研究では、新生RNAの準安定構造から最安定構造への構造推移速度を調節することにより、RNA構造スイッチとして効率的に機能化させることを目的に研究を行った。
バイオセンサーへの応用を念頭に、特定の低分子化合物に応答するRNA構造スイッチを設計した。構築したRNAを転写伸長反応と共役させることにより、標的分子を濃度依存的に検出することに成功した。また、遺伝子発現の調節を念頭に、準安定な二次構造から最安定な四重鎖構造への構造遷移速度が異なるRNA配列を設計した。これらの配列を有するレポーター遺伝子を細胞内で発現させることにより、構造遷移速度の違いによる遺伝子発現調節が可能であることを示した。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (10件) 図書 (2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Aptamer-based universal fluorometric sensors based on allosteric modulation of RNA-peptide interactions2014

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      ChemMedChem

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unusual-1 ribosomal frameshift cused by statble RNA G-quadruplex in open reading frame2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Anal. Chem.

      巻: 85 号: 23 ページ: 11435-11439

    • DOI

      10.1021/ac402497x

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Translational halt during elongation caused by G-quadruplex formed by mRNA2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, Y. Kawasaki, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 64 号: 1 ページ: 73-78

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2013.05.026

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stability of RNA quadruplex in open reading frame determines proteolysis of human estrogen receptor α2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, Y. Kawasaki, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 41 号: 12 ページ: 6222-6231

    • DOI

      10.1093/nar/gkt286

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNAとタンパク質で発光する分子センサーの開発2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 雑誌名

      工業材料(日刊工業新聞社)

      巻: 61, 12 ページ: 22-25

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Suppression of gene expression by G-quadruplexes in open reading frames depends on G-quadruplex stability2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, Y. Kawasaki, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 52 号: 21 ページ: 5522-5526

    • DOI

      10.1002/anie.201300058

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selection of RNAs for constructing “Lighting-UP” biomolecular switches in response to specific small molecules2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8(3) 号: 3 ページ: e60222-e60222

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0060222

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] [開発事例]「RNAとタンパク質で発光する分子センサーの開発」2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 雑誌名

      工業材料

      巻: 61 (12) ページ: 22-25

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [雑誌論文] Dehydration from conserved stem regions is fundamental for ligand-dependent conformational transition of the adenine-specific riboswitch2012

    • 著者名/発表者名
      V. Kumar, T. Endoh, K. Murakami and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 48 号: 78 ページ: 9669-9784

    • DOI

      10.1039/c2cc34506d

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(49)転写途中に形成される準安定なRNA二次構造によるRNA四重鎖構造を介した翻訳抑制への影響2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      愛知県、名古屋
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(49) 転写途中に形成される準安定なRNA二次構造によるRNA四重鎖構造を介した翻訳抑制への影響2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学 東山キャンパス (愛知県、名古屋市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of ribosomal frameshift by RNA interacting ligand in cells2013

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 40^<th> International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      神奈川県、横浜市
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 新生RNAの転写共役フォールディングを利用したRNA構造スイッチの設計2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      愛知県、名古屋市
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 翻訳領域中のRNA四重鎖による翻訳伸長反応の抑制とタンパク質分解挙動への影響2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、川崎悠、杉本直己
    • 学会等名
      第15回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛媛県、松山市
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 翻訳領域中のRNA四重鎖による翻訳伸長反応の抑制とタンパク質分解挙動への影響2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、川崎悠、杉本直己
    • 学会等名
      第15回 日本RNA学会年会
    • 発表場所
      県民文化会館 ひめぎんホール(愛媛県、松山市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 新生RNAの転写共役フォールディングを利用したRNA構造スイッチの設計2013

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス 豊田講堂・野依学術交流館 (愛知県、名古屋市)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of ribosomal frameshift by RNA interacting ligand in cells2013

    • 著者名/発表者名
      Endoh T., Sugimoto N.
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University, Building 16 (Celest Hall) (Yokohama, Kanagawa)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] RNAの構造変化および熱安定性予測に基づく蛍光・発光リボスイッチの設計2012

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      北海道、札幌市
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] RNAの構造変化および熱安定性予測に基づく蛍光・発光リボスイッチの設計2012

    • 著者名/発表者名
      遠藤 玉樹・杉本 直己
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学高等教育推進機構
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [図書] 細胞内核酸化学(CSJカレントレビューここまで進んだバイオセンシング・イメージング1分子から細胞,脳まで)2012

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己、化学同人
    • 総ページ数
      232
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [図書] 細胞内核酸化学 (CSJカレントレビュー ここまで進んだバイオセンシング・イメージング 1分子から細胞,脳まで)2012

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学 先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi