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メチル化CpGに結合するRNAの創出及び高感度メチル化CpG検出法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24760647
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関東京工科大学 (2013)
東京農工大学 (2012)

研究代表者

吉田 亘  東京工科大学, 応用生物学部, 助教 (10599806)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2013年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードアプタマー / in vitro selection / メチル化DNA / DNA methylation / Aptamer
研究概要

本研究ではメチル化DNAに結合するRNAアプタマーを同定するために、メチル化CpGとメチル化二本鎖DNAを標的分子としてアプタマーのスクリーニングを実施した。5ラウンドのスクリーニングを実施したところ、濃縮されたライブラリーは4種類の配列に収束した。そこで、同定したRNAを合成し、メチル化二本鎖DNAまたは非メチル化二本鎖DNAに結合するか検討したところ、同定したRNAは両DNAに解離定数10nM程度で結合した。今後同定されたアプタマーの特異性を改良することにより、メチル化DNA特異的なアプタマーの同定が期待でき、それを用いたメチル化DNA検出方法の開発が期待される。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2014 2013 2012

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (24件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Emerging techniques employed in aptamer-based diagnostic tests2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W, Abe K, Ikebukuro K
    • 雑誌名

      Expert Rev Mol Diagn

      巻: 14 号: 2 ページ: 143-151

    • DOI

      10.1586/14737159.2014.868307

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Automatic polymerase chain reaction product detection system for food safety monitoring using zinc finger protein fused to luciferase2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Kezuka A., Murakami Y., Lee J., Abe K., Motoki H., Matsuo T., Shimura N., Noda M., Igimi S., Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      Anal. Chim. Acta

      巻: 801 ページ: 78-83

    • DOI

      10.1016/j.aca.2013.08.019

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of histone modification by chromatin immunoprecipitation combined zinc finger luciferase-based bioluminescence resonance energy transfer assay2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Kezuka A., Abe K., Wakeda H., Nakabayashi K., Hata K., Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      Anal. Chem

      巻: 85 号: 13 ページ: 6485-6490

    • DOI

      10.1021/ac401036k

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Aptamer selection based on G4-forming promoter region2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Saito T., Yokoyama T., Ferri1 S., Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 8 号: 6 ページ: e65497-e65497

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0065497

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluorescent-Ligand-Mediated Screening of G-Quadruplex Structures Using a DNA Microarray2013

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Iida, Takahiro Nakamura, Wataru Yoshida, Masayuki Tera, Kazuhiko Nakabayashi, Kenichiro Hata, Kazunori Ikebukuro, Kazuo Nagasawa
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: vol.52 号: 46 ページ: 12052-12055

    • DOI

      10.1002/anie.201305366

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Optical Biosensing System Based on Interference-Enhanced Reflection with Aptameric Enzyme Subunits of Thrombin.2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Yamamoto H., Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      Anal. Lett.

      巻: 46 号: 2 ページ: 242-249

    • DOI

      10.1080/00032719.2012.718828

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid cytotoxicity screening platform for amyloid inhibitors using a membrane-potential sensitive fluorescent probe.2013

    • 著者名/発表者名
      Kim J., Sasaki Y., Yoshida W., Kobayashi N., Veloso A.J., Kerman K., Ikebukuro K., Sode K.
    • 雑誌名

      Anal Chem.

      巻: 85 号: 1 ページ: 185-192

    • DOI

      10.1021/ac302442q

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Affinity improvement of a VEGF binding aptamer by in silico maturation for a sensitive VEGF-detection system2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko Nonaka, Wataru Yoshida, Koichi Abe, Stefano Ferri, Holger Schulze, Till T, Bachmann, Kazunori Ikebukuro
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 85 号: 2 ページ: 1132-1137

    • DOI

      10.1021/ac303023d

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Partial Peptide of α-Synuclein Modified with Small-Molecule Inhibitors Specifically Inhibits Amyloid Fibrillation of α-Synuclein.2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Kobayashi N., Sasaki Y., Ikebukuro K. and Sode K.
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 14 号: 2 ページ: 2590-2600

    • DOI

      10.3390/ijms14022590

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a method to measure DNA methylation levels by using methyl CpG-binding protein and luciferase-fused zinc finger protein.2012

    • 著者名/発表者名
      Hiraoka D, Yoshida W, Abe K, Wakeda H, Hata K, Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      Anal Chem.

      巻: 84 号: 19 ページ: 8259-8264

    • DOI

      10.1021/ac3015774

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] コンピュータによるゲノム配列解析及び配列操作に基づいたアプタマーの探索と改良2014

    • 著者名/発表者名
      横山智美・吉田亘・齊藤大希・阿部公一・池袋一典
    • 学会等名
      日本化学会第94春期年会
    • 発表場所
      名古屋大学、愛知
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ヒトゲノム中のG-quadruplex構造形成配列に着目したアプタマーのin silico取得2014

    • 著者名/発表者名
      齊藤大希、横山智美、寺本健太郎、吉田亘、池袋一典
    • 学会等名
      電気化学会第81回大会
    • 発表場所
      関西大学、大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] APTAMERIC ENZYME SUBUNIT ~ APTAMERS REGULATING ENZYME ACTIVITY BY BINDING WITH SPECIFIC TARGET~2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida W., Sode K., Ikebukuro K.
    • 学会等名
      Enzyme Engineering XXII
    • 発表場所
      Toyama International Conference Center
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノム中のG-quadruplex形成配列情報に基づいたバイオマーカー結合アプタマーの探索2013

    • 著者名/発表者名
      吉田亘、横山智美、齊藤大希、池袋一典
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Aptamer selection based on genomic information; focusing on G-quadruplex forming sequence2013

    • 著者名/発表者名
      Taiki Saito, Wataru Yoshida, Tomomi Yokoyama, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      4th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids
    • 発表場所
      Nanyang Technological University, Singapore
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Identification of HGF and HBEGF aptamers by “G4 Promoter-derived Aptamer Selection (G4PAS)”2013

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Yokoyama, Wataru Yoshida, Taiki Saito, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      4th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids
    • 発表場所
      Nanyang Technological University, Singapore
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム中のG-quadruplex形成配列に着目したアプタマー探索法2013

    • 著者名/発表者名
      齊藤大希、吉田亘、横山智美、池袋一典
    • 学会等名
      第65回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      広島国際会議場、広島
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] APTAMERIC ENZYME SUBUNIT ~ APTAMERS REGULATING ENZYME ACTIVITY BY BINDING WITH SPECIFIC TARGET~2013

    • 著者名/発表者名
      Wataru Yoshida, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      Enzyme Engineering XXII
    • 発表場所
      Toyama International Conference Center, Toyama
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] In silico 配列解析及び操作によるアプタマーの探索と改良2013

    • 著者名/発表者名
      横山智美・吉田亘・齊藤大希・池袋一典
    • 学会等名
      バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学、愛知
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Aptamer selection based on putative G-quadruplex sequence in genome2013

    • 著者名/発表者名
      Taiki Saito, Wataru Yoshida, Tomomi Yokoyama, Kentaro Teramoto, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University, Kanagawa
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Screening and Improvement of DNA Aptamers against Hepatocyte Growth Factor by in silico Approaches2013

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Yokoyama, Wataru Yoshida, Taiki Saito, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University, Kanagawa
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ヒトゲノム情報からのアプタマーの探索 ~G-quadruplex構造形成配列に着目して~2013

    • 著者名/発表者名
      齊藤大希、吉田亘、横山智美、阿部公一、池袋一典
    • 学会等名
      バイオエレクトロニクス・バイオテクノロジー研究討論会
    • 発表場所
      東京農工大学、東京
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] CpGアイランドから見出されたグアニン四重鎖形成配列と低分子化合物の相互作用解析2013

    • 著者名/発表者名
      真島聡芸、飯田圭介、中村貴大、吉田亘、寺正行、池袋一典、長澤和夫
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会(2013)
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲノム中のG-quadruplex構造形成配列に着目したアプタマー探索法の開発2013

    • 著者名/発表者名
      齊藤大希、横山智美、吉田亘、池袋一典
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会(2013)
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 特異的蛍光リガンドとDNAマイクロアレイを基盤とした新規グアニン四重鎖形成配列の網羅的検出法の開発2013

    • 著者名/発表者名
      飯田圭介、中村貴大、吉田亘、横山智美、寺正行、中林一彦、清宮啓之、秦健一郎、池袋一典、長澤和夫
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会(2013)
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] GDH融合ジンクフィンガー蛋白質を用いた微生物ゲノムの電気化学的検出法の開発2013

    • 著者名/発表者名
      LEE Jinhee、毛塚麻希、巽敦郎、吉田亘、阿部公一、池袋一典
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会(2013)
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] ゲノム中のG-quadruplex形成配列情報に基づいたバイオマーカー結合アプタマーの探索2013

    • 著者名/発表者名
      吉田亘、横山智美、齊藤大希、池袋一典
    • 学会等名
      日本化学会第93春季年会(2013)
    • 発表場所
      立命館大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] アプタマーとペプチド核酸を用いた血管内皮細胞増殖因子の検出システムの開発2013

    • 著者名/発表者名
      三田千福、阿部公一、深谷剛弘、吉田亘、池袋一典
    • 学会等名
      2013年電気化学会第80回大会
    • 発表場所
      東北大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 微生物ゲノムDNAの電気化学的検出法に向けたGDH融合ジンクフィンガー蛋白質の開発2013

    • 著者名/発表者名
      李鎭熙、毛塚麻希、巽敦郎、阿部公一、吉田亘、池袋一典
    • 学会等名
      2013年電気化学会第80回大会
    • 発表場所
      東北大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] In silicoアプタマー探索法の開発2012

    • 著者名/発表者名
      吉田亘、齊藤大希、池袋一典
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] In silico アプタマー探索法の開発2012

    • 著者名/発表者名
      吉田亘、齊藤大希、池袋一典
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] アミロイドオリゴマー結合DNAアプタマーのオリゴマー結合特異性の解析2012

    • 著者名/発表者名
      塚越かおり、阿部公一、吉田亘、早出広司、池袋一典
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] VEGF結合アプタマーのin silico maturation2012

    • 著者名/発表者名
      野中芳彦、深谷剛弘、阿部公一、吉田亘、池袋一典
    • 学会等名
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] In silico selection of aptamer based on genomic information2012

    • 著者名/発表者名
      Taiki Saito, Wataru Yoshida, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 39th International Symposium onNucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [産業財産権] アプタマーの製造方法2012

    • 発明者名
      池袋一典、吉田亘
    • 権利者名
      国立大学法人東京農工大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2012-155095
    • 出願年月日
      2012-07-10
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実施状況報告書
  • [産業財産権] 四重らせんDNA検出プローブ及びそれを用いた四重らせん構造の検出方法2012

    • 発明者名
      長澤和夫、池袋一典、吉田亘、飯田圭介
    • 権利者名
      国立大学法人東京農工大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2012-191027
    • 出願年月日
      2012-08-31
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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