眼形態多様性を生み出す遺伝子発現ネットワークの分子進化

• 研究課題/領域番号: 24770002
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 長浜バイオ大学 (2013); 徳島大学 (2012)
• 研究代表者: 小倉 淳 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 准教授 (60465929)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2013年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2012年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
• キーワード: 眼 / 進化 / トランスクリプトーム / 眼の多様性 / 比較トランスクリプトーム / 次世代シーケンス

研究概要

動物の眼は脳神経系の末端組織として非常に重要でありながら、形態多様性を保持している。この眼の形態形成ネットワークに関する研究を、無脊椎動物の中で最も発達した脳神経系と眼を持ち、眼の形態形成を研究する上でよいモデルである頭足類を用いて行い、ヒメイカとオウムガイの眼に発現する遺伝子発現ネットワークをRNA-seqにより解析した。まず、レンズがないピンホール眼をもつオウムガイではSix3/6パスウェイが欠落しており、その結果レンズを失ったことがわかった。また、頭足類では眼のマスターコントロール遺伝子であるPax6に脊椎動物と同様な選択的スプライシングが起こっていることを発見した。

研究成果

• [雑誌論文] Integrative omics analysis reveals differentially dist ibuted proteins in dimorphic euspermatozoa of the squid, Loligo bleekeri (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshida M., Yamada L , Ochi H., Iwata Y., Tamura-Nakano M., Sawada H., Sauer W.H.H., Ogura A., Hirohashi N.
  • 雑誌名: BBRC
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cephalopod eye evolution was modulated by the acquisition of Pax-6 splicing variants (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshida M., Yura K., Ogura A.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 4 ページ: 4256-4256
• [雑誌論文] The complete mitochondrial genome of the pygmy squid, Idiosepius (Cephalopoda : Decapodiformes): the first representative from the family Idiosepiidae (2014)
  • 著者名/発表者名: Hall NE., Hanzak J., Allcock AL., Cooke IR., Ogura A., Strugnell JM.
  • 雑誌名: Mitochondrial DNA ページ: 1940-1736
• [雑誌論文] Cephalopod eye evolution was modulated by the acquisition of Pax-6 splicing variants (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshida MA, Yura K, Ogura A.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 4 号: 1 ページ: 4256-4256
  • DOI: 10.1038/srep04256
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptome analysis of Nautilus and pygmy squid developing eye provides insights in lens and eye evolution (2013)
  • 著者名/発表者名: Sousounis K, Ogura A., Tsonis PA
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 8(10)
• [雑誌論文] Loss of the six3/6 controlling pathways might have resulted in pinhole-eye evolution in Nautilus (2013)
  • 著者名/発表者名: Ogura A., Yoshida M., Moritaki T., Okuda Y., Sese J., Shimizu KK., Sousounis K., Tsonis PA.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 3 ページ: 1432-1432
• [雑誌論文] Comparison of Gene Expression Profile of Epiretinal Membranes Obtained from Eyes with Proliferative Vitreoretinopathy to That of Secondary Epiretinal Membranes (2013)
  • 著者名/発表者名: Asato R., Yoshida S., Ogura A., Nakama T., Ishikawa K., Nakao S., Sassa Y., Enaida H., Oshima Y., Ikeo K., Gojobori T., Kono T., Ishibashi T.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 8(1)
  • NAID: 120005227330
• [雑誌論文] Transcriptome analysis of Nautilus and pygmy squid developing eye provides insights in lens and eye evolution (2013)
  • 著者名/発表者名: Sousounis K, *Ogura A., *Tsonis PA.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(10) 号: 10 ページ: e78054-e78054
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0078054
  • 査読あり
• [雑誌論文] The complete mitochondrial genome of the pygmy squid, Idiosepius (Cephalopoda: Decapodiformes): the first representative from the family Idiosepiidae (2013)
  • 著者名/発表者名: Hall NE., Hanzak J., Allcock AL., Cooke IR., Ogura A., *Strugnell JM.
  • 雑誌名: Mitochondrial DNA 巻: 1940 号: 1 ページ: 1736-1736
  • DOI: 10.3109/19401736.2013.865180
  • 査読あり
• [雑誌論文] Loss of the six3/6 controlling pathways might have resulted in pinhole-eye evolution in Nautilus (2013)
  • 著者名/発表者名: Ogura A, et al.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 3 号: 1 ページ: 1432-1432
  • DOI: 10.1038/srep01432
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic Measurement of Missmatch Effect for Designing Inter-Species Microarray (2012)
  • 著者名/発表者名: Fukuzaki M., Yoshida M., Ogura A., Sese J.
  • 雑誌名: BIBM 2012 ページ: 478-481
• [雑誌論文] Cephalopod Genomics : A Plan of Strategies and Organization (2012)
  • 著者名/発表者名: Albertin CB, Bonnaud L, Brown CT, Crookes-Goodson WJ, da Fonseca RR, Cristo CD, Dilkes BP, Edsinger-Gonzales E, Freeman RJ, Hanlon RT, Koenig KM, Lindgren AR, Martindale MQ, Minx P, Moroz LL, Nödl MT, Nyholm SV, Ogura A., Pungor JR, Rosenthal JJC, Schwarz EM, Shigeno S, Strugnell JM, Wollesen T, Zhang G, Ragsdale CW
  • 雑誌名: Stand. Genomic Sci. 巻: 7
• [雑誌論文] Cephalopod Genomics: A Plan of Strategies and Organization (2012)
  • 著者名/発表者名: Albertin CB., et al.
  • 雑誌名: Stand. Genomic Sci. 巻: 7 号: 1 ページ: 175-188
  • DOI: 10.4056/sigs.3136559
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic Measurement of Missmatch Effect for Designing Inter-Species Microarray (2012)
  • 著者名/発表者名: Fukuzaki M., et al.
  • 雑誌名: BIBM 2012 巻: 2012 ページ: 478-481
  • DOI: 10.1109/bibm.2012.6392729
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparison of Gene Expression Profile of Epiretinal Membranes Obtained from Eyes with Proliferative Vitreoretinopathy to That of Secondary Epiretinal Membranes (2012)
  • 著者名/発表者名: Asato R., et al.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 8 (1) 号: 2 ページ: 157-165
  • DOI: 10.1016/j.exer.2004.03.004
  • 査読あり
• [学会発表] 比較ゲノム・トランスクリプトーム研究から迫る眼多様化メカニズム (2014)
  • 著者名/発表者名: 小倉淳
  • 学会等名: 遺伝研研究集会-ゲノム編集時代の分子進化
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所
  • 年月日: 2014-06-28
• [学会発表] 次世代シーケンス解析に基づく生物の多様性と進化メカニズムの研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小倉淳
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2014-03-31
• [学会発表] Evolutionary Genomics of Cephalopods (2014)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 学会等名: PAG XXII
  • 発表場所: Sad Diego, USA
  • 年月日: 2014-01-17
• [学会発表] Novel role of PERK-regulated non-coding RNAs in the unfolded protein response revealed by comprehensive gene expression analysis (2013)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 学会等名: The 24th CDB meeting
  • 発表場所: Kobe, Japan
  • 年月日: 2013-06-13
• [学会発表] Comparative Transcriptomics for Eye Diversification of Cephalopod : Evolution of Camera eye and Pinhole eye (2012)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 学会等名: Society for Molecular Biology and Evolution 2012
  • 発表場所: Ireland, Dublin
  • 年月日: 2012-06-12
• [学会発表] オウムガイおよびイカ胚の比較RNAseqに見る頭足類カメラ眼の進化メカニズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田真明, 小倉淳
  • 学会等名: NGS現場の会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2012-05-24
• [学会発表] Genomes of Cephalopods (2012)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 学会等名: NESCent meeting "Path to CephalopodGenomics"
  • 発表場所: Durham, USA
  • 年月日: 2012-05-22
• [学会発表] Evolutionary Genomics of Cephalopods
  • 著者名/発表者名: Ogura A.
  • 学会等名: PAG XXII
  • 発表場所: San Diego
• [学会発表] 次世代 シーケンス解析に基づく生物の多様性と進化メカニズムの研究
  • 著者名/発表者名: 小倉淳
  • 学会等名: 非モデル生物のための次世代シーケンサー活用術
  • 発表場所: 札幌
  • 招待講演
• [学会発表] Genomes of Cephalopods
  • 著者名/発表者名: Ogura A.
  • 学会等名: NESCent meeting
  • 発表場所: Duke University (USA)
  • 招待講演
• [学会発表] Cyclops phenocopy in squids indicates common and diverged mechanisms of eye field determination
  • 著者名/発表者名: Yoshida M., Gojobori T.,Ogura A.
  • 学会等名: Euro Evo Devo
  • 発表場所: Risbon University (Portugal)
• [学会発表] Comparative Transcriptomics for Eye Diversification of Cephalopod: Evolution of Camera eye and Pinhole eye
  • 著者名/発表者名: Ogura A.
  • 学会等名: SMBE
  • 発表場所: Dublin Convention Centre (Ireland)
• [図書] Metatranscriptome"Genome Analysis : Current Procedures and Applications (2014)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 出版者: Horizon press (ISBN : 978-1-908230-29-4)
• [図書] Genome Analysis: Current Procedures and Applications (2014)
  • 著者名/発表者名: Ogura A
  • 総ページ数: 374
  • 出版者: Horizon press
• [図書] 頭足類の比較ゲノムプラットフォームの展望, 比較生理生化学会誌 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小倉淳
• [図書] 頭足類の比較ゲノムプラットフォームの展望 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小倉淳
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 比較生理生化学会