| 研究課題/領域番号 |
24770015
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生態・環境
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| 研究機関 | 東京工業大学 |
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研究代表者 |
森 宙史 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40610837)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2014年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2014年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2013年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | 細菌群集 / 代謝 / メタゲノム / バイオインフォマティクス / 生態 |
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| 研究成果の概要 |
芳香族化合物を添加した土壌の細菌群集について時系列でメタゲノム解析を行ったデータを独自の解析手法で解析することで、芳香族化合物の分解に伴いどのような系統および遺伝子が、互いに相関して時系列で群集中における頻度が変動するのかの概要を記述することが出来た。
また、様々な遺伝子の配列が混ざったメタゲノム配列データ中から高精度な系統組成推定を行う際に利用可能な、16S rRNA遺伝子配列のみを抽出して系統推定を行い、そのサンプルの系統組成を推定すると共にサンプル間での系統組成の類似性や各サンプルで特徴的な系統を抽出することが可能なツールVITCOMIC2を開発した。
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