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核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて:相同遺伝子選定パイプラインの構築

研究課題

研究課題/領域番号 24770070
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物多様性・分類
研究機関沖縄科学技術大学院大学 (2013-2015)
東京大学 (2012)

研究代表者

井上 潤  沖縄科学技術大学院大学, Mathematical Biology, スタッフサイエンティスト (10596779)

研究協力者 西田 睦  琉球大学, 理事 (90136896)
塚本 勝巳  日本大学, 海洋生物資源科学科, 教授 (10090474)
シンクレア ロバート  沖縄科学技術大学院大学, Mathematical Biology, 准教授 (50423744)
佐藤 行人  東北大学, 東北メディカルメガバンク機構, 助教 (20566418)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2013年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード全ゲノム重複 / 真骨魚類 / 分子系統 / 真骨類
研究成果の概要

本研究では,条鰭魚類の系統関係を推定するのに適した遺伝子配列を,膨大なゲノムデータから選び出す解析パイプラインを構築した.パイプラインの作成は,洗練された分子系統解析の手法を組み合わせて,脊椎動物 15 種の全タンパク質遺伝子配列を解析することで達成した.種間でゲノム構造を比較したところ,条鰭魚類の中心をなす真骨魚類のゲノムは,進化の初期に生じた全ゲノム重複の直後に共通した構造をすでに形成していたと推察された.

報告書

(5件)
  • 2015 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2014 実施状況報告書
  • 2013 実施状況報告書
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2015 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling2015

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J., Sato, Y., Sinclair, R., Tsukamoto, T., and Nishida, M.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 112 号: 48 ページ: 14918-14923

    • DOI

      10.1073/pnas.1507669112

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Identification of phylogenetic marker gene considering whole genome duplication and species tree2015

    • 著者名/発表者名
      Inoue J., Sato, Y., Sinclair, R., Nishida, M.
    • 学会等名
      Introduction to the analysis of molecular evolution in the genomic era.
    • 発表場所
      Fudan University, Shanghai
    • 年月日
      2015-11-06
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 全ゲノム重複と種の系統樹を考慮した系統解析マーカ遺伝子の選定2015

    • 著者名/発表者名
      井上 潤,佐藤 行人,シンクレア ロバート,塚本 勝巳,西田 睦
    • 学会等名
      日本進化学会年会
    • 発表場所
      中央大学,東京
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Selecting molecular markers from transcriptome data for fish phylogenetics.2014

    • 著者名/発表者名
      Inoue J., Sato, Y., Sinclair, R., Nishida, M.
    • 学会等名
      Workshop on Methods for Biodiversity Research,
    • 発表場所
      Fudan Univ., Shanghai
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 脊椎動物 3 億年のゲノム進化:ゲノム重複に由来する遺伝子の保持と進化に寄与した自然選択項の検出.2013

    • 著者名/発表者名
      井上 潤,佐藤 行人,西田 睦.
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 発表場所
      筑波大学
    • 関連する報告書
      2013 実施状況報告書
  • [学会発表] 真骨魚類ゲノムの進化特性: トランスクリプトーム相同遺伝子データベースの構築.2012

    • 著者名/発表者名
      井上 潤
    • 学会等名
      日本進化学会年会
    • 発表場所
      首都大学東京
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [備考] FishOrthoDB

    • URL

      http://fish-evol.unit.oist.jp/cgi-bin/TGD.cgi

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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