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好熱性真核生物のゲノム情報を基盤とした小胞体関連分解装置の構造生物学研究

研究課題

研究課題/領域番号 24770102
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 構造生物化学
研究機関名古屋市立大学

研究代表者

佐藤 匡史  名古屋市立大学, 薬学研究科(研究院), 准教授 (80532100)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2013年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2012年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード好熱性真核生物 / 立体構造解析 / PDI / グルコシダーゼ / 構造生物学 / X線結晶構造解析 / NMR解析
研究概要

本研究は、小胞体において糖タンパク質の運命決定を下す小胞体品質管理マシーナリー(フォールディング装置、選別輸送装置、小胞体関連分解装置)の分子認識および作動機構の解明を目的とした。また、特徴となるアプローチは、真核生物の中で高い生育温度(約60°C)を持つ好熱カビのゲノム情報を活用することにある。本研究では、X線結晶構造解析によって、ジスルフィド結合の形成と異性化を触媒するプロテインジスルフィドイソメラーゼ(PDI)と糖タンパク質のプロセッシングに関わるグルコシダーゼIIの触媒ドメインの立体構造決定に初めて成功した。

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実施状況報告書
  • 研究成果

    (47件)

すべて 2014 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (39件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Structural Basis for Proteasome Formation Controlled by an Assembly Chaperone Nas22014

    • 著者名/発表者名
      Satoh T, Saeki Y, Hiromoto T, Wang YH, Uekusa Y, Yagi H, Yoshihara H, Yagi-Utsumi M, Mizushima T, Tanaka K, Kato K
    • 雑誌名

      Structure

      巻: (掲載確定) 号: 5 ページ: 731-743

    • DOI

      10.1016/j.str.2014.02.014

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ATPase activity and ATP-dependent conformational change in the co-chaperone HSP70/HSP90-organizing protein (HOP)2014

    • 著者名/発表者名
      S. Yamamoto, GP. Subedi, S. Hanashima, T. Satoh, M. Otaka, H. Wakui, K. Sawada, S. Yokota, Y. Yamaguchi, H. Kubota, H. Itoh
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: (in press)

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for disparate sugar-binding specificities in the homologous cargo receptors ERGIC-53 and VIP362014

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh, Kousuke Suzuki, Takumi Yamaguchi, and Koichi Kato
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 2 ページ: e87963-e87963

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0087963

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ATPase activity and ATP-dependent conformational change in the co-chaperone HOP.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto S, Subedi GP, Hanashima S, Satoh T, Otaka M, Wakui H, Sawada KI, Yokota SI, Yamaguchi Y, Kubota H, Itoh H.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 289 号: 14 ページ: 9880-9886

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.553255

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recognition of Bisecting N-Acetylglucosamine: Structural basis for asymmetric interaction with the mouse lectin dendritic cell inhibitory receptor 22013

    • 著者名/発表者名
      Masamichi Nagae
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 288 号: 47 ページ: 33598-33610

    • DOI

      10.1074/jbc.m113.513572

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An archaeal homolog of proteasome assembly factor functions as a proteasome activator2013

    • 著者名/発表者名
      K. Kumoi, T. Satoh, K. Murata, T. Hiromoto, T. Mizushima, Y. Kamiya, M. Noda, S. Uchiyama, H. Yagi, and K. Kato
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 3 ページ: e60294-e60294

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0060294

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular and structural basis for N-glycan-dependent determination of glycoprotein fates in cells2012

    • 著者名/発表者名
      Y.Kamiya, T.Satoh, K.Kato
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta-General Subjects

      巻: (in press) 号: 9 ページ: 1327-1337

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2011.12.017

    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] マンノース6 リン酸受容体相同ドメインを有するレクチンおよびタンパク質による糖鎖認識の分子構造基盤2012

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh
    • 雑誌名

      Trends in Glycoscience and Glycotechnology

      巻: 24 号: 139 ページ: 193-202

    • DOI

      10.4052/tigg.24.193

    • NAID

      10031146671

    • ISSN
      0915-7352, 1883-2113
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 小胞体糖タンパク質フォールディング装置を構成するタンパク質群の構造2014

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史,年森隆泰,Tong Zhu,村田和義,山口拓実,矢木真穂,加藤晃一
    • 学会等名
      生物学研究日本薬学会134年会
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2014-03-28
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural-architecture of the ER glycoprotein folding sensor UDP-glucose : glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)2014

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, T. Satoh, K. Murata, H. Kamikubo, T. Toshimori, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, and K. Kato
    • 学会等名
      2013年度生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2014-03-06
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 小胞体品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構の構造基盤2014

    • 著者名/発表者名
      年森隆泰,佐藤匡史,Tong Zhu,加藤晃一
    • 学会等名
      2013年度生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2014-03-06
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] プロテインジスルフィドイソメラーゼの機能発現におけるミクロ‐マクロ相関の探査2014

    • 著者名/発表者名
      稲垣宏弥,植草義徳,神谷由紀子,伊藤暁,奥村久士,佐藤匡史,加藤晃一
    • 学会等名
      2013年度生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2014-03-06
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The structural biology study on ER folding sensor UDP-glucose : glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)2013

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, K. Murata, T. Toshimori, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      Yonsei-IMS Seminars on Biomolecular Sciences : Protein Structure and Diseases
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 年月日
      2013-12-16
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Redox-dependent conformational changes of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase2013

    • 著者名/発表者名
      K. Inagaki, Y. Uekusa, Y. Kamiya, S. Itoh, H. Okumura, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • 発表場所
      伊良湖
    • 年月日
      2013-11-20
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Overall structure of ER folding sensor UDP-glucose : glycoprotein glucosyltransferase revealed by EM tomography2013

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, K. Murata, T. Toshimori, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • 発表場所
      伊良湖
    • 年月日
      2013-11-20
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] EM tomography analysis of ER folding sensor enzyme UDP-glucose : glycoprotein glucosyltransferase2013

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, K. Murata, T. Toshimori, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      平成25年度生理学研究所研究会「電子顕微鏡機能イメージングの医学・生物学への応用」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2013-11-13
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Bacterial expression and EM analysis of UDP-glucose glycosyltransferase from a thermophilic fungus2013

    • 著者名/発表者名
      T. Zhu, K. Murata, T. Toshimori, M. Yagi-Utsumi, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      糖鎖科学中部拠点第11回若手の力フォーラム
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2013-09-09
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural basis underlying the redox-dependent domain rearrangement of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase2013

    • 著者名/発表者名
      K. Inagaki, Y. Uekusa, Y. Kamiya, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      7th International Conference on Structural Genomics (ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2013-07-30
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Redox-dependent conformational dynamics of protein disulfide isomerase coupled with exposure of its substrate binding region2012

    • 著者名/発表者名
      K. Inagaki, Y. Uekusa, Y. Kamiya, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      The 6th International Symposium "Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2012-12-06
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of redox-dependent domain rearrangement of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase2012

    • 著者名/発表者名
      K. Inagaki, Y. Uekusa, Y. Kamiya, T. Satoh, and K. Kato
    • 学会等名
      第50回生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural insights into proteasome orchestration mechanism through a proteasome assembly factor Nas2

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh
    • 学会等名
      8th Asian Biophysics Association Symposium (ABA Jeju 2013)
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] ERGIC-53/MCFD2 複合体による糖鎖認識の構造基盤

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史
    • 学会等名
      第59回 日本薬学会東海支部会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Mechanistic insights into the proteasome orchestration by a proteasome assembly chaperone Nas2

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh
    • 学会等名
      7th International Conference on Structural Genomics (ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis underlying the redox-dependent domain rearrangement of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase

    • 著者名/発表者名
      Koya Inagaki
    • 学会等名
      7th International Conference on Structural Genomics (ICSG2013-SLS)
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 積荷受容体ERGIC-53/MCFD2による糖鎖認識の構造基盤

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史
    • 学会等名
      第32回日本糖質学会年会
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Bacterial expression and EM analysis of UDP-glucose glycosyltransferase from a thermophilic fungus

    • 著者名/発表者名
      Tong Zhu
    • 学会等名
      糖鎖科学中部拠点 第11回若手の力フォーラム
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] EM tomography analysis of ER folding sensor enzyme UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase

    • 著者名/発表者名
      Tong Zhu
    • 学会等名
      平成25年度 生理学研究所研究会「電子顕微鏡機能イメージングの医学・生物学への応用」
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Interaction mode of a proteasome assembly chaperone Nas2 with the proteasome Rpt5 subunit

    • 著者名/発表者名
      Ying-Hui Wang
    • 学会等名
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • 発表場所
      伊良湖
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Overall structure of ER folding sensor UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase revealed by EM tomography

    • 著者名/発表者名
      Tong Zhu
    • 学会等名
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • 発表場所
      伊良湖
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Redox-dependent conformational changes of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase

    • 著者名/発表者名
      Koya Inagaki
    • 学会等名
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • 発表場所
      伊良湖
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for proteasome formation mediated by assembly chaperone Nas2

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh
    • 学会等名
      6th Japan-Korea Seminars on Biomolecular Science : Experiments and Simulation
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] An archaeal homolog of proteasome assembly chaperone forms a homotetramer and functions as proteasome activator

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Kumoi
    • 学会等名
      6th Japan-Korea Seminars on Biomolecular Science : Experiments and Simulation
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] NMR characterization of the interaction of a proteasome assembly chaperone Nas2 with the proteasome Rpt5 subunit

    • 著者名/発表者名
      Ying-Hui Wang
    • 学会等名
      SOKENDAI Asian Winter School "Innovations and Challenges in Molecular Science: From Basics to Cutting-edge Researches”
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural basis for disparate sugar-binding specificities in the homologous cargo receptors ERGIC-53 and VIP36

    • 著者名/発表者名
      Tadashi Satoh
    • 学会等名
      Yonsei-IMS Seminars on Biomolecular Sciences : Protein Structures and Diseases
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] The structural biology study on ER folding sensor UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)

    • 著者名/発表者名
      Tong Zhu
    • 学会等名
      Yonsei-IMS Seminars on Biomolecular Sciences : Protein Structures and Diseases
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Structural-architecture of the ER glycoprotein folding sensor UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)

    • 著者名/発表者名
      Tong Zhu
    • 学会等名
      2013年度 生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 小胞体品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構の構造基盤

    • 著者名/発表者名
      年森隆泰
    • 学会等名
      2013年度 生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] プロテインジスルフィドイソメラーゼの機能発現におけるミクロ‐マクロ相関の探査

    • 著者名/発表者名
      稲垣宏弥
    • 学会等名
      2013年度 生物物理中部支部会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 小胞体糖タンパク質フォールディング装置を構成するタンパク質群の構造生物学研究

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史
    • 学会等名
      日本薬学会134年会
    • 発表場所
      熊本
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 古細菌タンパク質PbaBによるATP非依存的プロテアソーム活性化機構の構造基盤

    • 著者名/発表者名
      雲井健太郎,佐藤匡史,廣本武史,水島恒裕,神谷由紀子,野田勝紀,内山 進,村田和義,矢木宏和,加藤晃一
    • 学会等名
      第76回日本生化学会 中部支部例会・シンポジウム
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の機能拡張子としての糖鎖を観る

    • 著者名/発表者名
      加藤晃一,矢木宏和,神谷由紀子,佐藤匡史
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規プロテアソーム活性化因子PbaB の構造と機能

    • 著者名/発表者名
      雲井健太郎,佐藤匡史,矢木宏和,廣本武史,水島恒裕,内山 進,野田勝紀,村田和義,神谷由紀子,加藤晃一
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] 糖タンパク質の輸送と分解に関わる細胞内レクチンの構造生物学研究

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史
    • 学会等名
      第31回 日本糖質学会年会
    • 発表場所
      鹿児島
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular mechanism of redox-dependent domain rearrangement of the substrate-binding region of protein disulfide isomerase

    • 著者名/発表者名
      Kouya Inagaki, Yoshinori Uekusa, Yukiko Kamiya, Tadashi Satoh, Koichi Kato
    • 学会等名
      第50回 日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] Redox-dependent conformational dynamics of protein disulfide isomerase coupled with exposure of its substrate binding region

    • 著者名/発表者名
      Kouya Inagaki, Yoshinori Uekusa, Yukiko Kamiya, Tadashi Satoh, Koichi Kato
    • 学会等名
      The 6th International Symposium, Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] プロテアソームを構成するサブユニットとその集合因子Ump1pの相互作用解析

    • 著者名/発表者名
      大川慶祐,矢木宏和,植草義徳,矢木真穂,水島恒裕,佐藤匡史,佐伯 泰,田中啓二,加藤晃一
    • 学会等名
      日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2012 実施状況報告書
  • [学会発表] プロテアソーム集合因子Nas2を介したプロテアソームの分子集合機構の構造基盤

    • 著者名/発表者名
      佐藤匡史,植草義徳,廣本武史,矢木真穂,矢木宏和,水島恒裕,佐伯 泰,田中啓二,加藤晃一
    • 学会等名
      日本薬学会 第133回年会
    • 発表場所
      横浜
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公開日: 2013-05-31   更新日: 2019-07-29  

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