| 研究課題/領域番号 |
24770159
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
松永 康佑 独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 基礎科学特別研究員 (60464525)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2012年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | 統計数理 / タンパク質 / 分子動力学シミュレーション / アデニル酸キナーゼ / 多剤排出トランスポーター / シミュレーション / 分子動力学 / 機械学習 |
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| 研究概要 |
本研究では、近年の大規模な生体分子分子動力学シミュレーションから得られるトラジェクトリデータを統計処理し、科学的知見を得るための統計解析フレームワークを開発した。特に、近年シミュレート可能となってきたタンパク質機能に関わる構造変化のデータを使って以下の2つの実証研究を実施し、その有効性を示した。(1)アデニル酸キナーゼの数マイクロ秒トラジェクトリを統計解析し、マイクロ秒オーダーで状態遷移するローカルな部位を特定した。(2)多剤排出トランスポーターAcrBの構造変化トラジェクトリから自由エネルギー推定計算を行い、プロトン化状態の変化によって自由エネルギー地形が変化することを示した。
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