絶対寄生性線虫の全ゲノム増幅による次世代シーケンシング解析

• 研究課題/領域番号: 24780044
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 植物病理学
• 研究機関: 宮崎大学
• 研究代表者: 菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2014年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2013年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2012年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
• キーワード: 寄生虫 / ゲノム / ゲノム増幅 / 全ゲノム増幅 / 一塩基多型 / 線虫

研究成果の概要

寄生性線虫における難培養性はゲノム解析時の大きな障害となる。本研究では寄生性線虫における効率の良いゲノム解析を行うための全ゲノム増幅(WGA)－次世代シーケンシング法を開発することを目指した。既存の全ゲノム増幅シーケンシングデータを用いて問題点を抽出し、この問題を解消する３種のWGA方法を考案した。それぞれの方法をモデル線虫C. elegansを使用し、増幅均一性、一塩基多型、キメラ構造DNAの生成について検証した。その結果、いずれのゲノム増幅法も一塩基多型への影響はあまり大きくないこと、大きなサイズのライブラリーには増幅時に作成されるキメラDNAが品質に大きな影響を与えることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Development and validation of SSR markers for the plant-parasitic nematode Subanguina moxae using genome assembly of Illumina pair-end reads (2015)
  • 著者名/発表者名: T Takeuchi, M Yamaguchi, R Tanaka, M Dayi, N Ogura, T Kikuchi
  • 雑誌名: Nematology 巻: -
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A complete view of the genetic diversity of the Escherichia coli O-antigen biosynthesis gene cluster. (2015)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Iguchi, Sunao Iyoda, Taisei Kikuchi, Yoshitoshi Ogura, Keisuke Katsura, Makoto Ohnishi, Tetsuya Hayashi, Nicholas R Thomson
  • 雑誌名: DNA Res 巻: 22 号: 1 ページ: 101-107
  • DOI: 10.1093/dnares/dsu043
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Karyotype and reproduction mode of the rodent parasite Strongyloides venezuelensis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hino A, Tanaka T, Takaishi M, Fujii Y, Palomares-Rius JE, Hasegawa K, Maruyama H, Kikuchi T
  • 雑誌名: Parasitology 巻: 141 号: 13 ページ: 1736-1745
  • DOI: 10.1017/s0031182014001036
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Signatures of adaptation to plant parasitism in nematode genomes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Bird, D.M., Jones, J.T., Opperman, C.H., Kikuchi, T., and Danchin, E.G.
  • 雑誌名: Parasitology 巻: 無し 号: S1 ページ: 1-14
  • DOI: 10.1017/s0031182013002163
  • 査読あり
• [雑誌論文] K Daigo, T Takeuchi, T Kikuchi, N Ogura (2014)
  • 著者名/発表者名: The nucleotide sequence analysis of ITS1-5.8SrDNA-ITS2 region of Subanguina moxae collected in Japan.
  • 雑誌名: Nematological Research 巻: 44 ページ: 49-53
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Assessment of Helminth Biodiversity in Wild Rats Using 18S rDNA Based Metagenomics (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryusei Tanaka, Akina Hino, Isheng J. Tsai, Juan Emilio Palomares-Rius1, Ayako Yoshida,Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Haruhiko Maruyama, Taisei Kikuchi
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 9 号: 10 ページ: e110769-e110769
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0110769
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comparative genomics of Taphrina fungi causing varying degrees of tumourous deformity in plants. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsai IJ, Tanaka E, Masuya H, Tanaka R, Hirooka Y, Endoh R, Sahashi N, Kikuchi T.
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: (printing) 号: 4 ページ: 861-872
  • DOI: 10.1093/gbe/evu067
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Distribution and evolution of glycoside hydrolase family 45 cellulases in nematodes and fungi (2014)
  • 著者名/発表者名: Juan E Palomares-Rius, Yuuri Hirooka, Isheng J Tsai, Hayato Masuya, Akina Hino, Natsumi Kanzaki, John T Jones, Taisei Kikuchi
  • 雑誌名: BMC evolutionary biology 巻: 14 号: 1 ページ: 69-69
  • DOI: 10.1186/1471-2148-14-69
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The genome and life-stage specific transcriptomes of Globodera pallida elucidate key aspects of plant parasitism by a cyst nematode. (2014)
  • 著者名/発表者名: Cotton J, Lilley C, Jones L, Kikuchi T, Reid A, Thorpe P, Tsai I, Beasley H, Blok V, Cock P, et al :
  • 雑誌名: Genome Biol 巻: 15(3) 号: 3
  • DOI: 10.1186/gb-2014-15-3-r43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterisation of the transcriptome of Aphelenchoides besseyi and identification of a GHF 45 cellulase. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi, T., Helder, J., Cock, P.J., and Jones, J.T.
  • 雑誌名: Nematology 巻: 16 ページ: 99-107
  • 査読あり
• [雑誌論文] Summrizing Specific Profiles in Illumina Sequencing from Whole-Genome Amplified DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsai, I.J., Hunt, M., Holroyd, N., Huckvale, T., Berriman, M., and Kikuchi, T.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: in press 号: 3 ページ: 243-254
  • DOI: 10.1093/dnares/dst054
  • 査読あり
• [雑誌論文] REAPR: a universal tool for genome assembly evaluation. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hunt, M., Kikuchi, T., Sanders, M., Newbold, C., Berriman, M., and Otto, T.D
  • 雑誌名: Genome Biol 巻: 14 号: 5
  • DOI: 10.1186/gb-2013-14-5-r47
  • 査読あり
• [雑誌論文] Top 10 plant-parasitic nematodes in molecular plant pathology. (2013)
  • 著者名/発表者名: Jones JT, Haegeman A, Danchin EGJ, Gaur HS, Helder J, Jone s MGK, Kikuchi T, Manzanilla-Lopez R, Palomares-Rius JE, Wesemael WML, et al :
  • 雑誌名: Mol Plant Pathol 巻: 14(9) 号: 9 ページ: 946-961
  • DOI: 10.1111/mpp.12057
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genome and transcriptome of Haemonchus contortus, a key model parasite for drug and vaccine discovery. (2013)
  • 著者名/発表者名: Laing, R., Kikuchi, T., Martinelli, A., Tsai, I., Beech, R., Redman, E., Holroyd, N., Bartley, D., Beasley, H., Britton, C., et al.
  • 雑誌名: Genome Biol 巻: 14 号: 8
  • DOI: 10.1186/gb-2013-14-8-r88
  • 査読あり
• [雑誌論文] Omics fields of study related to plant-parasitic nematodes. (2013)
  • 著者名/発表者名: Palomares-Rius, J.E., and Kikuchi, T.
  • 雑誌名: Journal of Integrated OMICS 巻: 3 ページ: 1-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Secretome Analysis of the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus Reveals the Tangled Roots of Parasitism and Its Potential for Molecular Mimicry (2013)
  • 著者名/発表者名: Shinya R, Morisaka H, Kikuchi T, Takeuchi Y, Ueda M, Futai K
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: なし 号: 6 ページ: e67377-e67377
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0067377
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり