枯草菌における窒素同化の動的数理モデルによる理解

• 研究課題/領域番号: 24780072
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 千葉大学
• 研究代表者: 高橋 弘喜 千葉大学, 真菌医学研究センター, 准教授 (60548460)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2012年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: 枯草菌 / 窒素同化 / 数理モデル

研究概要

野性株とゲノム縮小型株MGB874を対象に、培地中の窒素濃度に応じた細胞増殖、遺伝子発現を検討したが、MGB874の窒素源に対する応答は野生株と変わらなかった。また、主要シグマ因子であるsigAのゲノム上での結合領域を比較解析しところ、グルタミン酸生合成遺伝子を含む13のsigA結合領域がMGB874に特異的に存在することが明らかとなった。MGB874でのsigAの新たな結合が、グルタミン酸蓄積に関与していることが示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] Functions of the Hha and YdgT Proteins in Transcriptional Silencing by the Nucleoid Proteins, H-NS and StpA, in Escherichia coli. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ueda T, Takahashi H, Uyar E, Ishikawa S, Ogasawara N, Oshima T.
  • 雑誌名: DNA Res. 巻: Epub ahead of print 号: 3 ページ: 263-71
  • DOI: 10.1093/dnares/dst008
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved production of secreted heterologous enzyme in Bacillus subtilis strain MGB874 via modification of glutamate metabolism and growth conditions (2013)
  • 著者名/発表者名: Manabe K, Kageyama Y, Morimoto T, Shimizu E, Takahashi H, Kanaya S, Ara K, Ozaki K, Ogasawara N.
  • 雑誌名: Microbial Cell Factories 巻: 12 号: 1 ページ: 18-18
  • DOI: 10.1186/1475-2859-12-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] 数理モデルに触れてみよう (2013)
  • 著者名/発表者名: 高橋弘喜
  • 雑誌名: 日本生物工学会.生物工学会誌 巻: Vol91 ページ: 2-2
  • NAID: 110009597780
• [雑誌論文] 数理モデルに触れてみよう (2013)
  • 著者名/発表者名: 高橋弘喜
  • 雑誌名: 生物工学会誌 巻: Vol. 91 ページ: 109-109
  • NAID: 110009597780
• [雑誌論文] Prediction of operon-like gene clusters in the Arabidopsis thaliana genome based on co-expression analysis of neighboring genes (2012)
  • 著者名/発表者名: Wada M, Takahashi H, Altaf-Ul-Amin M, Nakamura K, Hirai MY, Ohta D, Kanaya S.
  • 雑誌名: Gene 巻: 503(1) 号: 1 ページ: 56-64
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.04.043
  • 査読あり
• [学会発表] 数理モデルアプローチによる大腸菌の亜鉛制御機構の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 高橋弘喜,大島拓, Clayton Selina R, Hobman Jon L,戸邉亨,金谷重彦,小笠原直毅, Stekel Dov J.
  • 学会等名: 第36回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 大腸菌Hha,YdgTタンパク質による外来性遺伝子の転写抑制 (2013)
  • 著者名/発表者名: 上田剛士,高橋弘喜,石川周,小笠原直毅,大島拓
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 滋賀
• [学会発表] 大腸菌Hha,YdgTタンパク質による外来性遺伝子の転写抑制 (2013)
  • 著者名/発表者名: 上田剛士，高橋弘喜，石川周，小笠原直毅，大島拓
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 長浜
• [学会発表] The role of zinc uptake regulator, Zur, in pathogenic and non-pathogenic Escherichia coli (2012)
  • 著者名/発表者名: Clayton, S.R., Patel, M.D., Constantinidou, C., Oshima, T., Takahashi, H., Heurlier, K., Stekel, D.J., Hobman, J.L.
  • 学会等名: Biometals 2012
  • 発表場所: Brussels, Belgium
• [学会発表] Mathematical modelling towards understanding zinc homeostasis in Escherichia coli (2012)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H, Oshima T, Clayton SR, Hobman JL, Tobe T, Kanaya S, Ogasawara N, Stekel DJ.
  • 学会等名: Biometals 2012
  • 発表場所: Brussels, Belgium
• [学会発表] 大腸菌における亜鉛制御機構の数理モデルによる理解を目指して (2012)
  • 著者名/発表者名: 高橋弘喜, 大島拓, Selina R. Clayton, Jon L. Hobman, 戸邉 亨, 金谷重彦, 小笠原直毅, Dov J. Stekel
  • 学会等名: 第6回細菌学若手コロッセウム
  • 発表場所: 八王子
• [学会発表] The role of zinc uptake regulator, Zur, in pathogenic and non-pathogenic Escherichia coli. (2012)
  • 著者名/発表者名: Clayton, S.R., Patel, M.D., Constantinidou, C., Oshima, T., Takahashi, H., Heurlier, K., Stekel, D.J., Hobman, J.L.
  • 学会等名: Biometals 2012
  • 発表場所: Brussels, ベルギー
• [学会発表] MATHEMATICAL MODELLING TOWARDS UNDERSTANDING ZINC HOMEOSTASIS IN ESCHERICHIA COLI (2012)
  • 著者名/発表者名: Takahashi H, Oshima T, Clayton SR, Hobman JL, Tobe T, Kanaya S, Ogasawara N, Stekel DJ.
  • 学会等名: Biometals 2012
  • 発表場所: Brussels, ベルギー
• [備考]
  • URL: http://bioinfo.pf.chiba-u.jp/
• [備考] 論文発表
  • URL: http://ht02.pf.chiba-u.jp/?p=332
• [備考] 論文発表
  • URL: http://ht02.pf.chiba-u.jp/?p=284
• [備考] 生物工学会誌に掲載されました
  • URL: http://ht02.pf.chiba-u.jp/?p=264