リシーケンス解析によるラン藻の新規高温耐性遺伝子の探索

• 研究課題/領域番号: 24780082
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東京農業大学
• 研究代表者: 兼崎 友 東京農業大学, その他部局等, 博士研究員 (70380293)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2014年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2013年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2012年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: シアノバクテリア / 次世代シーケンサー / リシーケンス解析 / 突然変異 / 高温耐性 / 高温感受性 / 遊泳性 / 突然変異株 / 次世代シーケンス / リシーケンス / ゲノム / 高温ストレス

研究成果の概要

ラン藻（シアノバクテリア）は光合成や植物の進化の研究における極めて重要なモデル生物である。しかし、バクテリアの染色体には突然変異が起きやすいため、分子生物学的な研究を進める上で大きな問題となっていた。また、これまでは有用な突然変異体が得られても、その変異遺伝子座の同定は非常に難しかった。我々は、近年急速に発展している超高速遺伝子配列解析の技術を利用して、ラン藻における様々な突然変異体の原因遺伝子同定の手法を確立した。

研究成果

• [雑誌論文] Genomic analysis of parallel-evolved cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 under acid stress. (2015)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama J, Kanesaki Y, Iwata N, Asakura R, Funamizu K, Tasaki R, Agatsuma M, Tahara H, Matsuhashi A, Yoshikawa H, Ogawa S, Ohta H
  • 雑誌名: Photosynth Res 巻: - 号: 1-2 ページ: 243-254
  • DOI: 10.1007/s11120-015-0111-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of spontaneous suppressor mutants from the photomixotrophically-grown pmgA-disrupted mutant in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishijima, Y., Kanesaki, Y., Yoshikawa, H., Ogawa, T., Sonoike, K., Nishiyama, Y. and Hihara, Y.
  • 雑誌名: Photosynth. Res. 巻: - 号: 2-3 ページ: 465-475
  • DOI: 10.1007/s11120-015-0143-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Draft genome sequence of strain q-1, an iodide-oxidizing alphaproteobacterium isolated from natural gas brine water. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ehara A, Suzuki H, Kanesaki Y, Yoshikawa H, Amachi S
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 2 号: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00659-14
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Bradyrhizobium japonicum Is-34, Which Is Incompatible with Rj4 Genotype Soybeans. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsurumaru H, Kanesaki Y, Hashimoto S, Okizaki K, Yoshikawa H, Yamakawa T
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 2 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01316-14
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Bifidobacterium longum 105-A, a strain with high transformation efficiency. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kanesaki, Y., Masutani, H., Sakanaka, M., Shiwa, Y., Fujisawa, T., Nakamura, Y., Yokota, A., Fukiya, S., Suzuki, T., Yoshikawa, H.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 2 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01311-14
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Exopolysaccharide production by a unicellular 1 freshwater cyanobacterium Cyanothece sp. isolated from a rice field in Viet Nam (2014)
  • 著者名/発表者名: Ohki K., Nguyen Q.T., Yoshikawa S., Kanesaki Y., Okajima M., Kaneko T., Tran H.T.
  • 雑誌名: Journal of Applied Phycology 巻: 26 号: 1 ページ: 265-272
  • DOI: 10.1007/s10811-013-0094-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA replication depends on photosynthetic electron transport in cyanobacteria (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohbayashi
  • 雑誌名: FEMS Microbiol Lett 巻: 344 号: 2 ページ: 138-44
  • DOI: 10.1111/1574-6968.12166
  • 査読あり
• [雑誌論文] Possible involvement of a novel multicopper oxidase in iodide oxidation by alpha-proteobacterium strain Q-1 (2012)
  • 著者名/発表者名: Mio Suzuki
  • 雑誌名: Appl.Environ.Microbiol. 巻: 78 号: 11 ページ: 3941-3949
  • DOI: 10.1128/aem.00084-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] External light conditions and internal cell cycle phases entrain accumulation of chloroplast and mitochondrial transcripts in the red alga Cyanidioschyzon merolae (2012)
  • 著者名/発表者名: Yu Kanesaki, Sousuke Imamura, Ayumi Minoda, Kan Tanaka
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 19(3) 号: 3 ページ: 289-303
  • DOI: 10.1093/dnares/dss013
  • 査読あり
• [学会発表] 高温、強酸性温泉からの極限環境紅藻の新規単離と有用形質の探索 (2015)
  • 著者名/発表者名: 兼崎 友、重信直人、小田しおり、齋藤夏帆、宮澤和己、渡辺 智、吉川博文
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2015年大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2015-03-26 – 2015-03-29
  • 招待講演
• [学会発表] 有用形質を持つ極限環境紅藻の新規単離と環境ストレス応答遺伝子の解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 兼崎 友、重信直人、小田しおり、齋藤夏帆、渡辺 智、吉川博文
  • 学会等名: 第56回 日本植物生理学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-03-16 – 2015-03-18
• [学会発表] 次世代シーケンス技術の発展から考える微生物ゲノム研究の行方 (2014)
  • 著者名/発表者名: 兼崎 友
  • 学会等名: 第１3回 微生物研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2014-07-26
  • 招待講演
• [学会発表] Synechococcus elongatus PCC 7942研究室株間のリシーケンス解析と表現型の差異に関わる原因遺伝子座の探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 小澤啓悟、兼崎友、志波優、渡辺智、吉川博文
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Synechococcus elongates PCC 7942におけるマルチコピーゲノムの分配制御機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 内桶香那、渡辺智、野田明日翔、中武詩津花、大林龍胆、兼崎友、千葉櫻拓、吉川博文
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Resequencing analyses of laboratory strains of Synechococcus elongatus PCC 7942 (2014)
  • 著者名/発表者名: Yu Kanesaki, Keigo Ozawa, Marie Suzuki, Yuh Shiwa, Satoru Watanabe, Hirofumi Yoshikawa
  • 学会等名: 日本植物生理学会
  • 発表場所: 富山
• [学会発表] Whole-genome resequencing of Synechocystis sp. PCC 6803 substrains (2012)
  • 著者名/発表者名: Yu Kanesaki, Yuh Shiwa, Naoyuki Tajima, Marie Suzuki, Satoru Watanabe, Naoki Sato, Masahiko Ikeuchi, and Hirofumi Yoshikawa
  • 学会等名: 14th International Symposium on Phototrophic Prokaryotes
  • 発表場所: Porto, Portugal
• [学会発表] バクテリアのリシーケンス解析から見えてきたこと (2012)
  • 著者名/発表者名: 兼崎友
  • 学会等名: 第33回GCOE談話会：東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」
  • 発表場所: 東京
  • 招待講演
• [学会発表] Genome analyses of the EPS-producing cyanobacteria (2012)
  • 著者名/発表者名: 兼崎 友、吉川博文
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡