| 研究課題/領域番号 |
24790412
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
細菌学(含真菌学)
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
古田 芳一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任助教 (40613667)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2013年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2013年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2012年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | ゲノム比較解析 / ピロリ菌 / 次世代シークエンサー / ゲノム再編 / de novo assembly / Mate-pairライブラリ / ゲノム進化 |
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| 研究概要 |
本研究により、次世代シークエンサーを用いて高精度・高速にピロリ菌の完全長のゲノム配列を解読する手法を確立した。ピロリ菌東アジア株30株について実際に解読に成功し、ゲノム比較解析を行うことで東アジア株にoipA遺伝子の重複やモリブデン代謝遺伝子の欠失、六通りのゲノムの逆位など、地域特異的な遺伝子の有無やゲノムの逆位など過去の少数株比較の結果で得られていたものと同様の特徴を多数株についても見いだした。
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