インフォマティクスを活用した血中タンパク質・ペプチドリストよりの疾患マーカー探索

• 研究課題/領域番号: 24790548
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 病態検査学
• 研究機関: 千葉大学
• 研究代表者: 西村 基 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (80400969)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2014年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2013年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2012年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: 臨床検査 / Immuno-MS / 免疫沈降 / 抗体 / セロタイピング / 質量分析 / 国際情報交換

研究成果の概要

研究代表者らは、免疫沈降（IP；ImmunoPrecipitation）と質量分析（MS；Mass Spectrometry）との組み合わせ（いわゆるImmuno-MS）が従来の臨床検査にアドオンする形で手堅く構築できworkすること、そしてその実用例として、これにより血清ApoEのほぼ全長がリシーケンス可能であり、従来のジェノタイピングと同等の情報が得られるDNA‐freeなセロタイピングに応用できることを示した。これらにより臨床検査のImmuno-MSへの発展性とImmuno-MSの将来性を示唆することが出来た。

研究成果

• [雑誌論文] High-throughput Screening of Extended RAS Mutations Based on High-Resolution Melting Analysis for prediction of anti-EGFR Treatment Efficacy in Colorectal Carcinoma. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ishige T, Itoga S, Sato K, Kitamura K, Nishimura M, Sawai S, Matsushita K, Suzuki K, Ota S, Miyauchi H, Matsubara H, Nakatani Y, Nomura F.
  • 雑誌名: Clin Biochem. 巻: 47 号: 18 ページ: 340-3
  • DOI: 10.1016/j.clinbiochem.2014.09.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] How proteomic ApoE serotyping could impact Alzheimer's disease risk assessment: genetic testing by proteomics. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nishimura M, Satoh M, Matsushita K, Nomura F.
  • 雑誌名: Expert Rev Proteomics. 巻: 11 号: 4 ページ: 405-7
  • DOI: 10.1586/14789450.2014.936390
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Second-generation antipsychotics and bone turnover in schizophrenia. (2014)
  • 著者名/発表者名: Okita K, Kanahara N, Nishimura M, Yoshida T, Yasui-Furukori N, Niitsu T, Yoshida T, Ishikawa M, Kimura H, Nomura F, Iyo M.
  • 雑誌名: Schizophr Res. 巻: 157 号: 1-3 ページ: 137-41
  • DOI: 10.1016/j.schres.2014.05.009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct application of MALDI-TOF mass spectrometry to cerebrospinal fluid for rapid pathogen identification in a patient with bacterial meningitis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Segawa S, Sawai S, Murata S, Nishimura M, Beppu M, Sogawa K, Watanabe M, Satoh M, Matsutani T, Kobayashi M, Iwadate Y, Kuwabara S, Saeki N, Nomura F
  • 雑誌名: Clinica Chimica Acta 巻: 435 ページ: 59-59
  • DOI: 10.1016/j.cca.2014.04.024
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Human apolipoprotein E resequencing by proteomic analysis and its application to serotyping. (2014)
  • 著者名/発表者名: Nishimura M, Satoh M, Nishimura S, Kakinuma S, Sato K, Sawai S, Matsushita K, Kado S, Kodera Y, Nomura F.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: - 号: 1 ページ: e85356-e85356
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0085356
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Application of proteomic technologies to discover and identify biomarkers for periodontal diseases in gingival crevicular fluid: A review (2014)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Ishige T, Beppu M, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
  • 雑誌名: PROTEOMICS - Clinical Applications Special Issue: Proteomics and the Eye 巻: 8 号: 3-4 ページ: 232-240
  • DOI: 10.1002/prca.201300122
  • 査読あり
• [雑誌論文] he FLS (Fatty liver Shionogi) mouse reveals local expressions of lipocalin-2, CXCL1 and CXCL9 in the liver with non-alcoholic steatohepatitis. (2013)
  • 著者名/発表者名: Semba T, Nishimura M, Nishimura S, Ohara O, Ishige T, Ohno S, Nonaka K, Sogawa K, Satoh M, Sawai S, Matsushita K, Imazeki F, Yokosuka O, Nomura F.
  • 雑誌名: BMC Gastroenterol. 巻: 13 号: 1 ページ: 120-127
  • DOI: 10.1186/1471-230x-13-120
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of quantitative proteomic analysis using tandem mass tags for discovery and identification of novel biomarkers in periodontal disease. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Satoh M, Kawashima Y, Sogawa K, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Ogita M, Takeuchi Y, Kobyashi H, Aoki A, Kodera Y, Matsushita K. Izumi Y. Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics 巻: Vol.13 号: 15 ページ: 2339-2350
  • DOI: 10.1002/pmic.201200510
  • 査読あり
• [雑誌論文] Serum fibrinogen alpha C-chain 5.9 kDa fragment (FIC 5.9) as a biomarker for early detection of hepatic fibrosis related to hepatitis C virus (2013)
  • 著者名/発表者名: Sogawa K, Noda K, Umemura H, Seimiya M, Kuga T, Tomonaga T, Nishimura M, Kanai F, Imazeki F, Takizawa H, Yoneda M, Nakajima A, Tsutsumi M, Yokosuka O, Nomura F
  • 雑誌名: Proteomics Clin Appl 巻: (in press) 号: 5-6 ページ: 424-431
  • DOI: 10.1002/prca.201200094
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and 25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS. (2013)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Satoh M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M,Kubota M, Nomura F.
  • 雑誌名: Clin Chim Acta. 巻: 420 ページ: 114-120
  • DOI: 10.1016/j.cca.2012.10.041
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S
  • 雑誌名: Proteomics. 巻: 12(13) 号: 13 ページ: 2190-202
  • DOI: 10.1002/pmic.201100655
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pentanucleotide repeat-primed PCR for genetic diagnosis of spinocerebellar ataxia type 31. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishige T, Sawai S, Itoga S, Sato K, Utsuno E, Beppu M, Kanai K, Nishimura M, Matsushita K, Kuwabara S, Nomura F.
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 57(12) 号: 12 ページ: 807-808
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.112
  • NAID: 10031145890
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discrimination of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from methicillin-susceptible Staphylococcus aureus or coagulase-negative staphylococci by detection of penicillin-binding protein 2 and penicillin-binding protein 2' using a bioluminescent enzyme immunoassay. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shiga K, Gomi K, Nishimura M, Watanabe M, Nomura F, Kajiyama N.
  • 雑誌名: J Immunol Methods. 巻: Epub ahead of print 号: 1-2 ページ: 40-45
  • DOI: 10.1016/j.jim.2012.11.012
  • 査読あり
• [学会発表] 「検査室におけるソフトイオン化質量分析法の役割と方向性」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 西村 基、野村文夫
  • 学会等名: 第60回日本臨床検査医学会学術集会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
  • 招待講演
• [学会発表] 「千葉大学病院におけるリンチ症候群に対するMSI(microsatellite instability)検査の立ち上げについて」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松下一之、佐藤謙一、石毛崇之、北村浩一、澤井摂、西村基、糸賀栄、野村文夫
  • 学会等名: 第60回日本臨床検査医学会学術集会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 「LC-MS/MSによる25OH-ビタミンDおよび1,25(OH)2-ビタミンD測定における誘導体化の有用性の検討」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石毛崇之、佐藤守、西村基、斉藤達也、土田祥央、澤井摂、松下一之、小寺義男、野村文夫
  • 学会等名: 日本臨床検査自動化学会第45回大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 「細菌検査における MALDI-TOF MS を用いた Nocardia 属の同定について」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 瀬川俊介、西村 基、曽川一幸、村田正太、斉藤知子、宮部安規子、佐海知子、上原麻美、渡邊正治、亀井克彦、野村文夫
  • 学会等名: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • 発表場所: 神戸市産業振興センター
• [学会発表] 「PTAD 誘導体化を用いた LC-MS/MS による 25OH-ビタミン D および 1,25(OH) 2-ビタミンD測定」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石毛崇之、佐藤 守、西村 基，斉藤達也、土田祥央、澤井 摂、松下一之、小寺義男、野村文夫
  • 学会等名: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • 発表場所: 神戸市産業振興センター
• [学会発表] 「歯周病患者マーカー探索と病態解析における質量分析技術の有用性」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 土田祥央、佐藤 守、曽川一幸、川島祐介、荷堂清香、荻田真弓、竹内康雄、小林宏明、青木 章、澤井 摂、西村 基、小寺義男、松下一之、和泉雄一、野村文夫
  • 学会等名: 第38回日本医用マススペクトル学会年会
  • 発表場所: 神戸市産業振興センター
• [学会発表] Serum Fibrinogen Alpha C-chain 5.9kDa Fragment (FIC5.9) as a Biomarkerfor Early Detectionof Hepatic Fibrosis Relatedto Hepatitis C Virus (2013)
  • 著者名/発表者名: Wataru Kikuchi, Kenta Noda, KazuyukiSogawa, MotoiNishimura, Hideki Ishihara, Fumio Nomura.
  • 学会等名: the 12th Human Proteome Organization Congress
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] Applicationof Quantitative Proteomic Analysis Using Tandem Mass Tagsfor Discoveryand Identificationof Novel Biomarkersin Periodontal Disease (2013)
  • 著者名/発表者名: Sachio Tsuchida , Mamoru Satoh, Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Sayaka Kado, Setsu Sawai, Motoi Nishimura, Mayumi Ogita, Yasuo Takeuchi , Hiroaki Kobyashi, Akira Aoki, Yoshio Kodera, Kazuyuki Matsushita, Yuichi Izumi, Fumio Nomura.
  • 学会等名: the 12th Human Proteome Organization Congress
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 「BRCA1変異陽性HBOCに対してリスク低減予防的両側卵巣卵管全摘出術を施行し卵管漿液性上皮内腺癌(STIC)を認めた一例」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 松下一之, 宇津野恵美, 石川博士, 糸賀栄, 長田久夫, 長嶋健, 西村基, 澤井摂, 別府美奈子, 楯真一, 清川貴子, 高橋葉子, 太田聡, 中谷行雄, 生水真紀夫, 野村文夫
  • 学会等名: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • 発表場所: 川崎市産業振興会館
• [学会発表] 「特徴的な臨床症状・画像所見がみられたアレキサンダー病の1例」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 別府美奈子, 澤井摂, 宇津野恵美, 葛田衣重, 西村基, 松下一之, 桑原聡, 野村文夫
  • 学会等名: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • 発表場所: 川崎市産業振興会館
• [学会発表] 「千葉大学病院における遺伝カウンセリングロールプレイ実習」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野村文夫, 澤井摂, 宇津野恵美, 長田久夫, 松下一之, 西村基, 別府美奈子, 高木敦子, 柿沼宏明, 増田健太郎, 都甲明子, 羽田明
  • 学会等名: 第37回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
  • 発表場所: 川崎市産業振興会館
• [学会発表] 球脊髄性筋萎縮症における遺伝カウンセリング (2013)
  • 著者名/発表者名: 別府美奈子、澤井摂、宇津野恵美、新川裕美、葛田衣重、西村基、松下一之、羽田明、桑原聡、野村文夫
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第58回大会
  • 発表場所: 仙台市 江陽グランドホテル
• [学会発表] ApoE (Apolipoprotein E) typing from small amounts of blood samples (2013)
  • 著者名/発表者名: Motoi Nishimura, Satomi Nishimura, Mamoru Satoh, Shoko Kakinuma, Kenichi Satoh, Setsu Sawai, Kazuyuki Matsushita , Sayaka Kado, Yoshio Kodera, Fumio Nomura
  • 学会等名: MSACL2013 Mass Spectrometry: Applications to the Clinical Laboratory
  • 発表場所: Sheraton Hotel & Marina • San Diego, CA, USA
• [学会発表] 血清タンパク質よりの Apolipoprotein E (ApoE) タイピング (2012)
  • 著者名/発表者名: 西村基 、西村里美、佐藤守、澤井摂、柿沼翔子、佐藤謙一、 松下一之、小寺義男、野村文夫
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会 第57回大会
  • 発表場所: 京王プラザホテル
• [学会発表] 血清よりのApolipoprotein E (ApoE) タイピング (2012)
  • 著者名/発表者名: 西村基、西村里美、佐藤守、柿沼翔子、佐藤謙一、澤井摂、 荷堂清香、小寺義男、野村文夫
  • 学会等名: 第37回日本医用マススペクトル学会年会
  • 発表場所: 愛知県産業労働センター
• [備考] Assessing Risk with ApoE Serotyping
  • URL: http://acceleratingscience.com/proteomics/assessing-risk-for-alzheimers-and-dyslipidemia-with-apoe-serotyping/