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レクチン・複合糖鎖結合予測のための統計的方法論の開発

研究課題

研究課題/領域番号 24810010
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関金沢大学

研究代表者

広瀬 修  金沢大学, 電子情報学系, 助教 (30549671)

研究期間 (年度) 2012-08-31 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2013年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードレクチン / 複合糖鎖 / 判別分析 / 機械学習 / 結合予測
研究概要

糖鎖は単糖類が重合した物質で,特に複合糖鎖と呼ばれる糖鎖は細胞表面などに存在する糖タンパク質に結合し,発生・分化・免疫・癌化・感染といった生体内のあらゆる局面で重要な役割を果たす.糖鎖に対する構造解析法の近年の急激な進展によって,糖鎖や糖鎖認識タンパク質であるレクチンに関する情報が急速に蓄積しつつあり,糖鎖生物学の飛躍的な進展が期待されている.本研究課題期間に特にレクチンに関して以下の様な進捗があった.(1)タンパク質データベースからのレクチンの配列情報の取得およびキュレーション.(2)局所フィッシャー判別分析による配列情報からのレクチン予測.(3)レクチンを特徴付けるアミノ酸配列の推定.

報告書

(3件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件)

  • [雑誌論文] Predicting residue contacts for protein-protein interactions by integration of multiple information2014

    • 著者名/発表者名
      Tu Kien T. Le, Osamu Hirose, Vu Anh Tran, Thammakorn Saethang, Lan Anh T. Nguyen, Xuan Tho Dang, Duc Luu Ngo, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Science and Engineering

      巻: 7 号: 01 ページ: 28-37

    • DOI

      10.4236/jbise.2014.71005

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TIGAR : transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference2013

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nariai, Osamu Hirose, Kaname Kojima, Masao Nagasaki
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29 (18) 号: 18 ページ: 2292-2299

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt381

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel over-sampling method and its application to miRNA prediction2013

    • 著者名/発表者名
      Xuan Tho Dang, Osamu Hirose, Thammakorn Saethang, Vu Anh Tran, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Science and Engineering

      巻: 6 号: 02 ページ: 236-248

    • DOI

      10.4236/jbise.2013.62a029

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり

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公開日: 2012-11-27   更新日: 2019-07-29  

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