連続二次共生に伴う葉緑体ゲノム進化:緑色渦鞭毛藻類を例として

• 研究課題/領域番号: 24870004
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 神川 龍馬 筑波大学, 生命環境系, 特任助教 (40627634)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 葉緑体 / ゲノム / 進化 / 細胞内共生 / 葉緑体置換 / ゲノム進化 / 分子系統解析

研究概要

本研究では、緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium属の葉緑体ゲノム配列を解読し、その進化や起源に迫ることを目的として実験を行った。次世代シーケンス解析により、ほぼ全長に近い葉緑体ゲノム断片を得ることに成功した。大規模葉緑体遺伝子データを用いた系統解析およびゲノム比較解析により、本種の葉緑体はPedinomonas属緑藻類に由来し、葉緑体獲得後に大規模なゲノム再編が起きたことが強く示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] Ardenticatena maritima gen. nov., sp. nov., a ferric iron- and nitrate-reducing bacterium of the phylum Chloroflexi isolated from an iron-rich coastal hydrothermal field, and description of Ardenticateniaclassis nov. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawaichi,S., Ito,N., Kamikawa,R., Sugawara,T., Yoshida,T. and Sako,Y.
  • 雑誌名: Int. J. Syst. Evol. Microbiol 巻: 63 号: Pt_8 ページ: 1-1
  • DOI: 10.1099/ijs.0.046532-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Separate origins of group I introns in two mitochondrial genes of the katablepharid Leucocryptos marina. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishimura Y, Kamikawa R, Hashimoto T, Inagaki Y.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7 号: 5 ページ: e37307-e37307
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0037307
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of elongation factor-like (EFL) protein in Rhizaria is revised by radiolarian EFL gene Sequences. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishitani Y., Kamikawa R., Yabuki A., Tsutiya M., Inagaki Y. Takihita K.
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiology 巻: 59 号: 4 ページ: 367-373
  • DOI: 10.1111/j.1550-7408.2012.00626.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Monitoring harmful microalgae by using a molecular biological techneque. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shiraishi T, Kamikawa R, Sako Y, Imai I.
  • 雑誌名: Food Quality 巻: - ページ: 15-28
  • DOI: 10.5772/34251
  • ISBN: 9789535105602
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ardenticatena maritima gen. nov., sp. nov., a ferric iron- and nitrate-reducing bacterium of the phylum Chloroflexi isolated from an iron-rich coastal hydrothermal field, and description of Ardenticatenia classis nov
  • 著者名/発表者名: Kawaichi S, Itoh N, Ryoma Kamikawa, Sugawara T, Yoshida T, Sako Y
  • 雑誌名: Int J Syst Evol Microbiol 巻: (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] ミトコンドリア関連オルガネラの縮退進化. (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬、Kolisko M、Andersson JO、Simpson AGB、Roger AJ、稲垣祐司、橋本哲男
  • 学会等名: 日本ミトコンドリア学会 第12回年会
  • 発表場所: 筑波大学
  • 年月日: 2012-12-20
• [学会発表] 新奇単細胞真核生物Tsukubamonas globosaの系統的位置とミトコンドリアゲノム (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川 龍馬, 西村 祐貴, 矢吹 彬憲, Kolisko M, Simpson AGB, Roger AJ, 石田 健一郎, 橋本 哲男, 稲垣 祐司
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡マリンメッセ
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] 真核生物における翻訳伸長因子EF-1alphaとEFLを両有するゲノムの分布 (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川 龍馬, 西村 祐貴, 左子 芳彦, 橋本哲男, 稲垣 祐司
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡マリンメッセ
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] 嫌気環境に適応したフォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラのトランスクリプトーム比較解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川 龍馬, Kolisko M, Andersson J, Simpson AGB, Roger AJ, 稲垣 祐司, 橋本 哲男
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡マリンメッセ
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] ミトコンドリアにおける機能縮退進化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬. 断捨離
  • 学会等名: 第1回日本細胞共生学会若手の会(JSPYS)
  • 発表場所: 筑波大学下田臨海実験センター
  • 年月日: 2012-11-09
• [学会発表] フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラの縮退進化 ハイドロジェノソームからマイトソームへ (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬、Kolisko M, Andersson JO, Simpson AGB、Roger AJ, 稲垣祐司、橋本哲男
  • 学会等名: 第72回寄生虫学会東日本支部会/第10回分子寄生虫マラリアフォーラム
  • 発表場所: 群馬大学
  • 年月日: 2012-10-11
• [学会発表] Mitohondrial evolution: from genomes to metabolisms (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬
  • 学会等名: 形質転換植物デザイン研究拠点研究セミナー
  • 発表場所: 筑波大学遺伝子実験センター
  • 年月日: 2012-09-10
• [学会発表] Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny (2012)
  • 著者名/発表者名: Ryoma Kamikawa, Yabuki A, Hashimoto T, Nishimura Y, Inagaki Y
  • 学会等名: JSME2012
  • 発表場所: Toyohashi, Japan
• [学会発表] The phylogenetic position and mitochondrial genome sequence of the enigmatic discobid Tsukubamonas globosa (2012)
  • 著者名/発表者名: Ryoma Kamikawa, Nishimura Y, Yabuki A, Kolisko M, Simpson AGB, Roger AJ, Ishida K, Hashimoto T, Inagaki Y
  • 学会等名: Protist2012
  • 発表場所: University of Oslo, Norway
• [学会発表] 光合成能進化研究のモデルとしての無色珪藻類Nitzschia spp (2012)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬,吉田昌樹,平美砂歌,石田健一郎,橋本哲男,稲垣祐司
  • 学会等名: 第36回日本藻類学会
  • 発表場所: 北海道大学
• [学会発表] Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kamikawa R, Yabuki A, Hashimoto T, Nishimura Y, Inagaki Y
  • 学会等名: JSME2012
  • 発表場所: Toyohashi University of Technology
  • 招待講演
• [学会発表] ミトコンドリア関連オルガネラの縮退進化
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬、Kolisko M、Andersson JO、Simpson AGB、Roger AJ、稲垣祐司
  • 学会等名: 日本ミトコンドリア学会 第12回年会
  • 発表場所: 筑波大学
• [学会発表] 真核生物における翻訳伸長因子EF-1alphaとEFLを両有するゲノムの分布
  • 著者名/発表者名: 神川 龍馬, 西村 祐貴, 左子 芳彦, 橋本 哲男, 稲垣 祐司
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡マリンメッセ
• [学会発表] 嫌気環境に適応したフォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラのトランスクリプトーム比較解析
  • 著者名/発表者名: 神川 龍馬, Kolisko M, Andersson JO, Simpson AGB, Roger AJ, 稲垣 祐司, 橋本 哲男
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡マリンメッセ
• [学会発表] Mitohondrial evolution: From genomes to metabolisms
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬
  • 学会等名: 筑波大学遺伝子実験センター 形質転換植物デザイン研究拠点 研究セミナー
  • 発表場所: 筑波大学遺伝子実験センター
  • 招待講演
• [図書] Monitoring harmful microalgae by using a molecular biological techneque (2012)
  • 著者名/発表者名: Shiraishi T, Ryoma Kamikawa, Sako Y, Imai I