第３世代シークエンサーによる感染症診断法の開発

• 研究課題/領域番号: 24890103
• 研究種目: 研究活動スタート支援
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 医化学一般
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 元岡 大祐 大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員(常勤) (10636830)
• 研究期間 (年度): 2012-08-31 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円); 2013年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2012年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: メタゲノム / 次世代シークエンサー / 感染症 / メタゲノム解析 / 感染症診断 / バイオインフォマティクス

研究概要

臨床検体からの網羅的な病原体探索法として、次(第2)世代シークエンサーを用いたメタゲノム解析法が利用されている。本手法には、生物種に依存しない統一したプロトコールを用いることが出来るため、難培養性病原体や未知病原体を探索する手法として有用である。しかし、病原体の一部のゲノム情報しか得られないことが多く、感染症対策に十分な情報は得られない。そこで本研究では、新たに登場した第3世代シークエンサーを利用した感染症診断法の開発に取り組んだ。その結果、高精度かつ完全長の病原体ゲノムが容易に得られることから、感染症研究に有用であることがわかった。

研究成果

• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Ureaplasma parvum Serovar 3 Strain SV3F4, Isolated in Japan (2014)
  • 著者名/発表者名: Wu HN, Nakura Y, Motooka D, Nakamura S, Nishiumi F, Ishino S, Kawai Y, Tanaka T, Takeuchi M, Nakayama M, Fujita T, Yanagihara I
  • 雑誌名: Genome Announc 巻: 2(3) 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00256-14
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comprehensive metagenomic approach for detecting causative microorganisms in culture-negative infective endocarditis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Imai A, Gotoh K, Asano Y* (corresponding author), Yamada N, Motooka D, Fukushima M, Kanzaki M, Ohtani T, Sakata Y, Nishi H, Toda K, Sawa Y, Komuro I, Horii T, Iida T, Nakamura S, Takashima S.
  • 雑誌名: Int J Cardiol. 巻: 172 号: 2 ページ: 288-9
  • DOI: 10.1016/j.ijcard.2013.12.197
  • 査読あり
• [雑誌論文] Severe respiratory failure due to co-infection with human metapneumovirus and Streptococcus pneumoniae. (2014)
  • 著者名/発表者名: Seki M, Yoshida H, Gotoh K, Hamada N,Motooka D, Nakamura S, Yamamoto N, Hamaguchi S, Akeda Y, Watanabe H, Iida T, and Tomono K.
  • 雑誌名: Respiratory Medicine Case Reports 巻: 12 ページ: 13-15
  • DOI: 10.1016/j.rmcr.2013.12.007
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] (2014)
  • 著者名/発表者名: Seki M., Ohno H., Gotoh K., Motooka D., Nakamura S., Iida T., Miyazaki Y., Tomono K.
  • 雑誌名: IDCases 巻: 1 号: 1 ページ: 5-8
  • DOI: 10.1016/j.idcr.2014.01.001
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Severe respiratory failure due to co-infection with human metapneumovirus and Streptococcus pneumoniae (2014)
  • 著者名/発表者名: Seki M, Yoshida H, Gotoh K, Hamada N, Motooka D, Nakamura S, Yamamoto N, Hamaguchi S, Akeda Y, Watanabe H, Iida T, Tomono K
  • 雑誌名: Respiratory Medicine Case Reports 巻: 12 ページ: 13-15
  • 査読あり
• [学会発表] A Database for Rapid Detection of Pathogens in Infectious Diseases (2014)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Motooka
  • 学会等名: Asian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infection 2014
  • 発表場所: 仙台国際センター
• [学会発表] A Database for Rapid Detection of Pathogens in Infectious Diseases (2014)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Motooka, Kazuyoshi Gotoh, Shota Nakamura, Toshihiro Horii
  • 学会等名: Asian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections - 2014
  • 発表場所: 仙台国際センター
• [学会発表] メタゲノミック診断用データベース(iMetDB)の構築 (2014)
  • 著者名/発表者名: 元岡大祐、後藤和義、後藤直久、中村昇太、飯田哲也、安永照雄、堀井俊宏
  • 学会等名: 第8回 日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京農業大学
• [学会発表] メタゲノミック診断法の高速解析パイプラインの構築 (2013)
  • 著者名/発表者名: 元岡大祐
  • 学会等名: NGS現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 第2・第3世代シークエンスデータを使ったCLC Genomics WorkbenchによるDe Novoアセンブリ (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮本真理、元岡大祐
  • 学会等名: NGS現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 感染性心内膜炎におけるメタゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 朝野仁裕、元岡大祐
  • 学会等名: NGS現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 原因不明食中毒のメタゲノミック診断 (2013)
  • 著者名/発表者名: 後藤和義、元岡大祐
  • 学会等名: NGS現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 第２・第３世代シークエンスデータを使ったCLC Genomics WorkbenchによるDe novoアセンブリ (2013)
  • 著者名/発表者名: 宮本真理、元岡大祐、後藤和義、後藤直久、中村昇太
  • 学会等名: NGS現場の会第三回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [備考]
  • URL: http://imet.gen-info.osaka-u.ac.jp/
• [備考] 感染症メタゲノム研究分野
  • URL: http://imet.gen-info.osaka-u.ac.jp/