細胞集団の時空間アラインメント法の確立

• 研究課題/領域番号: 24K03032
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 加藤 有己 大阪大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (10511280)
• 研究分担者: 村松 里衣子 国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター, 神経研究所, 部長 (90536880)
• 研究期間 (年度): 2024-04-01 – 2028-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円); 2027年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2026年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2025年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円); 2024年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: シングルセル / 空間オミクス / データ統合

研究開始時の研究の概要

近年確立されたシングルセルRNAシークエンシング (scRNA-seq) およびを空間トランスクリプトミクス (ST) を用いることで、組織中の細胞において「いつ、どこで」遺伝子発現が変化するのかを明らかにするためのデータ基盤は整ったと言える。現在、scRNA-seqとSTの両データを統合する手法がいくつか開発されているものの、時空間解析を真に行う意味では発展途上にある。本研究では、時間データや空間データの単独解析では見えなかった生体の機能や現象を明らかにするため、細胞集団の時空間発現データセットを高精度で統合する新規アルゴリズムを開発する。