メタゲノムから低コピー二本鎖DNA断片を獲得するためのDNA均一化法の改良

• 研究課題/領域番号: 24K09425
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分43060:システムゲノム科学関連
• 研究機関: 熊本大学
• 研究代表者: 山口 佳宏 熊本大学, 環境安全センター, 准教授 (10363524)
• 研究期間 (年度): 2024-04-01 – 2027-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2026年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2025年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2024年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
• キーワード: DNA断片の均一化 / メタゲノム / DNA増幅

研究開始時の研究の概要

今までに人間が触れたことがない遺伝子が環境中にあると考えられ、触れられない原因が優占種由来または高コピーのDNA断片によってミスプライミングが起こり、希少種由来または低コピーのDNA断片が増幅できないことだと考えた。そこで本研究では、標的DNA群を全ゲノム増幅でDNA量を増加させ、高コピーDNA断片を分離または除去して、低コピーDNA断片をPCRで増幅させることで、高コピーDNA断片と低コピーDNA断片の量を等量にするDNA均一化法を改良する。この成果は、次世代シークエンスでも見つからなかったDNA断片（遺伝子）を発見することができるようになり、新たな新規遺伝子や新規酵素の発見につながる。