ナノポアシーケンサーによる直接RNAシーケンスにおける転写開始点解析法の開発

• 研究課題/領域番号: 24K09429
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分43060:システムゲノム科学関連
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 伊藤 昌可 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 専任研究員 (90344027)
• 研究期間 (年度): 2024-04-01 – 2027-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2026年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2025年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2024年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 転写開始点 / 直接RNAシーケンシング

研究開始時の研究の概要

ナノポアシーケンシングを用いたダイレクトRNAシーケンシング(DRS)は逆転写を経ることなくRNA分子そのものを直接解析す ることでRNA分子の全長配列と塩基の修飾情報を得ることができる唯一の方法であるが、シーケンシングの終結端である5’末端付近を解読出来ないという問題を有している。本研究は、完全長RNAが有するキャップ構造を特異的ターゲットとしてキャップ・トラッパー法とクリック反応の組み合わせを用いて高効率に合成オリゴRNAをRNAの5’末端のキャップ構造に連結することにより、RNA分子の5’末端を解読可能にすると共に、キャップ構造の有無を判別可能にする技術を開発することを目的とする。