深層生成モデルを用いた微生物ゲノム配列品質評価手法の開発

• 研究課題/領域番号: 24K09613
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分45040:生態学および環境学関連
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 東 光一 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (00947038)
• 研究期間 (年度): 2024-04-01 – 2027-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2026年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2025年度: 130千円 (直接経費: 100千円、間接経費: 30千円); 2024年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: 深層生成モデル / メタゲノム解析 / バイオインフォマティクス

研究開始時の研究の概要

本研究では、メタゲノム解析により得られるMAG（Metagenome-Assembled Genomes）のゲノム配列の品質評価における新たなアプローチの確立を目指す。MAGは未培養微生物の生態学的機能や役割を理解する上で重要だが、その品質評価は容易ではない。本研究では、微生物ゲノムの染色体としての連続性に着目し、深層生成モデルを用いてMAGの完全性と汚染度を評価する手法を開発する。これにより、従来の手法を補完し、MAGの品質をより多角的に評価することが可能となる。